More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5096 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5096  GGDEF family protein  100 
 
 		 512 aa  1028    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  45.74 
 
 		 649 aa  254  2.0000000000000002e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.26 
 
 		 622 aa  203  5e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.131749 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.57 
 
 		 642 aa  202  9e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0484368  normal  0.638753 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.75 
 
 		 628 aa  192  9e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  42.39 
 
 		 344 aa  150  4e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  42.63 
 
 		 512 aa  145  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 340 aa  140  6e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 346 aa  140  7e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 340 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 340 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4621  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.5 
 
 		 648 aa  137  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.334588  normal  0.654105 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 340 aa  136  9e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 339 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  41.45 
 
 		 1636 aa  134  3e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 330 aa  133  6.999999999999999e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.37 
 
 		 345 aa  133  7.999999999999999e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.95 
 
 		 337 aa  133  9e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2488  diguanylate cyclase  31.74 
 
 		 429 aa  133  9e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.792877 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4864  GGDEF  43.81 
 
 		 532 aa  133  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  40.37 
 
 		 555 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 518 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1946  diguanylate cyclase  43.82 
 
 		 368 aa  131  3e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0707577  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  41.99 
 
 		 522 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0251  diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 660 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.696506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4625  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.29 
 
 		 915 aa  130  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3843  diguanylate cyclase  43.26 
 
 		 472 aa  129  9.000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  44.51 
 
 		 488 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.5 
 
 		 890 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1716  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 349 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839353 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3310  diguanylate cyclase  45.5 
 
 		 396 aa  129  1.0000000000000001e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1685  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 987 aa  128  2.0000000000000002e-28  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00461565  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  41.4 
 
 		 528 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4642  serine/threonine protein kinase  42.22 
 
 		 1629 aa  128  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  36.99 
 
 		 422 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4848  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.98 
 
 		 665 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.162589 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3855  serine/threonine protein kinase  41.88 
 
 		 1726 aa  128  3e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.993945  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  46.55 
 
 		 343 aa  127  4.0000000000000003e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 503 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 341 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0173  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 565 aa  127  5e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  45.88 
 
 		 506 aa  127  5e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  36.32 
 
 		 516 aa  127  5e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5581  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  41.04 
 
 		 548 aa  127  5e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  39.34 
 
 		 1643 aa  127  6e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4046  diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 370 aa  127  6e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.170449 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 359 aa  126  9e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1597  GGDEF family protein  40.72 
 
 		 674 aa  126  9e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0570489  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 660 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.25 
 
 		 362 aa  125  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 660 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5143  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.21 
 
 		 643 aa  126  1e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.248831  normal  0.87155 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.21 
 
 		 352 aa  126  1e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  45.03 
 
 		 506 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 353 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  45.03 
 
 		 489 aa  125  2e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 547 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  45.03 
 
 		 484 aa  125  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 327 aa  125  2e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.07 
 
 		 890 aa  125  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1758  diguanylate cyclase with Chase2 sensor  42.44 
 
 		 583 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.621597 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  45.03 
 
 		 499 aa  125  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  45.03 
 
 		 499 aa  125  2e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 522 aa  125  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  45.03 
 
 		 489 aa  125  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  40.59 
 
 		 1079 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.53 
 
 		 372 aa  125  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  45.03 
 
 		 499 aa  125  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  36.1 
 
 		 641 aa  125  2e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0674  sensory box protein  28.05 
 
 		 788 aa  125  3e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.56 
 
 		 313 aa  124  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2158  diguanylate cyclase  42.27 
 
 		 417 aa  124  3e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.3144  normal  0.735889 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4055  diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 354 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.33875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0283  diguanylate cyclase  43.58 
 
 		 560 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.140113 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4311  diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 354 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.750548  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3470  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 353 aa  124  4e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.843913  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0116  diguanylate cyclase  30.77 
 
 		 398 aa  124  4e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.864855  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1887  diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 327 aa  124  4e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.876301  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 340 aa  123  7e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1193  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 650 aa  123  7e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.142429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 303 aa  123  7e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.12 
 
 		 357 aa  123  8e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  39.66 
 
 		 546 aa  123  9e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1066  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 504 aa  123  9e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  44.31 
 
 		 512 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  41.44 
 
 		 460 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4491  diguanylate cyclase  41.87 
 
 		 531 aa  123  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  32.56 
 
 		 367 aa  122  9.999999999999999e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.07 
 
 		 355 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  41.76 
 
 		 507 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  39.77 
 
 		 960 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  41.06 
 
 		 497 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 498 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0350  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 605 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3676  diguanylate cyclase  34.65 
 
 		 371 aa  123  9.999999999999999e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000048428  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  40 
 
 		 410 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3460  GGDEF domain-containing protein  29.74 
 
 		 644 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0284505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 507 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  36.12 
 
 		 357 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0279  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 554 aa  122  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.171809  normal  0.0530924 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>