More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_1516 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 
352 aa  719    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.81 
 
 
481 aa  231  1e-59  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.81 
 
 
481 aa  231  2e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  54.21 
 
 
353 aa  222  9.999999999999999e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2914  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.88 
 
 
312 aa  216  4e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  39.74 
 
 
317 aa  214  9.999999999999999e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0225  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.22 
 
 
325 aa  212  7e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50.26 
 
 
338 aa  210  3e-53  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.91 
 
 
314 aa  210  3e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  55.37 
 
 
1262 aa  205  8e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.94 
 
 
465 aa  205  1e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  51.87 
 
 
734 aa  205  1e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  38.17 
 
 
338 aa  204  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  50.93 
 
 
664 aa  204  2e-51  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  51.81 
 
 
367 aa  201  9.999999999999999e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5857  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.34 
 
 
341 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  52.27 
 
 
462 aa  199  5e-50  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2222  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  52.54 
 
 
732 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.513474  normal  0.0596169 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  51.7 
 
 
462 aa  197  3e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50 
 
 
337 aa  197  3e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2160  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  51.98 
 
 
732 aa  196  5.000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  48.62 
 
 
591 aa  196  6e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.91 
 
 
330 aa  194  2e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50 
 
 
341 aa  194  3e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.05 
 
 
636 aa  192  5e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.72 
 
 
310 aa  191  1e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.71 
 
 
344 aa  190  2.9999999999999997e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.35 
 
 
660 aa  189  4e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.35 
 
 
660 aa  189  5e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  44.8 
 
 
328 aa  188  1e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1949  sensory box/GGDEF family protein  36.83 
 
 
579 aa  188  1e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.773832  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  41.24 
 
 
497 aa  186  5e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1431  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  49.73 
 
 
625 aa  186  8e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50.84 
 
 
313 aa  185  9e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  47.78 
 
 
547 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.8 
 
 
359 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  47.03 
 
 
620 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.59 
 
 
372 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  52.27 
 
 
308 aa  184  3e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0252  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35 
 
 
310 aa  183  4.0000000000000006e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.555837  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  48.35 
 
 
335 aa  183  4.0000000000000006e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3787  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.44 
 
 
344 aa  183  4.0000000000000006e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.919533  normal  0.90313 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1457  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  49.18 
 
 
624 aa  183  5.0000000000000004e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.659998  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.72 
 
 
333 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  45.3 
 
 
960 aa  182  6e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  51.12 
 
 
536 aa  182  7e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.22 
 
 
890 aa  181  1e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  47.85 
 
 
347 aa  182  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0257  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35 
 
 
310 aa  181  1e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.929741  normal  0.0241212 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1758  diguanylate cyclase with Chase2 sensor  50 
 
 
583 aa  181  2e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.621597 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.66 
 
 
890 aa  181  2e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  52.38 
 
 
319 aa  180  4e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00930  hypothetical protein  43.32 
 
 
581 aa  179  4.999999999999999e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004464  sensory box/GGDEF family protein  40.27 
 
 
582 aa  179  5.999999999999999e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.845527  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  51.12 
 
 
555 aa  179  7e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1645  hypothetical protein  50.29 
 
 
344 aa  178  1e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.176846  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  49.4 
 
 
315 aa  177  2e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  48.09 
 
 
327 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.01 
 
 
843 aa  177  3e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  47.8 
 
 
553 aa  177  3e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5111  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.62 
 
 
479 aa  176  4e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0807  diguanylate cyclase  50.91 
 
 
340 aa  176  4e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1328  diguanylate cyclase  48.17 
 
 
648 aa  176  4e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  50.56 
 
 
528 aa  176  5e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  45.92 
 
 
503 aa  176  5e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  45.45 
 
 
339 aa  176  5e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  51.11 
 
 
345 aa  176  5e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.33 
 
 
357 aa  176  5e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  47.47 
 
 
518 aa  176  5e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  44.5 
 
 
346 aa  176  5e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  43.92 
 
 
1034 aa  176  6e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  48.33 
 
 
357 aa  176  6e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  48.59 
 
 
335 aa  176  8e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  47.46 
 
 
334 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.89 
 
 
355 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  45.96 
 
 
649 aa  175  9.999999999999999e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.59 
 
 
334 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1121  diguanylate cyclase  45.41 
 
 
305 aa  175  9.999999999999999e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  50 
 
 
538 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  48.45 
 
 
492 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  44.75 
 
 
323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0828  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.69 
 
 
324 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5250  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.19 
 
 
360 aa  173  2.9999999999999996e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.395511  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3141  diguanylate cyclase  44.78 
 
 
542 aa  174  2.9999999999999996e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.673343  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.76 
 
 
622 aa  172  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.131749 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  44.04 
 
 
310 aa  172  5.999999999999999e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  47.83 
 
 
410 aa  172  5.999999999999999e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  45.71 
 
 
344 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.59 
 
 
334 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2123  diguanylate cyclase  37.58 
 
 
635 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00833547 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  45.21 
 
 
533 aa  172  9e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.4 
 
 
434 aa  172  1e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  50 
 
 
546 aa  171  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  47.45 
 
 
492 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  45.08 
 
 
327 aa  171  2e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.02 
 
 
334 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  46.89 
 
 
334 aa  170  3e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  47.45 
 
 
492 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.74 
 
 
303 aa  170  3e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.11 
 
 
362 aa  170  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>