More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_0275 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_0275  diguanylate cyclase  100 
 
 		 630 aa  1261    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0339591 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2762  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  42.51 
 
 		 631 aa  421  1e-116  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  38.85 
 
 		 498 aa  216  9.999999999999999e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2365  diguanylate cyclase  31.48 
 
 		 467 aa  186  8e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0108211  normal  0.148457 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2293  diguanylate cyclase  31.48 
 
 		 467 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000112238  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2483  diguanylate cyclase  31.48 
 
 		 467 aa  184  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  35.06 
 
 		 531 aa  174  3.9999999999999995e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  53.09 
 
 		 341 aa  171  4e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  52.1 
 
 		 555 aa  168  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50 
 
 		 622 aa  162  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.131749 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 578 aa  161  4e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 578 aa  160  4e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  44.85 
 
 		 591 aa  160  9e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.15 
 
 		 338 aa  159  1e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50.59 
 
 		 308 aa  159  1e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  48.02 
 
 		 960 aa  159  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.43 
 
 		 890 aa  158  3e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  46.33 
 
 		 422 aa  158  3e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2357  diguanylate cyclase  43 
 
 		 252 aa  158  3e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.92 
 
 		 890 aa  157  4e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  47.06 
 
 		 516 aa  157  5.0000000000000005e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0252  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  51.88 
 
 		 310 aa  157  6e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.555837  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  47.62 
 
 		 410 aa  157  8e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.4 
 
 		 353 aa  156  9e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  48 
 
 		 344 aa  156  1e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3334  GGDEF family protein  43.03 
 
 		 574 aa  155  2e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.27 
 
 		 660 aa  155  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  42.92 
 
 		 328 aa  155  2e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.27 
 
 		 660 aa  155  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0257  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  51.25 
 
 		 310 aa  155  2e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.929741  normal  0.0241212 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2671  diguanylate cyclase  43.56 
 
 		 578 aa  155  2e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00272144  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  46.75 
 
 		 340 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.83 
 
 		 316 aa  154  2.9999999999999998e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  46.3 
 
 		 547 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  49.7 
 
 		 528 aa  154  4e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.75 
 
 		 330 aa  154  4e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  50 
 
 		 536 aa  154  4e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.55 
 
 		 319 aa  154  4e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3165  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 579 aa  154  5e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.624427  hitchhiker  0.00241131 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.69 
 
 		 322 aa  154  5.9999999999999996e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  46.52 
 
 		 494 aa  154  5.9999999999999996e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1356  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 584 aa  154  7e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.786537  unclonable  0.00000000000388708 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.39 
 
 		 310 aa  153  8e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  50 
 
 		 339 aa  153  8e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  43.03 
 
 		 578 aa  153  8.999999999999999e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  46.75 
 
 		 327 aa  153  8.999999999999999e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  46.86 
 
 		 346 aa  152  1e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5111  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.09 
 
 		 479 aa  152  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3022  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 579 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.238574  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3007  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 579 aa  152  2e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  48.12 
 
 		 334 aa  152  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.2 
 
 		 843 aa  152  2e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.8 
 
 		 314 aa  152  2e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  42.59 
 
 		 367 aa  152  2e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3843  diguanylate cyclase  44.02 
 
 		 472 aa  152  2e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2160  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 732 aa  152  2e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.68 
 
 		 337 aa  152  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 340 aa  151  4e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2222  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.43 
 
 		 732 aa  151  4e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.513474  normal  0.0596169 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  46.99 
 
 		 340 aa  150  5e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.69 
 
 		 359 aa  150  6e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  45.86 
 
 		 538 aa  150  6e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  49.4 
 
 		 553 aa  150  6e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 340 aa  150  6e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1599  response regulator receiver protein  44.86 
 
 		 305 aa  150  6e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0650224  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  51.22 
 
 		 335 aa  150  8e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  45.3 
 
 		 487 aa  150  9e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  45.61 
 
 		 487 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  48.47 
 
 		 317 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.89 
 
 		 340 aa  149  1.0000000000000001e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  45.61 
 
 		 528 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  45.61 
 
 		 487 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  45.9 
 
 		 516 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  45.61 
 
 		 487 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  45.61 
 
 		 487 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0930  diguanylate cyclase  34.84 
 
 		 390 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4360  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.88 
 
 		 338 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2600  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  43.08 
 
 		 977 aa  150  1.0000000000000001e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  45.61 
 
 		 487 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  48.52 
 
 		 649 aa  149  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0794  diguanylate cyclase  46.63 
 
 		 394 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3251  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.75 
 
 		 341 aa  149  2.0000000000000003e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.61058  normal  0.330404 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  51.55 
 
 		 347 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1949  sensory box/GGDEF family protein  41.4 
 
 		 579 aa  149  2.0000000000000003e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.773832  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2604  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.75 
 
 		 341 aa  149  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.224021  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  47.56 
 
 		 1262 aa  148  3e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.97 
 
 		 344 aa  148  3e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 625 aa  148  3e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 625 aa  148  3e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0116  diguanylate cyclase  46.37 
 
 		 398 aa  147  6e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.864855  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  47.62 
 
 		 497 aa  147  7.0000000000000006e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1532  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 581 aa  147  7.0000000000000006e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.131912 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  40.31 
 
 		 625 aa  146  1e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  39.8 
 
 		 625 aa  146  1e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1328  diguanylate cyclase  45.14 
 
 		 648 aa  146  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  44.38 
 
 		 641 aa  146  1e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  50.93 
 
 		 327 aa  145  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 334 aa  145  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 620 aa  145  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5250  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.75 
 
 		 360 aa  145  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.395511  normal  0.949965 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>