More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3559 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  80.92 
 
 
628 aa  995    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  80.76 
 
 
628 aa  995    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  87.34 
 
 
625 aa  1103    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  55.8 
 
 
631 aa  672    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  83.88 
 
 
624 aa  1028    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  58.49 
 
 
624 aa  703    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  60.86 
 
 
610 aa  717    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  80.92 
 
 
628 aa  999    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0453  GGDEF domain-containing protein  56.62 
 
 
641 aa  667    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  92 
 
 
625 aa  1147    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  81.23 
 
 
621 aa  992    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  100 
 
 
625 aa  1282    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  99.68 
 
 
625 aa  1279    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  55.42 
 
 
622 aa  651    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  54.5 
 
 
641 aa  657    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  51.26 
 
 
621 aa  634  1e-180  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  34.3 
 
 
631 aa  332  1e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  34.32 
 
 
628 aa  326  1e-87  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  33.16 
 
 
630 aa  323  5e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  29.73 
 
 
636 aa  288  2e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  33.27 
 
 
565 aa  278  3e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  29.57 
 
 
588 aa  277  4e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  30.18 
 
 
638 aa  265  2e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  29.57 
 
 
629 aa  228  3e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  27.76 
 
 
614 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  27.95 
 
 
611 aa  200  6e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  28.05 
 
 
612 aa  198  2.0000000000000003e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  29.85 
 
 
601 aa  190  5.999999999999999e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0168  GGDEF domain-containing protein  43.53 
 
 
268 aa  184  4.0000000000000006e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3141  diguanylate cyclase  40.85 
 
 
542 aa  164  6e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.673343  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  28.05 
 
 
566 aa  162  2e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  44.56 
 
 
591 aa  160  5e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  27.88 
 
 
623 aa  160  5e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3160  diguanylate cyclase  45.95 
 
 
452 aa  160  9e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.413104  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2546  diguanylate cyclase  45.95 
 
 
452 aa  160  9e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192419  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  46.08 
 
 
462 aa  159  1e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  46.08 
 
 
462 aa  159  2e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.11 
 
 
334 aa  158  3e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.09 
 
 
359 aa  158  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.5 
 
 
313 aa  157  4e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3096  diguanylate cyclase  45.41 
 
 
452 aa  157  4e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0200719  hitchhiker  0.00269086 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  41.92 
 
 
410 aa  157  5.0000000000000005e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0651  diguanylate cyclase  27 
 
 
627 aa  157  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.605256  hitchhiker  0.0000117316 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.99 
 
 
352 aa  157  6e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3589  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.98 
 
 
853 aa  156  8e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.67 
 
 
481 aa  155  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  45.71 
 
 
459 aa  155  2e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3178  diguanylate cyclase  44.86 
 
 
452 aa  155  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0366604  hitchhiker  0.0000463802 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.67 
 
 
481 aa  155  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  42.51 
 
 
453 aa  155  2e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  43.35 
 
 
346 aa  154  4e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  41.46 
 
 
344 aa  154  5e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  46.24 
 
 
367 aa  154  5e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6515  diguanylate cyclase  45.41 
 
 
452 aa  154  5e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.683766  normal  0.600963 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  42.7 
 
 
460 aa  153  7e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.86 
 
 
341 aa  153  8e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  43.08 
 
 
339 aa  153  8e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  26.09 
 
 
578 aa  153  8e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  40.91 
 
 
536 aa  153  1e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0429  diguanylate cyclase  44.86 
 
 
469 aa  152  1e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.469713 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.72 
 
 
334 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  45.99 
 
 
347 aa  153  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  44.51 
 
 
328 aa  152  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  42.7 
 
 
466 aa  152  2e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  38.86 
 
 
451 aa  152  2e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  40.39 
 
 
533 aa  152  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0318  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.89 
 
 
612 aa  152  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3212  diguanylate cyclase  44.86 
 
 
452 aa  152  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  43.72 
 
 
335 aa  151  3e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  44.51 
 
 
334 aa  152  3e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.69 
 
 
337 aa  151  4e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  43.63 
 
 
1637 aa  150  5e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  45.45 
 
 
327 aa  150  5e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.79 
 
 
353 aa  150  9e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.48 
 
 
340 aa  149  1.0000000000000001e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  42.05 
 
 
509 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  26.53 
 
 
570 aa  150  1.0000000000000001e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  47.13 
 
 
323 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  37.45 
 
 
614 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  42.42 
 
 
340 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  45.3 
 
 
501 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  42.42 
 
 
340 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  42.54 
 
 
335 aa  148  3e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.41 
 
 
628 aa  148  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  40.93 
 
 
620 aa  148  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  38.07 
 
 
641 aa  147  4.0000000000000006e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  43.96 
 
 
334 aa  147  5e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  42.42 
 
 
340 aa  147  5e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0275  diguanylate cyclase  42.53 
 
 
630 aa  147  5e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0339591 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.17 
 
 
334 aa  147  6e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  41.18 
 
 
498 aa  147  6e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  42.42 
 
 
340 aa  147  6e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3843  diguanylate cyclase  40 
 
 
472 aa  147  7.0000000000000006e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  40.3 
 
 
538 aa  147  8.000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  23.9 
 
 
557 aa  146  9e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.76 
 
 
660 aa  146  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  37.29 
 
 
559 aa  146  1e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.76 
 
 
660 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3248  diguanylate cyclase  39.91 
 
 
420 aa  146  1e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  44.94 
 
 
502 aa  146  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>