More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0930 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0930  diguanylate cyclase  100 
 
 		 390 aa  793    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0831  diguanylate cyclase  56.73 
 
 		 351 aa  409  1e-113  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0794  diguanylate cyclase  47.72 
 
 		 394 aa  355  6.999999999999999e-97  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0748  diguanylate cyclase  44.96 
 
 		 375 aa  328  8e-89  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3624  diguanylate cyclase  46.53 
 
 		 341 aa  317  2e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.112804  normal  0.505096 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0619  response regulator receiver protein  43.24 
 
 		 378 aa  308  9e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2684  diguanylate cyclase  30.85 
 
 		 371 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4046  diguanylate cyclase  37.24 
 
 		 370 aa  176  6e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.170449 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 461 aa  162  1e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  34.94 
 
 		 353 aa  158  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 620 aa  158  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.14 
 
 		 340 aa  155  1e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  45.83 
 
 		 960 aa  155  1e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 339 aa  154  2e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  45.61 
 
 		 533 aa  154  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.99 
 
 		 636 aa  155  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.29 
 
 		 660 aa  153  4e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.29 
 
 		 660 aa  153  4e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  44.97 
 
 		 629 aa  152  1e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0225  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.86 
 
 		 325 aa  152  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1946  diguanylate cyclase  30.92 
 
 		 368 aa  152  1e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0707577  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5250  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.47 
 
 		 360 aa  151  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.395511  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  47.88 
 
 		 328 aa  150  4e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3251  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.24 
 
 		 341 aa  150  4e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.61058  normal  0.330404 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2604  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.24 
 
 		 341 aa  150  4e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.224021  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.41 
 
 		 319 aa  150  5e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 522 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  44.26 
 
 		 498 aa  149  6e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1716  diguanylate cyclase  32.04 
 
 		 349 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839353 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0275  diguanylate cyclase  34.19 
 
 		 630 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0339591 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.78 
 
 		 664 aa  148  1.0000000000000001e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 481 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.78 
 
 		 890 aa  147  4.0000000000000006e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 481 aa  146  6e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.18 
 
 		 890 aa  146  6e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3669  diguanylate cyclase  41.15 
 
 		 300 aa  145  1e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0119902  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  48.8 
 
 		 480 aa  145  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  41.8 
 
 		 510 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 591 aa  145  2e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  44.12 
 
 		 536 aa  144  2e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  41.8 
 
 		 510 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  43.56 
 
 		 532 aa  145  2e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  41.8 
 
 		 510 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  44.75 
 
 		 565 aa  144  3e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  40.44 
 
 		 422 aa  144  3e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  41.57 
 
 		 323 aa  144  3e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 522 aa  144  4e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 310 aa  144  4e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 501 aa  143  5e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  43.32 
 
 		 649 aa  143  7e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1457  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  46.71 
 
 		 624 aa  142  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.659998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.75 
 
 		 308 aa  142  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0218  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 304 aa  142  9.999999999999999e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 316 aa  142  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 508 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5111  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.12 
 
 		 479 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3242  GGDEF domain-containing protein  42.86 
 
 		 522 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  39.58 
 
 		 506 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  41.62 
 
 		 320 aa  141  1.9999999999999998e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1431  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  46.71 
 
 		 625 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.71 
 
 		 330 aa  140  3e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  43.96 
 
 		 334 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2916  diguanylate cyclase with Chase2 sensor  42.77 
 
 		 543 aa  140  3.9999999999999997e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.833203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  39.68 
 
 		 510 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  39.58 
 
 		 506 aa  139  6e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0252  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.83 
 
 		 310 aa  139  6e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.555837  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 474 aa  140  6e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1328  diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 648 aa  139  7e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 338 aa  139  7.999999999999999e-32  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4360  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 338 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  39.64 
 
 		 1262 aa  139  8.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1949  sensory box/GGDEF family protein  43.24 
 
 		 579 aa  139  1e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.773832  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  43.9 
 
 		 555 aa  138  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.8 
 
 		 312 aa  139  1e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  45.51 
 
 		 367 aa  139  1e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3566  diguanylate cyclase  46.33 
 
 		 561 aa  139  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0665818  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  39.06 
 
 		 489 aa  138  2e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3007  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 579 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 334 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.35 
 
 		 314 aa  138  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  39.06 
 
 		 484 aa  138  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  39.06 
 
 		 499 aa  138  2e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 462 aa  138  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  39.06 
 
 		 489 aa  138  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  39.06 
 
 		 499 aa  138  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3165  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 579 aa  138  2e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.624427  hitchhiker  0.00241131 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3840  diguanylate cyclase  43.53 
 
 		 556 aa  137  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108967  hitchhiker  0.000986648 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1356  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 584 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.786537  unclonable  0.00000000000388708 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  39.06 
 
 		 499 aa  138  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  40.31 
 
 		 312 aa  137  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.8 
 
 		 352 aa  138  2e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3022  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 579 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.238574  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0807  diguanylate cyclase  39 
 
 		 340 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.49 
 
 		 308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 462 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0257  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.83 
 
 		 310 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.929741  normal  0.0241212 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  41.3 
 
 		 335 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  43.65 
 
 		 347 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 327 aa  137  4e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>