More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2293 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2293  diguanylate cyclase  100 
 
 		 467 aa  946    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000112238  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2365  diguanylate cyclase  96.14 
 
 		 467 aa  890    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0108211  normal  0.148457 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2483  diguanylate cyclase  98.72 
 
 		 467 aa  932    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0275  diguanylate cyclase  31.81 
 
 		 630 aa  175  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0339591 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2762  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  29.11 
 
 		 631 aa  153  8e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  28.69 
 
 		 476 aa  135  9.999999999999999e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 554 aa  134  3e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 566 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0130  diguanylate cyclase  40 
 
 		 392 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.941747 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  41.27 
 
 		 357 aa  130  6e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0131  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 392 aa  126  8.000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  42.04 
 
 		 532 aa  126  9e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  33.59 
 
 		 422 aa  126  1e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  44.1 
 
 		 316 aa  125  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 409 aa  125  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  32.99 
 
 		 578 aa  124  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 532 aa  124  4e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  41.34 
 
 		 545 aa  124  4e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.1 
 
 		 800 aa  123  5e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  43.12 
 
 		 320 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  40.66 
 
 		 615 aa  122  9.999999999999999e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 298 aa  122  9.999999999999999e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  42.95 
 
 		 485 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2045  diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 243 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  45.06 
 
 		 533 aa  121  3e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002974  GGDEF family protein  40 
 
 		 491 aa  121  3e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.337461  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 565 aa  121  3e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  39.29 
 
 		 333 aa  120  3.9999999999999996e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01027  predicted diguanylate cyclase  39.49 
 
 		 452 aa  120  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7005  GGDEF family protein  26.54 
 
 		 568 aa  120  4.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01034  hypothetical protein  39.49 
 
 		 452 aa  120  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2571  diguanylate cyclase  39.49 
 
 		 452 aa  120  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0240912 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1143  diguanylate cyclase  39.49 
 
 		 476 aa  120  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.011762  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1145  diguanylate cyclase  39.49 
 
 		 476 aa  120  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2617  diguanylate cyclase  39.49 
 
 		 452 aa  120  6e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.885697  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.79 
 
 		 441 aa  120  6e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1267  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  39.49 
 
 		 476 aa  120  6e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.413897 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  38.81 
 
 		 382 aa  120  7e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  38.61 
 
 		 431 aa  119  9e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0835  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 443 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.153525  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  39.87 
 
 		 413 aa  119  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02934  hypothetical protein  42.35 
 
 		 486 aa  119  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  32.81 
 
 		 557 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 623 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  38.74 
 
 		 462 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 526 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  38.81 
 
 		 342 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2678  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.33 
 
 		 515 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 385 aa  118  3e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 385 aa  118  3e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  37.3 
 
 		 464 aa  117  3e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0332  DNA polymerase III delta prime subunit HolB  37.65 
 
 		 349 aa  118  3e-25  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  43.04 
 
 		 548 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 385 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1410  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 497 aa  117  3.9999999999999997e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  40.7 
 
 		 411 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  41.29 
 
 		 422 aa  117  5e-25  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  35.42 
 
 		 1037 aa  117  5e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 405 aa  117  5e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  38.79 
 
 		 357 aa  117  5e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0723  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.62 
 
 		 540 aa  117  6e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  39.08 
 
 		 1000 aa  116  6.9999999999999995e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0528  diguanylate cyclase  33.79 
 
 		 354 aa  116  6.9999999999999995e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0197143 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  40 
 
 		 320 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  40.99 
 
 		 325 aa  116  6.9999999999999995e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0623  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.49 
 
 		 556 aa  116  7.999999999999999e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.322116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 263 aa  116  7.999999999999999e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3083  diguanylate cyclase  39.24 
 
 		 409 aa  116  8.999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.176077 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4604  diguanylate cyclase  32.51 
 
 		 489 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 610 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 536 aa  116  1.0000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2527  diguanylate cyclase  41.72 
 
 		 381 aa  116  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.060153 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.61 
 
 		 469 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0346  diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 570 aa  115  2.0000000000000002e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.292647 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0622  GGDEF family protein  39.76 
 
 		 489 aa  115  2.0000000000000002e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.237446  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  41.77 
 
 		 448 aa  115  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1641  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.61 
 
 		 640 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.320869  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0544  diguanylate cyclase  34.52 
 
 		 414 aa  115  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  37.24 
 
 		 387 aa  115  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1156  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.1 
 
 		 859 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0136706  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1806  diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 473 aa  115  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.782438  hitchhiker  0.00449211 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02658  GGDEF domain protein  36.65 
 
 		 366 aa  115  2.0000000000000002e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0556  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 314 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303867 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1484  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 555 aa  115  2.0000000000000002e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0158649 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  38.79 
 
 		 402 aa  114  3e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 312 aa  114  3e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.174701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  37.82 
 
 		 319 aa  114  3e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 301 aa  114  3e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0760  diguanylate cyclase  29.32 
 
 		 495 aa  114  3e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.126237  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0563  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 451 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0356  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.42 
 
 		 667 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.589026  normal  0.448313 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 461 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0267  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 1320 aa  114  4.0000000000000004e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 317 aa  114  5e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0608  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 452 aa  114  5e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0597995 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 398 aa  114  5e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  30.04 
 
 		 368 aa  114  5e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.36 
 
 		 557 aa  114  5e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  39.77 
 
 		 311 aa  113  6e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  37.35 
 
 		 513 aa  113  6e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>