More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_0109 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  100 
 
 		 461 aa  942    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0842  GGDEF domain-containing protein  42.82 
 
 		 391 aa  322  7e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000293697  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1090  diguanylate cyclase  39.91 
 
 		 446 aa  311  1e-83  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.07 
 
 		 550 aa  180  4e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.32 
 
 		 704 aa  162  1e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.74 
 
 		 713 aa  161  2e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  33.24 
 
 		 554 aa  162  2e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.74 
 
 		 1079 aa  156  7e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  39.91 
 
 		 681 aa  153  8e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1760  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.83 
 
 		 473 aa  151  2e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.554911  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  31.53 
 
 		 374 aa  151  3e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 732 aa  150  6e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  39.09 
 
 		 680 aa  148  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 494 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  36.44 
 
 		 525 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14870  diguanylate cyclase  37.38 
 
 		 462 aa  148  2.0000000000000003e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.024895  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.53 
 
 		 558 aa  148  2.0000000000000003e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 498 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.31 
 
 		 686 aa  147  5e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  44.31 
 
 		 688 aa  146  7.0000000000000006e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  46.43 
 
 		 638 aa  145  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21320  diguanylate cyclase  32.47 
 
 		 510 aa  145  1e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  36.99 
 
 		 494 aa  145  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  30 
 
 		 710 aa  145  2e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  36.33 
 
 		 608 aa  144  2e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1530  GGDEF/HD domain-containing protein  41.54 
 
 		 564 aa  145  2e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.890216  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2312  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.9 
 
 		 597 aa  144  3e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1811  GGDEF/HD domain-containing protein  41.03 
 
 		 563 aa  144  5e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.63619  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  43.33 
 
 		 320 aa  143  7e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  35.91 
 
 		 609 aa  143  7e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  37.73 
 
 		 483 aa  143  7e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  35.91 
 
 		 709 aa  142  9.999999999999999e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  41.32 
 
 		 325 aa  142  9.999999999999999e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  49.09 
 
 		 459 aa  142  9.999999999999999e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 309 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0261  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.13 
 
 		 463 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.3078  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1177  two component signal transduction response regulator  35.37 
 
 		 470 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 306 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 459 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.19 
 
 		 314 aa  141  3e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 917 aa  141  3e-32  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2182  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.19 
 
 		 305 aa  141  3e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.724323  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  44.71 
 
 		 343 aa  141  3e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.17 
 
 		 797 aa  140  3.9999999999999997e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  36.62 
 
 		 555 aa  140  3.9999999999999997e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 622 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.02 
 
 		 355 aa  140  4.999999999999999e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1380  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.84 
 
 		 454 aa  140  4.999999999999999e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00781234  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.79 
 
 		 310 aa  139  7e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  36.65 
 
 		 498 aa  140  7e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 547 aa  139  7.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  45.73 
 
 		 298 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  40.44 
 
 		 499 aa  139  7.999999999999999e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2239  diguanylate cyclase  36.12 
 
 		 387 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1039  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.39 
 
 		 393 aa  139  1e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0950507  normal  0.205042 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.38 
 
 		 353 aa  139  1e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.1 
 
 		 499 aa  139  1e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 316 aa  139  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.35 
 
 		 557 aa  139  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  35.81 
 
 		 758 aa  139  1e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  41.46 
 
 		 308 aa  139  2e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6003  diguanylate cyclase  33.89 
 
 		 371 aa  138  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.753958  normal  0.321238 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.67 
 
 		 306 aa  138  2e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 630 aa  138  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1658  response regulator/GGDEF domain-containing protein  39.57 
 
 		 458 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.939598  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1528  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 1339 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.646539  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.33 
 
 		 728 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  40.76 
 
 		 493 aa  137  4e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  37.33 
 
 		 764 aa  137  5e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.38 
 
 		 586 aa  137  6.0000000000000005e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  33.95 
 
 		 663 aa  137  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 357 aa  136  8e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1844  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.48 
 
 		 356 aa  136  9e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 530 aa  136  9e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2371  diguanylate cyclase  43.79 
 
 		 294 aa  135  9.999999999999999e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.171648  normal  0.191081 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 696 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1511  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.91 
 
 		 557 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00005186  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1476  diguanylate cyclase  36.57 
 
 		 414 aa  136  9.999999999999999e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.64785  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  37.33 
 
 		 764 aa  135  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  37.33 
 
 		 764 aa  135  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1847  diguanylate cyclase  44.94 
 
 		 470 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1051  diguanylate cyclase  43.89 
 
 		 424 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 493 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 1826 aa  135  1.9999999999999998e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  34.72 
 
 		 369 aa  134  1.9999999999999998e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 565 aa  135  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 451 aa  134  3e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0148  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  40.85 
 
 		 560 aa  134  3e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.189493 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2619  diguanylate cyclase  44.3 
 
 		 471 aa  134  3e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.912775  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1191  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.46 
 
 		 841 aa  134  3e-30  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 398 aa  134  3e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.6 
 
 		 432 aa  134  3.9999999999999996e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00630975  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 615 aa  134  3.9999999999999996e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 320 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3678  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.7 
 
 		 418 aa  133  5e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.313961 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  42.26 
 
 		 385 aa  133  5e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0894  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.67 
 
 		 482 aa  133  5e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.156047 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2393  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.77 
 
 		 455 aa  134  5e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.502232  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 631 aa  133  5e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>