More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_0130 on replicon NC_011369
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_0130  diguanylate cyclase  100 
 
 		 392 aa  780    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.941747 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0131  diguanylate cyclase  88.52 
 
 		 392 aa  707    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0525  GGDEF family protein  49.07 
 
 		 391 aa  357  1.9999999999999998e-97  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3603  diguanylate cyclase  38.03 
 
 		 381 aa  213  4.9999999999999996e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.943579  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  47.75 
 
 		 409 aa  152  8.999999999999999e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2698  diguanylate cyclase  35.42 
 
 		 410 aa  150  5e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.110295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  50 
 
 		 411 aa  149  6e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  33.84 
 
 		 411 aa  149  8e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  46.74 
 
 		 411 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.42 
 
 		 827 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  40.51 
 
 		 381 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  40.51 
 
 		 381 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  40.09 
 
 		 360 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 377 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22780  GGDEF protein  49.13 
 
 		 318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0043996  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2365  diguanylate cyclase  43.95 
 
 		 467 aa  133  5e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0108211  normal  0.148457 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1546  diguanylate cyclase  46.24 
 
 		 416 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0539589  hitchhiker  0.00796281 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2293  diguanylate cyclase  40 
 
 		 467 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000112238  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  46.25 
 
 		 377 aa  130  5.0000000000000004e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  33.53 
 
 		 402 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2483  diguanylate cyclase  39.47 
 
 		 467 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  33.6 
 
 		 386 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  33.53 
 
 		 469 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 513 aa  127  3e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  35.51 
 
 		 384 aa  126  5e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3566  diguanylate cyclase  42.53 
 
 		 460 aa  127  5e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000340192  normal  0.133927 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2084  diguanylate cyclase  43.68 
 
 		 417 aa  126  6e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000571313 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1748  diguanylate cyclase  45.96 
 
 		 417 aa  126  7e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  43.12 
 
 		 489 aa  125  9e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  48.5 
 
 		 1000 aa  125  1e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  46.75 
 
 		 355 aa  125  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 611 aa  125  1e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 320 aa  125  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  41.11 
 
 		 570 aa  125  2e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 540 aa  124  2e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  45.09 
 
 		 405 aa  124  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.27 
 
 		 438 aa  125  2e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  32.35 
 
 		 533 aa  124  3e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  44.79 
 
 		 455 aa  124  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0457  diguanylate cyclase  36.69 
 
 		 472 aa  124  4e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100839  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.36 
 
 		 531 aa  123  5e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1813  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 542 aa  123  5e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 499 aa  123  6e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0968  diguanylate cyclase  46.51 
 
 		 363 aa  123  6e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.326915  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 220 aa  123  6e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  39.78 
 
 		 476 aa  122  9e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5530  diguanylate cyclase  32.29 
 
 		 384 aa  122  9e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0865314  normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.03 
 
 		 632 aa  122  9.999999999999999e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3222  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 469 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0257406  normal  0.307548 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2747  diguanylate cyclase  37.77 
 
 		 261 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.86983  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 278 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 532 aa  122  9.999999999999999e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  38.97 
 
 		 609 aa  122  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  41.24 
 
 		 709 aa  121  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 559 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 354 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1984  threonine dehydratase  27.67 
 
 		 418 aa  121  1.9999999999999998e-26  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.241676  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  38.97 
 
 		 680 aa  121  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  38.4 
 
 		 354 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3474  diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 393 aa  121  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0624369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  43.79 
 
 		 632 aa  120  3e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.73 
 
 		 332 aa  120  3e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2431  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 329 aa  120  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.966679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  43.12 
 
 		 532 aa  120  3e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 640 aa  120  3e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5514  diguanylate cyclase  46.25 
 
 		 493 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.333875  normal  0.197216 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 298 aa  120  3.9999999999999996e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4283  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 480 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  44.79 
 
 		 320 aa  120  3.9999999999999996e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 494 aa  120  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1246  diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 440 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4417  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 401 aa  120  4.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  38.65 
 
 		 722 aa  120  6e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3686  diguanylate cyclase  43.87 
 
 		 385 aa  120  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.557727  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  39.58 
 
 		 436 aa  119  7.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  37.17 
 
 		 548 aa  119  9e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4604  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 489 aa  119  9e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  39.15 
 
 		 413 aa  119  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 385 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0546  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 499 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.82 
 
 		 578 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6345  diguanylate cyclase  46.95 
 
 		 506 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 304 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  42.11 
 
 		 451 aa  118  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  44.32 
 
 		 425 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0645  serine/threonine protein kinase  42.86 
 
 		 1644 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0171562  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3072  diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 356 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000986718 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  40.82 
 
 		 495 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1337  diguanylate cyclase  36.21 
 
 		 635 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.018023  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1887  diguanylate cyclase  40.33 
 
 		 517 aa  118  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2146  cellulose synthesis regulatory protein  42.59 
 
 		 570 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.256949  normal  0.163286 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  27.95 
 
 		 422 aa  117  3e-25  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 492 aa  117  3e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1253  cellulose synthesis regulatory protein  42.59 
 
 		 570 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.839594 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  43.83 
 
 		 532 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 317 aa  117  3e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1132  cellulose synthesis regulatory protein  42.59 
 
 		 570 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000012809  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2150  cellulose synthesis regulatory protein  42.59 
 
 		 570 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.297138  normal  0.0131316 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56280  hypothetical protein  45.96 
 
 		 375 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3083  diguanylate cyclase  36.18 
 
 		 409 aa  117  3e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.176077 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>