More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3222 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  85.82 
 
 		 402 aa  653    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  85.07 
 
 		 469 aa  763    Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3222  diguanylate cyclase  100 
 
 		 469 aa  931    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0257406  normal  0.307548 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3566  diguanylate cyclase  85.65 
 
 		 460 aa  751    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000340192  normal  0.133927 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1181  diguanylate cyclase  48.29 
 
 		 482 aa  342  1e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1650  diguanylate cyclase  35.73 
 
 		 472 aa  256  5e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1722  diguanylate cyclase  35.73 
 
 		 472 aa  253  5.000000000000001e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.396894  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2135  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  35.73 
 
 		 472 aa  253  6e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.329432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2518  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 500 aa  245  9.999999999999999e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.784165 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2009  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 482 aa  233  6e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3478  diguanylate cyclase  37.23 
 
 		 496 aa  217  4e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.289854  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1338  diguanylate cyclase  32.18 
 
 		 469 aa  207  2e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0898942  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01479  predicted diguanylate cyclase  38.87 
 
 		 315 aa  206  1e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01490  hypothetical protein  38.87 
 
 		 315 aa  206  1e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2124  diguanylate cyclase  38.87 
 
 		 315 aa  204  2e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0045948  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2136  diguanylate cyclase  38.56 
 
 		 315 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0540  diguanylate cyclase  31.42 
 
 		 489 aa  195  1e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2643  diguanylate cyclase  33.26 
 
 		 470 aa  189  7e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1604  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 279 aa  181  2e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.608459  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0757  diguanylate cyclase  29.75 
 
 		 489 aa  180  4e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.371772  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4599  diguanylate cyclase  47.72 
 
 		 231 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.711309  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  31.91 
 
 		 722 aa  144  5e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3362  diguanylate cyclase  46.78 
 
 		 380 aa  139  7.999999999999999e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4283  diguanylate cyclase  25.05 
 
 		 480 aa  139  1e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  34.04 
 
 		 680 aa  139  1e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 631 aa  138  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 499 aa  136  8e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 610 aa  134  3e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  46.55 
 
 		 625 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4568  hypothetical protein  41.92 
 
 		 325 aa  132  9e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 402 aa  133  9e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  45.98 
 
 		 625 aa  132  9e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2282  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 325 aa  132  9e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2091  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 325 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  45.98 
 
 		 625 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 624 aa  131  3e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  43.96 
 
 		 492 aa  131  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  44.38 
 
 		 624 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0290  diguanylate cyclase  44.62 
 
 		 409 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2290  diguanylate cyclase  45.3 
 
 		 646 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.666302 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2044  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 325 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.82426  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 621 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 628 aa  130  6e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  45.12 
 
 		 361 aa  130  6e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.33 
 
 		 827 aa  130  6e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  44.77 
 
 		 493 aa  130  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  40.53 
 
 		 532 aa  129  9.000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  45.66 
 
 		 625 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.93 
 
 		 312 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  37.67 
 
 		 476 aa  129  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6915  diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 202 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.322303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  38.66 
 
 		 385 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  46.01 
 
 		 493 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.73 
 
 		 772 aa  128  2.0000000000000002e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  39.91 
 
 		 436 aa  129  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 540 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 485 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0429  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 469 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.469713 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2036  diguanylate cyclase  42.21 
 
 		 381 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0190259 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  42.55 
 
 		 390 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 493 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  38.66 
 
 		 385 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  38.66 
 
 		 385 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1123  diguanylate cyclase  33.73 
 
 		 357 aa  127  3e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0998424  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  41.71 
 
 		 689 aa  128  3e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  44.91 
 
 		 525 aa  128  3e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  42.39 
 
 		 582 aa  127  4.0000000000000003e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  42.29 
 
 		 336 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  40.32 
 
 		 405 aa  127  4.0000000000000003e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0886  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 391 aa  127  5e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0459194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1030  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 391 aa  127  5e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.12052 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2700  diguanylate cyclase  46.43 
 
 		 555 aa  127  5e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  45.03 
 
 		 628 aa  127  6e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 307 aa  127  6e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  39.22 
 
 		 1037 aa  127  6e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  40.23 
 
 		 220 aa  126  7e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1783  diguanylate cyclase  39.35 
 
 		 253 aa  126  7e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.203678  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 382 aa  126  7e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  43.26 
 
 		 559 aa  126  8.000000000000001e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 380 aa  126  9e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 517 aa  126  9e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 641 aa  126  9e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 622 aa  125  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0131  diguanylate cyclase  41.11 
 
 		 392 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1751  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 389 aa  125  1e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000123921  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1842  diguanylate cyclase  46.59 
 
 		 308 aa  126  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.721538  normal  0.677546 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2698  diguanylate cyclase  44.83 
 
 		 410 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.110295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1471  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 398 aa  125  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0238873 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  41.07 
 
 		 454 aa  125  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  42.11 
 
 		 308 aa  125  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  41.07 
 
 		 466 aa  125  2e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 466 aa  125  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  41.11 
 
 		 461 aa  125  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  41.07 
 
 		 466 aa  125  2e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  41.07 
 
 		 454 aa  125  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  41.07 
 
 		 466 aa  125  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0968  diguanylate cyclase  38.17 
 
 		 363 aa  125  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.326915  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  46.39 
 
 		 457 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  44.85 
 
 		 525 aa  125  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1815  diguanylate cyclase  35.19 
 
 		 379 aa  125  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.404044 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>