More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_1650 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01479  predicted diguanylate cyclase  98.73 
 
 		 315 aa  639    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2124  diguanylate cyclase  98.41 
 
 		 315 aa  635    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0045948  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1722  diguanylate cyclase  98.73 
 
 		 472 aa  955    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.396894  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2009  diguanylate cyclase  68.9 
 
 		 482 aa  643    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2135  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  98.52 
 
 		 472 aa  955    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.329432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2136  diguanylate cyclase  98.41 
 
 		 315 aa  636    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1650  diguanylate cyclase  100 
 
 		 472 aa  968    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01490  hypothetical protein  98.73 
 
 		 315 aa  639    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1604  diguanylate cyclase  98.92 
 
 		 279 aa  566  1e-160  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.608459  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1338  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 469 aa  284  2.0000000000000002e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0898942  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2643  diguanylate cyclase  37.88 
 
 		 470 aa  274  2.0000000000000002e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3566  diguanylate cyclase  35.95 
 
 		 460 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000340192  normal  0.133927 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  37.1 
 
 		 469 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3222  diguanylate cyclase  35.51 
 
 		 469 aa  239  1e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0257406  normal  0.307548 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  40.97 
 
 		 402 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1181  diguanylate cyclase  34.01 
 
 		 482 aa  197  3e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2518  diguanylate cyclase  30.02 
 
 		 500 aa  185  1.0000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.784165 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3478  diguanylate cyclase  27.25 
 
 		 496 aa  139  8.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.289854  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0540  diguanylate cyclase  27.44 
 
 		 489 aa  137  5e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0757  diguanylate cyclase  27.29 
 
 		 489 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.371772  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 631 aa  125  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  33.46 
 
 		 360 aa  123  8e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 610 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2725  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 368 aa  117  5e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3960  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.04 
 
 		 965 aa  117  6e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.283366  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 390 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.74 
 
 		 531 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  36.46 
 
 		 525 aa  114  3e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  37.99 
 
 		 495 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.27 
 
 		 457 aa  114  5e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  36.57 
 
 		 624 aa  113  6e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2154  GGDEF  34.03 
 
 		 411 aa  113  7.000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4283  diguanylate cyclase  25.21 
 
 		 480 aa  113  7.000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  36.11 
 
 		 295 aa  113  7.000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1057  GGDEF domain-containing protein  37.2 
 
 		 264 aa  112  1.0000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  37.28 
 
 		 645 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0679  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  37.04 
 
 		 684 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1511  response regulator receiver protein  37.21 
 
 		 416 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  30.86 
 
 		 556 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  36.6 
 
 		 460 aa  112  2.0000000000000002e-23  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  33.65 
 
 		 428 aa  112  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  35.94 
 
 		 548 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1695  GGDEF family protein  38.1 
 
 		 420 aa  111  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.037923  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  30.33 
 
 		 622 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  34.41 
 
 		 686 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  37.8 
 
 		 476 aa  111  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  36.78 
 
 		 385 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2046  diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 438 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.419907  normal  0.30363 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  38.12 
 
 		 457 aa  111  3e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0735  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 375 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.210672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0886  diguanylate cyclase  33.89 
 
 		 542 aa  110  5e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2144  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 263 aa  110  5e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4599  diguanylate cyclase  36.55 
 
 		 231 aa  110  5e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.711309  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  34.07 
 
 		 621 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5658  putative diguanylate cyclase  35.09 
 
 		 395 aa  110  7.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0922182 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  37.57 
 
 		 525 aa  110  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.17 
 
 		 505 aa  109  8.000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  34.41 
 
 		 220 aa  110  8.000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  34.43 
 
 		 364 aa  109  9.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  34.72 
 
 		 498 aa  109  1e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  38.79 
 
 		 570 aa  109  1e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3686  diguanylate cyclase  34.48 
 
 		 385 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.557727  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5582  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 241 aa  109  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.503288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  37.02 
 
 		 525 aa  109  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0130  diguanylate cyclase  35.09 
 
 		 392 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.941747 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0968  diguanylate cyclase  34.16 
 
 		 363 aa  108  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.326915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.08 
 
 		 800 aa  109  1e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 298 aa  108  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1022  GGDEF domain-containing protein  36.59 
 
 		 264 aa  109  1e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.219718  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  36.69 
 
 		 645 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3392  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.63 
 
 		 406 aa  108  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  35.03 
 
 		 403 aa  108  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  36.48 
 
 		 457 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0131  diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 392 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  37.27 
 
 		 466 aa  108  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  32.37 
 
 		 334 aa  108  3e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  35.85 
 
 		 457 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1863  diguanylate cyclase  32.67 
 
 		 368 aa  108  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.150647 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2390  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  34.43 
 
 		 600 aa  107  3e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  37.27 
 
 		 457 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  33.62 
 
 		 357 aa  108  3e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  33.69 
 
 		 487 aa  107  4e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 624 aa  107  4e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3762  diguanylate cyclase  33.7 
 
 		 368 aa  107  5e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.742847  normal  0.824996 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  34.25 
 
 		 625 aa  107  5e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  39.13 
 
 		 457 aa  107  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  32.34 
 
 		 362 aa  107  5e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  32.92 
 
 		 422 aa  107  5e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0116  diguanylate cyclase  35.08 
 
 		 382 aa  107  5e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.378777  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  30.54 
 
 		 370 aa  107  5e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 343 aa  107  5e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  36.09 
 
 		 642 aa  107  6e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.23 
 
 		 415 aa  107  6e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  32.64 
 
 		 493 aa  107  7e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4425  GGDEF family protein  31.64 
 
 		 435 aa  106  7e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 386 aa  106  9e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  31.39 
 
 		 372 aa  106  9e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1723  diguanylate cyclase  36.57 
 
 		 420 aa  105  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.428268  hitchhiker  0.00000158997 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0294  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 432 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.55 
 
 		 698 aa  105  1e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>