More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3478 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_3478  diguanylate cyclase  100 
 
 		 496 aa  994    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.289854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 469 aa  246  8e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3566  diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 460 aa  237  4e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000340192  normal  0.133927 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3222  diguanylate cyclase  36.5 
 
 		 469 aa  234  3e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0257406  normal  0.307548 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2518  diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 500 aa  231  3e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.784165 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1181  diguanylate cyclase  36.6 
 
 		 482 aa  229  9e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  39.05 
 
 		 402 aa  225  2e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2135  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  26.96 
 
 		 472 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.329432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1722  diguanylate cyclase  26.96 
 
 		 472 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.396894  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1650  diguanylate cyclase  27.35 
 
 		 472 aa  167  4e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2009  diguanylate cyclase  27.74 
 
 		 482 aa  166  5.9999999999999996e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0406773 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01479  predicted diguanylate cyclase  30.28 
 
 		 315 aa  145  1e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01490  hypothetical protein  30.28 
 
 		 315 aa  145  1e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2124  diguanylate cyclase  30.28 
 
 		 315 aa  145  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0045948  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2136  diguanylate cyclase  30.28 
 
 		 315 aa  145  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4599  diguanylate cyclase  42.56 
 
 		 231 aa  137  5e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.711309  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  47.37 
 
 		 525 aa  134  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1604  diguanylate cyclase  30.15 
 
 		 279 aa  134  5e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.608459  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  35.83 
 
 		 373 aa  133  6.999999999999999e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  39.34 
 
 		 548 aa  131  3e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 220 aa  130  4.0000000000000003e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 632 aa  130  6e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 464 aa  129  8.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  42.77 
 
 		 424 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  39.56 
 
 		 405 aa  128  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0540  diguanylate cyclase  25.8 
 
 		 489 aa  127  3e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  40.89 
 
 		 411 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  45.61 
 
 		 525 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1751  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 389 aa  127  5e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000123921  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.52 
 
 		 312 aa  125  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1977  membrane associated GGDEF protein  41.42 
 
 		 583 aa  125  1e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  43.2 
 
 		 448 aa  126  1e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  40.89 
 
 		 411 aa  126  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  39.9 
 
 		 411 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 540 aa  125  2e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 571 aa  125  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 380 aa  125  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  39.47 
 
 		 882 aa  125  2e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2588  response regulator receiver protein  45.09 
 
 		 568 aa  125  3e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  39.89 
 
 		 624 aa  124  3e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 314 aa  124  3e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.95 
 
 		 769 aa  124  4e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4864  GGDEF  35.75 
 
 		 532 aa  124  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 917 aa  124  4e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  46.3 
 
 		 381 aa  124  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.24 
 
 		 1093 aa  123  6e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.260436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.99 
 
 		 827 aa  123  6e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 494 aa  123  6e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  45.68 
 
 		 381 aa  123  7e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1787  hypothetical protein  43.01 
 
 		 381 aa  123  7e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  38.07 
 
 		 323 aa  123  8e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3330  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 401 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  38.07 
 
 		 323 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.94 
 
 		 312 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1730  diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 407 aa  122  9.999999999999999e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000615882 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 396 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  40.49 
 
 		 320 aa  122  9.999999999999999e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.44 
 
 		 324 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 459 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2154  GGDEF  38.83 
 
 		 411 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.2 
 
 		 326 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1211  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.28 
 
 		 587 aa  121  1.9999999999999998e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0242812 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.3 
 
 		 796 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2593  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 569 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0279465  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3012  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.17 
 
 		 619 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.299906  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3428  diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 425 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.261309 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.95 
 
 		 563 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  41.57 
 
 		 385 aa  121  3e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.45 
 
 		 796 aa  121  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1165  diguanylate cyclase  43.53 
 
 		 517 aa  121  3e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 317 aa  121  3e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 317 aa  121  3e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 494 aa  121  3e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0476  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 383 aa  121  3e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3802  signal transduction histidine kinase  31.2 
 
 		 574 aa  121  3e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.560077  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3437  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.38 
 
 		 684 aa  121  3e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.3 
 
 		 454 aa  121  3e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4901  hypothetical protein  43.27 
 
 		 375 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.296494  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56280  hypothetical protein  43.27 
 
 		 375 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.97 
 
 		 512 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  39.43 
 
 		 397 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.7 
 
 		 769 aa  120  3.9999999999999996e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.52 
 
 		 313 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.52 
 
 		 313 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2290  diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 646 aa  121  3.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.666302 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 377 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  40.12 
 
 		 523 aa  120  4.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3218  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 386 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.317388 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2594  diguanylate cyclase  40 
 
 		 582 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.27 
 
 		 438 aa  120  4.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.21 
 
 		 578 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.44 
 
 		 313 aa  120  6e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3863  diguanylate cyclase  37.3 
 
 		 426 aa  120  6e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4255  GGDEF  35.24 
 
 		 400 aa  120  6e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.39 
 
 		 736 aa  120  6e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  40.51 
 
 		 611 aa  120  6e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3362  diguanylate cyclase  36.13 
 
 		 380 aa  120  7e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4960  GGDEF  39.58 
 
 		 413 aa  120  7e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.806512  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0757  diguanylate cyclase  24.42 
 
 		 489 aa  120  7e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.371772  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6413  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.29 
 
 		 508 aa  120  7e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.905746 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>