More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_1143 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  100 
 
 		 532 aa  1095    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  30.52 
 
 		 492 aa  180  5.999999999999999e-44  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 753 aa  167  5e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0785  diguanylate cyclase  28.96 
 
 		 502 aa  167  5.9999999999999996e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  45.54 
 
 		 736 aa  162  1e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  29.19 
 
 		 495 aa  160  5e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.39 
 
 		 476 aa  159  1e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1560  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.87 
 
 		 569 aa  159  1e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 378 aa  157  5.0000000000000005e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  49.67 
 
 		 620 aa  155  2e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2750  diguanylate cyclase  45.73 
 
 		 380 aa  155  2e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  35.19 
 
 		 493 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 486 aa  153  8.999999999999999e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  46.01 
 
 		 659 aa  152  1e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 486 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 486 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.02 
 
 		 772 aa  152  1e-35  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 486 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  39.07 
 
 		 485 aa  152  2e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.12 
 
 		 901 aa  152  2e-35  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.69 
 
 		 424 aa  152  2e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 362 aa  152  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 486 aa  151  3e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  39.81 
 
 		 387 aa  150  5e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  43.17 
 
 		 237 aa  150  6e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2463  diguanylate cyclase  29.33 
 
 		 637 aa  149  9e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244329  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  44.24 
 
 		 316 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 373 aa  149  1.0000000000000001e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  48.72 
 
 		 227 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  39.07 
 
 		 485 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  45.91 
 
 		 355 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  39.73 
 
 		 381 aa  148  3e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.2 
 
 		 496 aa  147  3e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.79 
 
 		 419 aa  148  3e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 559 aa  147  5e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  44.05 
 
 		 307 aa  147  7.0000000000000006e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  46.39 
 
 		 464 aa  146  8.000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 354 aa  146  8.000000000000001e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 485 aa  146  8.000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5593  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.28 
 
 		 448 aa  146  9e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  41.31 
 
 		 422 aa  146  9e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  46.67 
 
 		 738 aa  145  1e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  44.79 
 
 		 302 aa  145  1e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  42.08 
 
 		 531 aa  145  1e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 304 aa  145  2e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  36.41 
 
 		 493 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2091  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 325 aa  145  3e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  34.26 
 
 		 493 aa  145  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  44.51 
 
 		 425 aa  144  4e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  44.79 
 
 		 354 aa  144  4e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  44.38 
 
 		 443 aa  144  5e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  37.67 
 
 		 485 aa  144  5e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  45.91 
 
 		 355 aa  143  7e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 768 aa  143  7e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  43.27 
 
 		 366 aa  143  9e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  44.64 
 
 		 455 aa  143  9e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  37.6 
 
 		 735 aa  143  9e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 495 aa  143  9e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2880  GGDEF  45.96 
 
 		 410 aa  142  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.16195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1820  diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 443 aa  143  9.999999999999999e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  42.29 
 
 		 357 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 485 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 432 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  46.95 
 
 		 332 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 794 aa  141  1.9999999999999998e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 369 aa  142  1.9999999999999998e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 381 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  41.8 
 
 		 457 aa  142  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 259 aa  142  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2044  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 325 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.82426  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 362 aa  141  3e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2282  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 325 aa  141  3e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4568  hypothetical protein  41.42 
 
 		 325 aa  141  3e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.91 
 
 		 791 aa  141  3e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  43.29 
 
 		 418 aa  141  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.57 
 
 		 610 aa  141  3.9999999999999997e-32  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 432 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  38.71 
 
 		 474 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.62 
 
 		 646 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.06 
 
 		 730 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  44.24 
 
 		 510 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.43 
 
 		 310 aa  140  6e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  44.79 
 
 		 354 aa  140  7e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1587  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.07 
 
 		 297 aa  140  7.999999999999999e-32  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.275085  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1815  diguanylate cyclase  32.91 
 
 		 379 aa  140  7.999999999999999e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.404044 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  44.03 
 
 		 355 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  42.94 
 
 		 355 aa  139  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  43.18 
 
 		 448 aa  139  1e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  41.48 
 
 		 306 aa  139  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  44.03 
 
 		 352 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 385 aa  139  1e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  41.48 
 
 		 307 aa  139  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.16 
 
 		 308 aa  138  2e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  35.24 
 
 		 485 aa  139  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.8 
 
 		 1078 aa  138  2e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  37.16 
 
 		 477 aa  139  2e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 351 aa  139  2e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  44.12 
 
 		 508 aa  138  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  36.19 
 
 		 405 aa  138  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  47.83 
 
 		 669 aa  138  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>