More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_4124 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  71.34 
 
 		 486 aa  750    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  70.87 
 
 		 485 aa  739    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  69.07 
 
 		 485 aa  716    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4411  diguanylate cyclase  67.01 
 
 		 485 aa  680    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.244707 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  100 
 
 		 485 aa  1003    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  71.69 
 
 		 485 aa  746    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  71.34 
 
 		 486 aa  747    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  71.55 
 
 		 486 aa  751    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  71.55 
 
 		 486 aa  750    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  71.9 
 
 		 485 aa  748    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  71.9 
 
 		 485 aa  743    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  70.1 
 
 		 486 aa  734    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  50.83 
 
 		 490 aa  510  1e-143  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  48.96 
 
 		 490 aa  489  1e-137  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  48.33 
 
 		 490 aa  482  1e-135  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1817  GGDEF family protein  48.74 
 
 		 512 aa  480  1e-134  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  46.97 
 
 		 491 aa  472  1e-132  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  42.76 
 
 		 508 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  40.5 
 
 		 495 aa  391  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1907  diguanylate cyclase  40.54 
 
 		 487 aa  372  1e-102  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.230991 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 493 aa  365  1e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2449  GGDEF domain-containing protein  40.46 
 
 		 498 aa  365  1e-99  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  38.62 
 
 		 493 aa  355  1e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  38.33 
 
 		 493 aa  350  2e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  35.59 
 
 		 477 aa  326  5e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3308  diguanylate cyclase  35.89 
 
 		 476 aa  311  2e-83  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2179  diguanylate cyclase  34.03 
 
 		 477 aa  304  3.0000000000000004e-81  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000210421  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  34.04 
 
 		 477 aa  300  3e-80  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3878  diguanylate cyclase  27.8 
 
 		 474 aa  160  3e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.431493  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1769  diguanylate cyclase  26.11 
 
 		 464 aa  156  8e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.128605  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.69 
 
 		 791 aa  155  2e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  46.75 
 
 		 418 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  45.18 
 
 		 539 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 357 aa  148  2.0000000000000003e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  36.97 
 
 		 532 aa  147  3e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  45.12 
 
 		 381 aa  148  3e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  46.15 
 
 		 425 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 403 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1181  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 482 aa  146  8.000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 372 aa  146  1e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  47.53 
 
 		 753 aa  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 571 aa  144  3e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  27.66 
 
 		 495 aa  144  4e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  42.22 
 
 		 443 aa  142  9.999999999999999e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03889  diguanylate cyclase  25.05 
 
 		 461 aa  142  9.999999999999999e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  41.84 
 
 		 357 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  40 
 
 		 422 aa  141  3e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 735 aa  141  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  43.53 
 
 		 362 aa  141  3e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 768 aa  141  3e-32  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 220 aa  140  4.999999999999999e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 499 aa  140  6e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5712  diguanylate cyclase  43.53 
 
 		 316 aa  140  7e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.54195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 360 aa  140  7e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4255  GGDEF  40.3 
 
 		 400 aa  139  8.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  43.79 
 
 		 513 aa  139  8.999999999999999e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  33.47 
 
 		 738 aa  139  1e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 527 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 324 aa  139  1e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 308 aa  139  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 322 aa  139  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.92 
 
 		 1078 aa  139  1e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  39.59 
 
 		 532 aa  138  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  31.88 
 
 		 448 aa  138  2e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  35.39 
 
 		 492 aa  138  2e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 459 aa  138  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  45 
 
 		 532 aa  138  2e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  44.85 
 
 		 736 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 532 aa  138  2e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  42.07 
 
 		 949 aa  139  2e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 382 aa  138  2e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  43.03 
 
 		 461 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 570 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  47.02 
 
 		 523 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  45.09 
 
 		 320 aa  138  3.0000000000000003e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 1774 aa  137  4e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 438 aa  137  4e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  34.56 
 
 		 611 aa  137  5e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 487 aa  137  6.0000000000000005e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  45.96 
 
 		 351 aa  136  8e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  35.02 
 
 		 306 aa  136  9e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  35.02 
 
 		 307 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  36.25 
 
 		 402 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  40.41 
 
 		 712 aa  135  9.999999999999999e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1303  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 237 aa  136  9.999999999999999e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 382 aa  135  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 634 aa  135  9.999999999999999e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  36.25 
 
 		 469 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3547  diguanylate cyclase  31.6 
 
 		 587 aa  136  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.67 
 
 		 550 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0512  response regulator PleD  38.27 
 
 		 456 aa  135  1.9999999999999998e-30  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 794 aa  135  1.9999999999999998e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  38.8 
 
 		 615 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 464 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  46.06 
 
 		 437 aa  135  1.9999999999999998e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0785  diguanylate cyclase  33.6 
 
 		 502 aa  134  3e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 659 aa  134  3e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  40.32 
 
 		 492 aa  134  3e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 304 aa  134  3e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.86 
 
 		 686 aa  134  3e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>