More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2896 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  100 
 
 		 443 aa  910    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1271  putative response regulator  35.03 
 
 		 443 aa  246  4.9999999999999997e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3648  formamidopyrimidine-DNA glycolase  35.06 
 
 		 435 aa  238  1e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0806  GGDEF family protein  34.78 
 
 		 443 aa  229  7e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003740  GGDEF family protein  30.59 
 
 		 445 aa  221  1.9999999999999999e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.440951  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3649  GGDEF family protein  31.8 
 
 		 456 aa  218  2e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02031  response regulator  32.41 
 
 		 448 aa  214  1.9999999999999998e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1063  GGDEF family protein  33.25 
 
 		 451 aa  203  6e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.449039  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2879  GGDEF domain-containing protein  30.75 
 
 		 421 aa  173  5.999999999999999e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.506111  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  44.57 
 
 		 485 aa  151  3e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.03 
 
 		 772 aa  150  6e-35  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.3 
 
 		 901 aa  148  2.0000000000000003e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  44.63 
 
 		 486 aa  146  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  44.63 
 
 		 486 aa  146  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  44.63 
 
 		 486 aa  146  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  44.63 
 
 		 486 aa  146  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.17 
 
 		 632 aa  145  1e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  46.88 
 
 		 427 aa  145  2e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  43.43 
 
 		 369 aa  145  2e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  45.14 
 
 		 486 aa  144  3e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  44 
 
 		 485 aa  144  4e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 532 aa  144  4e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  40.86 
 
 		 332 aa  144  5e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.1 
 
 		 610 aa  143  5e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  44.85 
 
 		 517 aa  142  8e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  43.71 
 
 		 659 aa  142  9.999999999999999e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 556 aa  142  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  43.43 
 
 		 485 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 485 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.51 
 
 		 564 aa  140  3e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 583 aa  140  4.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3362  diguanylate cyclase  44.07 
 
 		 380 aa  140  6e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 485 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  43.32 
 
 		 722 aa  139  8.999999999999999e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  41.79 
 
 		 464 aa  139  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  42.94 
 
 		 712 aa  139  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  45.96 
 
 		 492 aa  139  1e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 347 aa  138  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  40.31 
 
 		 498 aa  138  2e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  45.68 
 
 		 634 aa  138  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  41.27 
 
 		 372 aa  138  2e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.1 
 
 		 419 aa  138  2e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.71 
 
 		 550 aa  138  2e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  45.73 
 
 		 768 aa  138  2e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  43.53 
 
 		 354 aa  137  3.0000000000000003e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 314 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  35.42 
 
 		 378 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.72 
 
 		 309 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.1 
 
 		 424 aa  137  4e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  39.49 
 
 		 457 aa  137  4e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  42.17 
 
 		 425 aa  137  5e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 403 aa  137  5e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 373 aa  137  5e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0726  diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 547 aa  137  5e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.83 
 
 		 351 aa  136  7.000000000000001e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 539 aa  136  8e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.62 
 
 		 669 aa  136  9e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.72 
 
 		 476 aa  135  9.999999999999999e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  42.11 
 
 		 474 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 559 aa  135  9.999999999999999e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1194  diguanylate cyclase  40.86 
 
 		 471 aa  135  9.999999999999999e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.361877  normal  0.129887 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  38.12 
 
 		 1637 aa  135  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1225  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  43.17 
 
 		 985 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.90661  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 488 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.2 
 
 		 558 aa  134  3e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.64 
 
 		 314 aa  134  3e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 454 aa  134  3e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 322 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  41.38 
 
 		 455 aa  134  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 611 aa  134  3e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0676  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 550 aa  134  3e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0260909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  37.07 
 
 		 368 aa  134  3e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  40.93 
 
 		 612 aa  134  3e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 738 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 736 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 432 aa  134  3.9999999999999996e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 307 aa  134  3.9999999999999996e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 526 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2959  GGDEF domain-containing protein  35.93 
 
 		 292 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000656128  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 362 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4930  diguanylate cyclase  42.5 
 
 		 530 aa  134  5e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.22973 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  43.65 
 
 		 457 aa  133  5e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 464 aa  133  6e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 495 aa  133  6e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 536 aa  133  6e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1336  diguanylate cyclase  44.07 
 
 		 439 aa  133  6e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0220322  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1303  diguanylate cyclase  36.27 
 
 		 237 aa  133  6e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.45 
 
 		 505 aa  133  6e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  43.09 
 
 		 457 aa  133  6.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 237 aa  133  6.999999999999999e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  41.11 
 
 		 485 aa  133  7.999999999999999e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 355 aa  133  7.999999999999999e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 490 aa  133  7.999999999999999e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4143  putative diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 409 aa  132  7.999999999999999e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000307242  normal  0.739273 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  39.46 
 
 		 565 aa  133  7.999999999999999e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3230  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 642 aa  132  9e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00370  hypothetical protein with C-terminal GGDEF motif  45.57 
 
 		 529 aa  132  9e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  43.09 
 
 		 457 aa  132  9e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  40.38 
 
 		 753 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 432 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>