More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_2518 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  100 
 
 		 372 aa  764    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  51.74 
 
 		 381 aa  365  1e-100  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  38.25 
 
 		 403 aa  258  9e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  34.77 
 
 		 370 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  34.85 
 
 		 357 aa  207  2e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4684  GGDEF domain-containing protein  37.16 
 
 		 266 aa  194  2e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02658  GGDEF domain protein  34.38 
 
 		 366 aa  191  2e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  35.43 
 
 		 368 aa  176  8e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1863  diguanylate cyclase  31.23 
 
 		 368 aa  171  1e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.150647 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3762  diguanylate cyclase  31.34 
 
 		 368 aa  171  2e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.742847  normal  0.824996 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3587  diguanylate cyclase  34.94 
 
 		 364 aa  165  1.0000000000000001e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.684884  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 362 aa  157  4e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  49.37 
 
 		 492 aa  155  1e-36  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50.31 
 
 		 304 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  35.44 
 
 		 362 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  45.81 
 
 		 659 aa  152  1e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 485 aa  152  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  47.06 
 
 		 307 aa  151  2e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  46.29 
 
 		 736 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 467 aa  150  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1920  diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 346 aa  150  4e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  35.56 
 
 		 485 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  46.51 
 
 		 532 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  33.59 
 
 		 353 aa  148  2.0000000000000003e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.2 
 
 		 1078 aa  147  3e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  33.73 
 
 		 487 aa  147  3e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2407  diguanylate cyclase  34.05 
 
 		 364 aa  147  4.0000000000000006e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 485 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  39.5 
 
 		 680 aa  146  6e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  48.17 
 
 		 386 aa  146  6e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  43.65 
 
 		 493 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  48.78 
 
 		 395 aa  145  1e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  48.78 
 
 		 395 aa  145  1e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1554  GGDEF domain-containing protein  39.9 
 
 		 389 aa  144  2e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.84144  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 485 aa  144  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 485 aa  144  2e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 373 aa  144  3e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  41.29 
 
 		 638 aa  144  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  42.11 
 
 		 457 aa  144  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  35.15 
 
 		 486 aa  143  4e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 459 aa  143  4e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 486 aa  143  4e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4043  diguanylate cyclase  29.91 
 
 		 366 aa  143  5e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.902956  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.29 
 
 		 424 aa  143  6e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  44.89 
 
 		 523 aa  142  8e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 360 aa  142  9e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  40.45 
 
 		 334 aa  142  9.999999999999999e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  36.75 
 
 		 342 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 486 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.1 
 
 		 314 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 486 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  35.97 
 
 		 382 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  43.09 
 
 		 457 aa  142  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 486 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  42.13 
 
 		 493 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3230  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.12 
 
 		 642 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.2 
 
 		 669 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 753 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  39.25 
 
 		 565 aa  141  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  32.67 
 
 		 357 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  45.35 
 
 		 532 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2043  GGDEF domain-containing protein  37.14 
 
 		 289 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 464 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.71 
 
 		 917 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  43.79 
 
 		 405 aa  140  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.74 
 
 		 730 aa  140  3e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3903  diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 370 aa  140  3e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0522591 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.79 
 
 		 797 aa  140  3.9999999999999997e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1758  response regulatory protein (sensory transduction system)  36.19 
 
 		 289 aa  140  3.9999999999999997e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.110721  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.3 
 
 		 686 aa  140  3.9999999999999997e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  44.24 
 
 		 382 aa  140  3.9999999999999997e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 493 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  47.47 
 
 		 308 aa  139  4.999999999999999e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0219  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 303 aa  139  6e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  41.24 
 
 		 712 aa  139  7e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0093  diguanylate cyclase  34.17 
 
 		 426 aa  139  7e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.24 
 
 		 476 aa  139  7.999999999999999e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 314 aa  139  8.999999999999999e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 611 aa  138  1e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.33 
 
 		 632 aa  139  1e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  39.04 
 
 		 340 aa  138  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4493  diguanylate cyclase  36.76 
 
 		 332 aa  139  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.72 
 
 		 438 aa  139  1e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  43.6 
 
 		 418 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  42.53 
 
 		 621 aa  138  2e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5204  diguanylate cyclase  41.99 
 
 		 466 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0140022  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 735 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.39 
 
 		 419 aa  138  2e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  42.26 
 
 		 454 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  41.27 
 
 		 443 aa  137  3.0000000000000003e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  42.26 
 
 		 454 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  40.96 
 
 		 457 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 411 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  42.51 
 
 		 466 aa  137  4e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  42.51 
 
 		 466 aa  137  4e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  40.33 
 
 		 738 aa  137  4e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  42.51 
 
 		 466 aa  137  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 466 aa  137  4e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 466 aa  137  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  44.55 
 
 		 583 aa  137  4e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>