More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4043 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4043  diguanylate cyclase  100 
 
 		 366 aa  738    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.902956  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0159  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 368 aa  301  2e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.945874  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1920  diguanylate cyclase  33.04 
 
 		 346 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3961  diguanylate cyclase  31.71 
 
 		 340 aa  181  2e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042208 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  32.02 
 
 		 359 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  29.36 
 
 		 339 aa  171  2e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  33.21 
 
 		 360 aa  151  2e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  29.31 
 
 		 372 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4493  diguanylate cyclase  33.45 
 
 		 332 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  47.62 
 
 		 336 aa  138  2e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  35.27 
 
 		 413 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  31.99 
 
 		 381 aa  136  5e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 638 aa  133  5e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 493 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 758 aa  132  7.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.88 
 
 		 308 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  35.33 
 
 		 609 aa  131  2.0000000000000002e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  33.19 
 
 		 709 aa  131  2.0000000000000002e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.88 
 
 		 308 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0891  diguanylate cyclase  29.48 
 
 		 332 aa  131  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.492307 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  34.58 
 
 		 378 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 323 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.47 
 
 		 407 aa  130  3e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  40.23 
 
 		 623 aa  130  3e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  36.55 
 
 		 320 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 354 aa  129  5.0000000000000004e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 324 aa  129  6e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 324 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 324 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 411 aa  129  8.000000000000001e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02658  GGDEF domain protein  26.21 
 
 		 366 aa  129  1.0000000000000001e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  38.69 
 
 		 321 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  38.74 
 
 		 493 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.96 
 
 		 322 aa  128  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 764 aa  127  3e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 464 aa  127  3e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  38.74 
 
 		 493 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2431  diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 329 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.966679  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 764 aa  127  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 764 aa  127  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.24 
 
 		 1078 aa  127  4.0000000000000003e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  35.6 
 
 		 485 aa  126  5e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2174  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  39.44 
 
 		 320 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2517  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.16 
 
 		 614 aa  125  8.000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.655073  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 625 aa  125  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.91 
 
 		 668 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 510 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 510 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3576  diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 484 aa  125  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 624 aa  124  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  34.12 
 
 		 364 aa  124  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  37.36 
 
 		 334 aa  124  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 510 aa  125  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 625 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 625 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.38 
 
 		 578 aa  124  2e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.84 
 
 		 916 aa  125  2e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  38.29 
 
 		 523 aa  124  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1863  diguanylate cyclase  27.18 
 
 		 368 aa  124  3e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.150647 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 485 aa  124  3e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  26.02 
 
 		 368 aa  124  3e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 510 aa  124  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  38.55 
 
 		 628 aa  124  3e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  34.21 
 
 		 485 aa  124  3e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.91 
 
 		 668 aa  124  3e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1569  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.57 
 
 		 643 aa  123  4e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  36.55 
 
 		 324 aa  123  4e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  38.24 
 
 		 625 aa  123  4e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  35.03 
 
 		 319 aa  123  4e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  28.26 
 
 		 381 aa  123  4e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  35.84 
 
 		 388 aa  123  4e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.52 
 
 		 550 aa  123  5e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1635  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.57 
 
 		 643 aa  123  5e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 612 aa  123  5e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 390 aa  123  5e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01027  predicted diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 452 aa  123  6e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2571  diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 452 aa  123  6e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0240912 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 467 aa  123  6e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.81 
 
 		 424 aa  123  6e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 653 aa  123  6e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1143  diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 476 aa  123  6e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.011762  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01034  hypothetical protein  33.51 
 
 		 452 aa  123  6e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.82 
 
 		 698 aa  123  6e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  34.01 
 
 		 318 aa  123  6e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1145  diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 476 aa  123  6e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2617  diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 452 aa  122  7e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.885697  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3794  diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 328 aa  122  7e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.807786  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0797  diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 408 aa  122  8e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71948  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  34.27 
 
 		 369 aa  122  9e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 522 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3920  diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 328 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00763336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 436 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 631 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 614 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0531  diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 328 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.842524  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 507 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  35.12 
 
 		 569 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3412  diguanylate cyclase  29.27 
 
 		 346 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3737  diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 328 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0251056  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  32.4 
 
 		 373 aa  121  1.9999999999999998e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>