More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_3508 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  100 
 
 		 638 aa  1275    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  52.35 
 
 		 721 aa  384  1e-105  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  49.25 
 
 		 398 aa  207  5e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.61 
 
 		 636 aa  202  1.9999999999999998e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  50.74 
 
 		 377 aa  202  1.9999999999999998e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1614  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.7 
 
 		 531 aa  189  2e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.423577 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3460  GGDEF domain-containing protein  29.28 
 
 		 644 aa  184  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0284505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  52.66 
 
 		 555 aa  183  8.000000000000001e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2123  diguanylate cyclase  30.65 
 
 		 635 aa  183  9.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00833547 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  49.71 
 
 		 608 aa  178  2e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  43.41 
 
 		 565 aa  178  3e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  43.14 
 
 		 273 aa  176  1.9999999999999998e-42  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  49.4 
 
 		 494 aa  174  3.9999999999999995e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  49.4 
 
 		 494 aa  173  7.999999999999999e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3853  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.04 
 
 		 902 aa  172  1e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.769639  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4136  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.65 
 
 		 630 aa  172  1e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.138733  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4930  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.04 
 
 		 887 aa  172  2e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.221023 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3353  GGDEF family protein  28.65 
 
 		 626 aa  172  2e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.374674  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1731  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.93 
 
 		 637 aa  170  6e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000986575 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  45.35 
 
 		 1079 aa  170  8e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  45.91 
 
 		 498 aa  168  2e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  45.35 
 
 		 609 aa  167  5.9999999999999996e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  45.35 
 
 		 709 aa  166  8e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1542  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.52 
 
 		 1006 aa  166  9e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.101137 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.22 
 
 		 407 aa  166  9e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.39 
 
 		 352 aa  166  1.0000000000000001e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2290  diguanylate cyclase  50.29 
 
 		 646 aa  166  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.666302 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1912  diguanylate cyclase  28.36 
 
 		 619 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.693506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  33.13 
 
 		 338 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  32.73 
 
 		 428 aa  166  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1689  diguanylate cyclase  49.11 
 
 		 574 aa  166  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1676  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.78 
 
 		 850 aa  166  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.109527  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  49.11 
 
 		 574 aa  164  3e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.18 
 
 		 314 aa  164  4.0000000000000004e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5857  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.95 
 
 		 341 aa  164  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  35.74 
 
 		 768 aa  164  5.0000000000000005e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  43.37 
 
 		 663 aa  164  5.0000000000000005e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1747  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.59 
 
 		 850 aa  162  1e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.346291  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4812  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.43 
 
 		 1423 aa  160  7e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.330918  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.57 
 
 		 668 aa  159  1e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.73 
 
 		 309 aa  159  1e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  48.52 
 
 		 563 aa  158  2e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2700  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.14 
 
 		 324 aa  158  3e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.83 
 
 		 668 aa  158  3e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0136  diguanylate cyclase  34.91 
 
 		 1428 aa  157  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.68 
 
 		 353 aa  157  6e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.16 
 
 		 314 aa  155  1e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  46.78 
 
 		 1099 aa  156  1e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  50.92 
 
 		 457 aa  155  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  46.81 
 
 		 320 aa  155  2e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  36.72 
 
 		 498 aa  155  2e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  34.07 
 
 		 425 aa  155  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  34.4 
 
 		 540 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.86 
 
 		 557 aa  155  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  28.85 
 
 		 632 aa  155  2.9999999999999998e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  40.44 
 
 		 410 aa  154  4e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.69 
 
 		 730 aa  154  4e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 794 aa  154  5e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1964  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.28 
 
 		 884 aa  154  5.9999999999999996e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.826699  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.85 
 
 		 843 aa  154  7e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3727  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.82 
 
 		 748 aa  153  8e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  43.65 
 
 		 1826 aa  152  1e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  31.9 
 
 		 317 aa  152  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.03 
 
 		 550 aa  152  2e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  49.12 
 
 		 489 aa  152  2e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.21 
 
 		 646 aa  152  2e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  49.12 
 
 		 484 aa  152  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  49.08 
 
 		 457 aa  152  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 523 aa  152  2e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0318  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.86 
 
 		 612 aa  152  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  49.12 
 
 		 499 aa  152  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  49.12 
 
 		 499 aa  152  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1525  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.72 
 
 		 316 aa  151  3e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.15223e-23 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  49.12 
 
 		 499 aa  152  3e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  49.12 
 
 		 489 aa  152  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  47.73 
 
 		 308 aa  151  4e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 		 280 aa  151  4e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1977  membrane associated GGDEF protein  44.19 
 
 		 583 aa  151  4e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  46.01 
 
 		 457 aa  151  4e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2715  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.23 
 
 		 314 aa  151  5e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  42.27 
 
 		 517 aa  150  7e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0104  diguanylate cyclase  43.68 
 
 		 307 aa  150  7e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.851884 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.74 
 
 		 675 aa  150  8e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  42.86 
 
 		 455 aa  150  9e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  48.54 
 
 		 506 aa  150  9e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  38.78 
 
 		 354 aa  150  9e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  46.3 
 
 		 466 aa  150  9e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  47.24 
 
 		 454 aa  149  1.0000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1775  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.56 
 
 		 468 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.410369  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  42.8 
 
 		 367 aa  150  1.0000000000000001e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 492 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1903  diguanylate cyclase  40.47 
 
 		 466 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0429  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.31 
 
 		 431 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.320682  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  47.02 
 
 		 405 aa  149  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1484  diguanylate cyclase  45.61 
 
 		 615 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1926  diguanylate cyclase  40.47 
 
 		 466 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647076  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 319 aa  149  2.0000000000000003e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2168  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.73 
 
 		 831 aa  149  2.0000000000000003e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.273298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6176  diguanylate cyclase  40.47 
 
 		 466 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  50 
 
 		 564 aa  148  3e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>