More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_1477 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 
730 aa  1463    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0418  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.26 
 
 
572 aa  266  7e-70  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1646  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.63 
 
 
625 aa  235  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1707  diguanylate cyclase  36.97 
 
 
602 aa  234  4.0000000000000004e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1749  PAS:GGDEF  34.48 
 
 
476 aa  211  3e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0218536  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3776  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.9 
 
 
1098 aa  210  6e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1983  sensory box protein  28.24 
 
 
1136 aa  209  2e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0811196 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1546  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.35 
 
 
1098 aa  208  3e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1887  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.99 
 
 
1092 aa  206  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.55 
 
 
1098 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1931  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.28 
 
 
1289 aa  201  6e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0959119  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.04 
 
 
464 aa  194  5e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.67 
 
 
794 aa  194  5e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  29.67 
 
 
1301 aa  194  7e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0114339  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.14 
 
 
890 aa  192  1e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  29.1 
 
 
1037 aa  192  2e-47  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.34 
 
 
769 aa  187  5e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.16 
 
 
796 aa  187  6e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.86 
 
 
800 aa  187  8e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.62 
 
 
890 aa  186  1.0000000000000001e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.25 
 
 
796 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.88 
 
 
1143 aa  185  3e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  30.84 
 
 
1000 aa  185  3e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1907  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.99 
 
 
1013 aa  185  3e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.527158  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.88 
 
 
1143 aa  185  3e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.55 
 
 
796 aa  182  1e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.24 
 
 
827 aa  183  1e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.9 
 
 
1078 aa  180  9e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.21 
 
 
994 aa  176  9.999999999999999e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2558  signal transduction protein  26.12 
 
 
1061 aa  174  5.999999999999999e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000139112  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.51 
 
 
463 aa  174  6.999999999999999e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.82 
 
 
1071 aa  173  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00592248 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3120  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  24.69 
 
 
1653 aa  171  4e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  32.93 
 
 
451 aa  170  8e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.82 
 
 
578 aa  170  9e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  51.41 
 
 
350 aa  169  2e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2096  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.03 
 
 
953 aa  169  2e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000903564 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1325  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.37 
 
 
843 aa  167  6.9999999999999995e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000657328  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.35 
 
 
314 aa  167  9e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2305  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.24 
 
 
935 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0882428  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2122  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.96 
 
 
953 aa  165  2.0000000000000002e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0111685  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0304  sensory box/GGDEF domain protein  36.73 
 
 
332 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  36.73 
 
 
335 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.4 
 
 
710 aa  164  5.0000000000000005e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3275  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.85 
 
 
1094 aa  164  7e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.393091 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.41 
 
 
698 aa  163  1e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.29 
 
 
925 aa  162  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.67 
 
 
550 aa  162  2e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  53.89 
 
 
328 aa  162  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  49.13 
 
 
308 aa  162  3e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2313  sensory box/GGDEF domain protein  33.94 
 
 
323 aa  160  5e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.447231  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  28.93 
 
 
1245 aa  161  5e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4512  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.04 
 
 
1276 aa  161  5e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.292373  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  36.48 
 
 
323 aa  160  6e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  36.36 
 
 
329 aa  160  7e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  45.61 
 
 
361 aa  159  1e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.7 
 
 
935 aa  160  1e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  47.25 
 
 
321 aa  160  1e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.3 
 
 
905 aa  159  2e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.04 
 
 
438 aa  159  2e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.87 
 
 
419 aa  159  2e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.9 
 
 
572 aa  158  3e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  39.06 
 
 
620 aa  159  3e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.7 
 
 
444 aa  158  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.79 
 
 
407 aa  158  4e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  36.16 
 
 
323 aa  158  4e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2281  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.01 
 
 
450 aa  157  5.0000000000000005e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  51.53 
 
 
681 aa  157  9e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  47.65 
 
 
459 aa  156  1e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  44.44 
 
 
611 aa  155  2e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  30.02 
 
 
796 aa  155  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.55 
 
 
309 aa  156  2e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0442  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.23 
 
 
1785 aa  155  2.9999999999999998e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.11 
 
 
310 aa  155  2.9999999999999998e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  50.92 
 
 
680 aa  155  2.9999999999999998e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.38 
 
 
791 aa  155  4e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  37.39 
 
 
638 aa  154  4e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.72 
 
 
306 aa  154  5e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  47.9 
 
 
422 aa  154  5.9999999999999996e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  27.62 
 
 
1245 aa  154  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  45.88 
 
 
696 aa  154  7e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.39 
 
 
1244 aa  154  8e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  50.6 
 
 
172 aa  154  8e-36  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  37.5 
 
 
323 aa  153  8.999999999999999e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  46.7 
 
 
237 aa  153  8.999999999999999e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1579  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.96 
 
 
324 aa  153  1e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.37 
 
 
531 aa  153  1e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.37 
 
 
1511 aa  153  1e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2518  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.52 
 
 
751 aa  153  1e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00063624  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  38.22 
 
 
318 aa  153  1e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  32.63 
 
 
437 aa  153  1e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  42.94 
 
 
722 aa  152  2e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.63 
 
 
424 aa  152  2e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.6 
 
 
1505 aa  152  3e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  48.17 
 
 
586 aa  152  3e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.56 
 
 
512 aa  152  3e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  48.95 
 
 
339 aa  151  4e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.25 
 
 
306 aa  151  4e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  47.37 
 
 
559 aa  151  4e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.21 
 
 
342 aa  151  4e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>