More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3512 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  100 
 
 		 318 aa  664    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  82.02 
 
 		 321 aa  544  1e-154  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  78.55 
 
 		 323 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  78.55 
 
 		 324 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  78.23 
 
 		 324 aa  536  1e-151  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  78.23 
 
 		 324 aa  536  1e-151  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  75.79 
 
 		 320 aa  531  1e-150  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  79.81 
 
 		 324 aa  529  1e-149  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3794  diguanylate cyclase  78.86 
 
 		 328 aa  527  1e-148  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.807786  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  79.18 
 
 		 324 aa  525  1e-148  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  76.27 
 
 		 323 aa  525  1e-148  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  75.71 
 
 		 319 aa  525  1e-148  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3920  diguanylate cyclase  78.23 
 
 		 328 aa  521  1e-147  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00763336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0531  diguanylate cyclase  78.55 
 
 		 328 aa  522  1e-147  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.842524  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3737  diguanylate cyclase  78.55 
 
 		 328 aa  522  1e-147  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0251056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  72.24 
 
 		 320 aa  502  1e-141  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  53.31 
 
 		 319 aa  376  1e-103  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  54.46 
 
 		 332 aa  373  1e-102  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  52.05 
 
 		 322 aa  367  1e-100  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  50.32 
 
 		 316 aa  345  6e-94  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  49.21 
 
 		 322 aa  337  1.9999999999999998e-91  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  47.6 
 
 		 316 aa  334  1e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  48.26 
 
 		 320 aa  319  5e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  43.37 
 
 		 320 aa  298  7e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  45.21 
 
 		 325 aa  290  2e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  44.96 
 
 		 280 aa  273  4.0000000000000004e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  40.48 
 
 		 334 aa  257  2e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.46 
 
 		 312 aa  251  1e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  40.13 
 
 		 311 aa  250  2e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 312 aa  249  4e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1133  diguanylate cyclase  40.13 
 
 		 311 aa  248  8e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.047255  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  40.13 
 
 		 311 aa  248  8e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  40.13 
 
 		 311 aa  248  8e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  40.13 
 
 		 311 aa  248  8e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  40.13 
 
 		 311 aa  248  8e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2399  diguanylate cyclase  40.13 
 
 		 311 aa  248  8e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291213  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3279  diguanylate cyclase  40.13 
 
 		 311 aa  248  8e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0418707  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.13 
 
 		 312 aa  242  5e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.21 
 
 		 326 aa  242  7.999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.1 
 
 		 312 aa  241  1e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.87 
 
 		 313 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.21 
 
 		 313 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.21 
 
 		 313 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.54 
 
 		 312 aa  238  1e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.87 
 
 		 324 aa  238  1e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.24 
 
 		 315 aa  206  3e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 307 aa  200  3e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.12 
 
 		 301 aa  196  3e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03099  sensory box/GGDEF protein  52.38 
 
 		 163 aa  184  2.0000000000000003e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.727422  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1040  sensory box protein  52.35 
 
 		 160 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.951062  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0887  sensory box protein  52.35 
 
 		 160 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.141659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3726  putative PAS/PAC sensor protein  54.14 
 
 		 145 aa  169  7e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1752  diguanylate cyclase  30.03 
 
 		 301 aa  158  1e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000321576  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  43.28 
 
 		 422 aa  157  2e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.98 
 
 		 309 aa  156  5.0000000000000005e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 350 aa  155  9e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000473  hypothetical protein  46.43 
 
 		 145 aa  153  2.9999999999999998e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.22 
 
 		 730 aa  153  4e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1086  hypothetical protein  48.09 
 
 		 148 aa  152  7e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.394115  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06227  hypothetical protein  45.71 
 
 		 146 aa  152  8e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.98 
 
 		 314 aa  152  1e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3853  diguanylate cyclase  40.19 
 
 		 359 aa  150  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  35.61 
 
 		 487 aa  149  5e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.25 
 
 		 550 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  47.98 
 
 		 308 aa  147  3e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4041  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 282 aa  144  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649407 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  30.35 
 
 		 328 aa  144  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.58 
 
 		 353 aa  143  3e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0602  hypothetical protein  42.14 
 
 		 145 aa  142  6e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.55 
 
 		 564 aa  142  6e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 308 aa  142  7e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 308 aa  142  7e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1887  diguanylate cyclase  33.99 
 
 		 327 aa  142  8e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.876301  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  34 
 
 		 569 aa  142  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  39.57 
 
 		 345 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 446 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  34.21 
 
 		 548 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1205  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 371 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.82 
 
 		 586 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 354 aa  140  3.9999999999999997e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 343 aa  139  4.999999999999999e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1193  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 353 aa  139  7e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.76 
 
 		 499 aa  139  7.999999999999999e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.33 
 
 		 469 aa  139  8.999999999999999e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1329  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 353 aa  139  8.999999999999999e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.681295  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  31.39 
 
 		 425 aa  138  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 611 aa  138  1e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  32.41 
 
 		 418 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.1 
 
 		 698 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 732 aa  137  3.0000000000000003e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 464 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  43.87 
 
 		 525 aa  136  6.0000000000000005e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 764 aa  136  6.0000000000000005e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 764 aa  135  7.000000000000001e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2371  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 294 aa  135  7.000000000000001e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.171648  normal  0.191081 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 764 aa  135  7.000000000000001e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0168  GGDEF domain-containing protein  44.32 
 
 		 268 aa  135  8e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2699  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 251 aa  135  8e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 172 aa  135  8e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 322 aa  135  9e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>