More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_03790 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  98.76 
 
 
323 aa  643    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  100 
 
 
323 aa  654    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0304  sensory box/GGDEF domain protein  69.35 
 
 
332 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  67.49 
 
 
335 aa  448  1e-125  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  66.25 
 
 
329 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4996  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  67.39 
 
 
328 aa  443  1e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.445077  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0216  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  65.63 
 
 
328 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  65.94 
 
 
342 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  66.88 
 
 
342 aa  435  1e-121  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4307  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  72.04 
 
 
327 aa  431  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.46 
 
 
710 aa  180  2e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.7 
 
 
1143 aa  177  2e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.7 
 
 
1143 aa  177  2e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.16 
 
 
730 aa  158  1e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1646  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.42 
 
 
625 aa  158  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2709  two component signal transduction response regulator  34.73 
 
 
429 aa  157  2e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1707  diguanylate cyclase  35.22 
 
 
602 aa  155  7e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.4 
 
 
1101 aa  154  2e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0442  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.53 
 
 
1785 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.17 
 
 
796 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  30.56 
 
 
451 aa  152  1e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.17 
 
 
800 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2313  sensory box/GGDEF domain protein  36.75 
 
 
323 aa  151  2e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.447231  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2281  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.67 
 
 
450 aa  149  6e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  43.85 
 
 
381 aa  149  7e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  43.85 
 
 
381 aa  149  8e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  33 
 
 
317 aa  149  8e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3868  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.66 
 
 
1021 aa  149  9e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  35.06 
 
 
796 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.96 
 
 
352 aa  148  1.0000000000000001e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1077  sensory box/GGDEF family protein  35.42 
 
 
808 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.74 
 
 
796 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5857  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.64 
 
 
341 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3048  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.92 
 
 
683 aa  147  3e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  45.83 
 
 
247 aa  146  4.0000000000000006e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  39.79 
 
 
321 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  29.97 
 
 
338 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2443  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  31.14 
 
 
912 aa  145  6e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2914  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.77 
 
 
312 aa  145  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.89 
 
 
827 aa  145  1e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  44.81 
 
 
1000 aa  144  3e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  44.91 
 
 
1774 aa  143  5e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1723  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.08 
 
 
733 aa  142  7e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0254567  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  41.3 
 
 
626 aa  142  7e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.18 
 
 
519 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0257  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.88 
 
 
310 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.929741  normal  0.0241212 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1749  PAS:GGDEF  33.66 
 
 
476 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0218536  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.87 
 
 
769 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0252  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.88 
 
 
310 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.555837  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0631  diguanylate cyclase  34.16 
 
 
450 aa  140  3e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.08 
 
 
314 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0522  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.6 
 
 
1114 aa  139  3.9999999999999997e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2518  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.57 
 
 
751 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00063624  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.46 
 
 
796 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  48.24 
 
 
474 aa  139  6e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.68 
 
 
444 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  43.79 
 
 
424 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  48.24 
 
 
508 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  32.43 
 
 
548 aa  138  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30 
 
 
463 aa  137  2e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0747  diguanylate cyclase  40 
 
 
646 aa  137  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0221541 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3353  GGDEF family protein  34.62 
 
 
626 aa  137  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.374674  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  35.87 
 
 
497 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.21 
 
 
424 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  31.29 
 
 
638 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0490  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.25 
 
 
681 aa  137  3.0000000000000003e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.853397  normal  0.203863 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  45.03 
 
 
681 aa  137  3.0000000000000003e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  35.21 
 
 
437 aa  137  3.0000000000000003e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.66 
 
 
783 aa  136  4e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.218721 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.76 
 
 
578 aa  136  5e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  42.26 
 
 
381 aa  136  6.0000000000000005e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2523  diguanylate cyclase  41.08 
 
 
587 aa  135  8e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1751  diguanylate cyclase  42.62 
 
 
389 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000123921  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0488  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 
685 aa  134  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  35.89 
 
 
1037 aa  135  9.999999999999999e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3000  diguanylate cyclase  38.46 
 
 
585 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0187  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.92 
 
 
469 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  42.51 
 
 
582 aa  134  1.9999999999999998e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.28 
 
 
531 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2332  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  31.16 
 
 
960 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.78 
 
 
496 aa  134  3e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.11 
 
 
843 aa  133  3e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3055  sensory box-containing protein  32.31 
 
 
847 aa  134  3e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3459  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.56 
 
 
503 aa  133  3e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0939  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.18 
 
 
438 aa  133  3e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  42.53 
 
 
680 aa  134  3e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3048  diguanylate cyclase  31.23 
 
 
398 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.795755  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  48.28 
 
 
532 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.58 
 
 
1248 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.29 
 
 
407 aa  133  3.9999999999999996e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1366  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.64 
 
 
329 aa  133  5e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  31.39 
 
 
492 aa  133  5e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2977  diguanylate cyclase  34.22 
 
 
650 aa  133  5e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  44 
 
 
377 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.72 
 
 
860 aa  132  6e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.711633  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.51 
 
 
954 aa  132  6e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.993227  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2051  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.35 
 
 
703 aa  132  6e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.149643  normal  0.0751648 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  38.2 
 
 
408 aa  132  6e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.38 
 
 
772 aa  132  6.999999999999999e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1917  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.5 
 
 
1028 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>