More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_1583 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 
444 aa  902    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.46 
 
 
438 aa  340  2.9999999999999998e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.62 
 
 
769 aa  169  8e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  40 
 
 
492 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50.61 
 
 
312 aa  160  6e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  35.76 
 
 
632 aa  159  1e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  43.56 
 
 
350 aa  159  1e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.7 
 
 
730 aa  158  2e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.28 
 
 
578 aa  156  6e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.08 
 
 
1000 aa  155  1e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.54 
 
 
424 aa  155  2e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.64 
 
 
531 aa  154  2e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  36.3 
 
 
328 aa  154  4e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  47.51 
 
 
345 aa  153  5e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.74 
 
 
827 aa  152  1e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  33.87 
 
 
548 aa  151  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1949  sensory box protein  34.41 
 
 
654 aa  149  8e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  46.06 
 
 
949 aa  148  2.0000000000000003e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.09 
 
 
314 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35 
 
 
572 aa  145  1e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1829  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.75 
 
 
754 aa  145  1e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000110456  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4812  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.97 
 
 
1423 aa  145  1e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.330918  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  48.28 
 
 
308 aa  144  2e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  31.35 
 
 
316 aa  144  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.22 
 
 
469 aa  145  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.95 
 
 
698 aa  144  2e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  41.81 
 
 
335 aa  144  3e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2687  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.88 
 
 
792 aa  144  3e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0299536  normal  0.27507 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.15 
 
 
646 aa  143  5e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  42.37 
 
 
381 aa  143  6e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.51 
 
 
457 aa  143  7e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.59 
 
 
710 aa  143  8e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.44 
 
 
301 aa  143  8e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6173  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.15 
 
 
837 aa  142  8e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1260  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.34 
 
 
423 aa  142  9e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0136  diguanylate cyclase  34.53 
 
 
1428 aa  142  9e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  38.86 
 
 
312 aa  142  9e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3588  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.82 
 
 
827 aa  142  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0360121 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.89 
 
 
342 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.54 
 
 
550 aa  142  9.999999999999999e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5944  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.02 
 
 
745 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.120992 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  40.43 
 
 
307 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.58 
 
 
512 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.21 
 
 
905 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0762  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.48 
 
 
689 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  36 
 
 
437 aa  142  1.9999999999999998e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  43.89 
 
 
422 aa  140  3e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  39.77 
 
 
722 aa  140  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  45.62 
 
 
464 aa  140  3e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.51 
 
 
306 aa  140  3e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.01 
 
 
407 aa  141  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.18 
 
 
301 aa  141  3e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.51 
 
 
306 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  41.48 
 
 
422 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.69 
 
 
791 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.97 
 
 
568 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0216  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.33 
 
 
328 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.55 
 
 
419 aa  140  4.999999999999999e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2463  diguanylate cyclase  45.35 
 
 
637 aa  139  7e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244329  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.93 
 
 
772 aa  139  7.999999999999999e-32  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0645  serine/threonine protein kinase  35.21 
 
 
1644 aa  139  1e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0171562  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  40.68 
 
 
323 aa  139  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  40.68 
 
 
323 aa  139  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  41.81 
 
 
329 aa  139  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2096  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.33 
 
 
953 aa  139  1e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000903564 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.78 
 
 
342 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2195  diguanylate cyclase  47.06 
 
 
496 aa  139  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.741232  normal  0.445673 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2122  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.04 
 
 
953 aa  139  1e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0111685  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  31.79 
 
 
324 aa  139  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  31.79 
 
 
324 aa  139  1e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  31.79 
 
 
324 aa  139  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  39.52 
 
 
364 aa  138  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  48.57 
 
 
454 aa  138  2e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  47.24 
 
 
792 aa  138  2e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  46.67 
 
 
387 aa  138  2e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0876  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.13 
 
 
709 aa  138  2e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0730078  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  46.63 
 
 
681 aa  138  2e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.01 
 
 
797 aa  138  2e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1673  sensory box protein  33.82 
 
 
1346 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.338574  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  47.9 
 
 
464 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0304  sensory box/GGDEF domain protein  40.68 
 
 
332 aa  137  4e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  47.67 
 
 
559 aa  137  4e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  48.41 
 
 
362 aa  137  4e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  45.73 
 
 
1774 aa  137  4e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  47.24 
 
 
680 aa  137  5e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  41.67 
 
 
612 aa  137  6.0000000000000005e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4996  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.15 
 
 
328 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.445077  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0630  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.28 
 
 
699 aa  136  9e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3230  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.46 
 
 
642 aa  136  9e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  32.12 
 
 
320 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  38.25 
 
 
620 aa  135  9.999999999999999e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4938  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.09 
 
 
1027 aa  136  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.393519 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.46 
 
 
465 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  45.03 
 
 
570 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2518  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45 
 
 
751 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00063624  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  40.34 
 
 
582 aa  135  1.9999999999999998e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  30.49 
 
 
882 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  41.4 
 
 
346 aa  135  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3468  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.66 
 
 
745 aa  134  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0436703 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  43.9 
 
 
278 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>