More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0240 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0216  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  97.26 
 
 		 328 aa  657    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  97.37 
 
 		 342 aa  681    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 		 342 aa  702    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4996  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  91.16 
 
 		 328 aa  617  1e-176  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.445077  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  77.99 
 
 		 329 aa  511  1e-144  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  72.97 
 
 		 335 aa  504  1e-141  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0304  sensory box/GGDEF domain protein  73.64 
 
 		 332 aa  499  1e-140  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  66.25 
 
 		 323 aa  442  1e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  65.63 
 
 		 323 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4307  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  71.38 
 
 		 327 aa  433  1e-120  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.14 
 
 		 710 aa  170  4e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.43 
 
 		 1143 aa  166  6.9999999999999995e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.43 
 
 		 1143 aa  166  6.9999999999999995e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.4 
 
 		 572 aa  163  4.0000000000000004e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  31.86 
 
 		 317 aa  159  5e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2914  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.54 
 
 		 312 aa  159  6e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.15 
 
 		 827 aa  156  5.0000000000000005e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  47.9 
 
 		 1774 aa  156  5.0000000000000005e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  44.89 
 
 		 247 aa  151  1e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 1037 aa  152  1e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0331  diguanylate cyclase  33.56 
 
 		 318 aa  150  3e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.552505  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.21 
 
 		 730 aa  150  3e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1646  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.22 
 
 		 625 aa  150  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  31.88 
 
 		 338 aa  150  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.29 
 
 		 594 aa  150  4e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.73 
 
 		 352 aa  149  5e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3868  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34 
 
 		 1021 aa  149  8e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.07 
 
 		 531 aa  149  8e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5857  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.65 
 
 		 341 aa  149  9e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  32.68 
 
 		 451 aa  147  3e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2518  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.29 
 
 		 751 aa  147  3e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00063624  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0442  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.39 
 
 		 1785 aa  147  3e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 		 463 aa  146  5e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0252  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.21 
 
 		 310 aa  145  8.000000000000001e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.555837  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.3 
 
 		 314 aa  145  1e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  32.54 
 
 		 548 aa  144  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  37 
 
 		 492 aa  144  2e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0257  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.21 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.929741  normal  0.0241212 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  43.41 
 
 		 1000 aa  144  3e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.96 
 
 		 578 aa  143  3e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.73 
 
 		 769 aa  143  4e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  38.07 
 
 		 364 aa  142  8e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.89 
 
 		 444 aa  142  9e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2281  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.76 
 
 		 450 aa  142  9e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1707  diguanylate cyclase  36.6 
 
 		 602 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 519 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  45.2 
 
 		 474 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2443  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  28.82 
 
 		 912 aa  140  1.9999999999999998e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 322 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  45.86 
 
 		 508 aa  140  3e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  30.7 
 
 		 638 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1749  PAS:GGDEF  34.34 
 
 		 476 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0218536  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2709  two component signal transduction response regulator  30.97 
 
 		 429 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  42.93 
 
 		 626 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3048  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.56 
 
 		 683 aa  139  4.999999999999999e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.62 
 
 		 407 aa  140  4.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1260  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.78 
 
 		 423 aa  139  6e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2174  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  32.57 
 
 		 320 aa  139  7e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2431  diguanylate cyclase  30.82 
 
 		 329 aa  139  7e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.966679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0225  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.77 
 
 		 325 aa  138  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 582 aa  138  1e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.9 
 
 		 796 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  41.94 
 
 		 321 aa  138  1e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0522  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.15 
 
 		 1114 aa  137  2e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 408 aa  137  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0631  diguanylate cyclase  32.06 
 
 		 450 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1119  diguanylate cyclase  31.73 
 
 		 325 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.282481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0732  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.01 
 
 		 446 aa  136  4e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.22 
 
 		 464 aa  136  5e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2123  diguanylate cyclase  33.77 
 
 		 635 aa  136  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00833547 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 381 aa  136  5e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.5 
 
 		 797 aa  136  6.0000000000000005e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  35.91 
 
 		 470 aa  135  8e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  40.32 
 
 		 323 aa  135  8e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 477 aa  135  9e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22780  GGDEF protein  30.5 
 
 		 318 aa  135  9e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0043996  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3508  diguanylate cyclase  34.4 
 
 		 358 aa  135  9e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00123099  normal  0.413 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.02 
 
 		 901 aa  135  9e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  33.96 
 
 		 680 aa  135  9e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  37.37 
 
 		 334 aa  135  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1771  PAS:GGDEF  32.34 
 
 		 449 aa  135  9.999999999999999e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.71 
 
 		 796 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3353  GGDEF family protein  34.44 
 
 		 626 aa  135  9.999999999999999e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.374674  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.21 
 
 		 1101 aa  135  9.999999999999999e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  33.93 
 
 		 611 aa  135  9.999999999999999e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48930  GGDEF domain protein  64.42 
 
 		 281 aa  135  9.999999999999999e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 422 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.71 
 
 		 800 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2597  diguanylate cyclase  43.82 
 
 		 506 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.938839 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.71 
 
 		 796 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0939  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.67 
 
 		 438 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1723  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.59 
 
 		 733 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0254567  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3042  response regulator receiver protein  39.34 
 
 		 388 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  41.44 
 
 		 390 aa  134  3e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.67 
 
 		 550 aa  134  3e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.56 
 
 		 308 aa  134  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.56 
 
 		 308 aa  134  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  33.08 
 
 		 540 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  40.66 
 
 		 397 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>