More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_0088 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0304  sensory box/GGDEF domain protein  94.58 
 
 
332 aa  650    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  100 
 
 
335 aa  691    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  78.91 
 
 
329 aa  525  1e-148  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0216  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  73.03 
 
 
328 aa  499  1e-140  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  72.59 
 
 
342 aa  497  1e-140  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  74.6 
 
 
342 aa  488  1e-137  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4996  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  70.91 
 
 
328 aa  485  1e-136  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.445077  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4307  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  74.26 
 
 
327 aa  454  1e-127  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  67.49 
 
 
323 aa  448  1e-125  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  67.18 
 
 
323 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.35 
 
 
710 aa  170  4e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.37 
 
 
827 aa  166  5e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.73 
 
 
730 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  45.5 
 
 
1000 aa  156  4e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1646  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.33 
 
 
625 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.59 
 
 
1143 aa  155  9e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.59 
 
 
1143 aa  155  9e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2431  diguanylate cyclase  32.52 
 
 
329 aa  153  5e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.966679  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  32.78 
 
 
338 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2914  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.11 
 
 
312 aa  151  1e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  34.19 
 
 
492 aa  151  2e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  43.93 
 
 
247 aa  149  5e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.58 
 
 
352 aa  149  5e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  44.97 
 
 
1774 aa  148  1.0000000000000001e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2443  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  31.74 
 
 
912 aa  147  2.0000000000000003e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5857  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.24 
 
 
341 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  33.99 
 
 
317 aa  147  3e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0939  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.44 
 
 
438 aa  147  3e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.11 
 
 
572 aa  145  1e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.81 
 
 
444 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0490  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.73 
 
 
681 aa  144  3e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.853397  normal  0.203863 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3868  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.55 
 
 
1021 aa  143  4e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2518  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.7 
 
 
751 aa  143  4e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00063624  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.67 
 
 
314 aa  143  4e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.41 
 
 
578 aa  142  6e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.58 
 
 
1101 aa  142  7e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.62 
 
 
531 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1771  PAS:GGDEF  32.62 
 
 
449 aa  142  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0331  diguanylate cyclase  31.27 
 
 
318 aa  142  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.552505  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.06 
 
 
797 aa  140  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  34.98 
 
 
680 aa  141  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  37.62 
 
 
1037 aa  140  1.9999999999999998e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  28.2 
 
 
340 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3353  GGDEF family protein  34.19 
 
 
626 aa  140  3e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.374674  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2300  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.06 
 
 
936 aa  140  3e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.11 
 
 
308 aa  140  3.9999999999999997e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.11 
 
 
308 aa  140  3.9999999999999997e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1138  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  31.63 
 
 
756 aa  139  7e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0305477  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.07 
 
 
594 aa  139  7e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0252  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.11 
 
 
310 aa  139  7e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.555837  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3048  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.69 
 
 
683 aa  138  1e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.56 
 
 
769 aa  138  1e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.53 
 
 
407 aa  138  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33 
 
 
463 aa  137  2e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  30.49 
 
 
451 aa  137  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  39.15 
 
 
364 aa  137  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  31.76 
 
 
548 aa  138  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0257  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.11 
 
 
310 aa  138  2e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.929741  normal  0.0241212 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  46.15 
 
 
681 aa  138  2e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3508  diguanylate cyclase  34.49 
 
 
358 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00123099  normal  0.413 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  41.42 
 
 
422 aa  137  4e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3414  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.87 
 
 
673 aa  136  5e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  36.94 
 
 
768 aa  136  5e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  37.86 
 
 
611 aa  136  5e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2709  two component signal transduction response regulator  33.77 
 
 
429 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2281  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.11 
 
 
450 aa  136  6.0000000000000005e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2174  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  33.12 
 
 
320 aa  135  8e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3863  diguanylate cyclase  40.46 
 
 
426 aa  135  9e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2195  diguanylate cyclase  44.83 
 
 
496 aa  135  9.999999999999999e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.741232  normal  0.445673 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48930  GGDEF domain protein  71.91 
 
 
281 aa  135  9.999999999999999e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0517  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 
1072 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.251594  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  35.41 
 
 
497 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  40.45 
 
 
467 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  43.53 
 
 
302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3048  diguanylate cyclase  31.85 
 
 
398 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.795755  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  40.23 
 
 
628 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  42.61 
 
 
378 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.07 
 
 
457 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  35.21 
 
 
437 aa  134  1.9999999999999998e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  32.65 
 
 
659 aa  134  3e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.44 
 
 
519 aa  133  3e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  42.22 
 
 
321 aa  134  3e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  35.78 
 
 
334 aa  133  3.9999999999999996e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.16 
 
 
322 aa  133  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  40.12 
 
 
466 aa  133  5e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  40.12 
 
 
466 aa  133  5e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  40.12 
 
 
466 aa  133  5e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  40.12 
 
 
466 aa  133  5e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  40.12 
 
 
466 aa  133  5e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.22 
 
 
314 aa  133  5e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  40.12 
 
 
454 aa  133  5e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.67 
 
 
550 aa  133  5e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  39.51 
 
 
397 aa  133  5e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  39.04 
 
 
319 aa  133  5e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  40.12 
 
 
454 aa  133  5e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2523  diguanylate cyclase  43.89 
 
 
587 aa  132  6e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  43.56 
 
 
455 aa  132  6e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0418  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.75 
 
 
572 aa  132  6.999999999999999e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0442  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.72 
 
 
1785 aa  132  6.999999999999999e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3627  signal transduction protein  30.99 
 
 
709 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>