More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2521 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  100 
 
 		 350 aa  707    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  76.05 
 
 		 345 aa  513  1e-144  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  48.89 
 
 		 548 aa  172  1e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.37 
 
 		 550 aa  169  5e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.74 
 
 		 797 aa  169  7e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  51.41 
 
 		 730 aa  169  8e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  33.97 
 
 		 1037 aa  168  2e-40  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.63 
 
 		 698 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  33.54 
 
 		 451 aa  164  3e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  54.22 
 
 		 792 aa  162  1e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.02 
 
 		 578 aa  160  2e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  48.88 
 
 		 1000 aa  159  7e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.56 
 
 		 444 aa  159  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  47.43 
 
 		 307 aa  158  2e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.07 
 
 		 317 aa  157  2e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.09 
 
 		 314 aa  157  2e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.07 
 
 		 317 aa  157  2e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 317 aa  157  3e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  34.27 
 
 		 312 aa  157  4e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  44.75 
 
 		 321 aa  156  4e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 318 aa  155  9e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  44.86 
 
 		 571 aa  155  1e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  42.55 
 
 		 319 aa  154  2e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  42.02 
 
 		 316 aa  154  2e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  46.75 
 
 		 295 aa  153  4e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  47.37 
 
 		 413 aa  153  5e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.07 
 
 		 769 aa  152  5.9999999999999996e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  48.57 
 
 		 308 aa  152  1e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.5 
 
 		 407 aa  152  1e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2518  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.77 
 
 		 751 aa  151  1e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00063624  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  42.26 
 
 		 722 aa  150  2e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.33 
 
 		 827 aa  151  2e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  41.67 
 
 		 364 aa  150  3e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  44.85 
 
 		 492 aa  150  3e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.93 
 
 		 301 aa  150  3e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  45.73 
 
 		 1774 aa  149  5e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 354 aa  149  7e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.11 
 
 		 531 aa  149  7e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.22 
 
 		 512 aa  149  7e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 323 aa  149  9e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.58 
 
 		 572 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  42.49 
 
 		 323 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  48.89 
 
 		 510 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.63 
 
 		 438 aa  149  1.0000000000000001e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3794  diguanylate cyclase  43.81 
 
 		 328 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.807786  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3373  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 505 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4216  diguanylate cyclase  47.56 
 
 		 717 aa  148  2.0000000000000003e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3920  diguanylate cyclase  44.5 
 
 		 328 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00763336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.74 
 
 		 1078 aa  147  3e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0531  diguanylate cyclase  44.5 
 
 		 328 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.842524  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3737  diguanylate cyclase  44.5 
 
 		 328 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0251056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  49.09 
 
 		 680 aa  146  4.0000000000000006e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 316 aa  146  5e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 324 aa  146  5e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  41.45 
 
 		 324 aa  146  6e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 324 aa  146  6e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  39.68 
 
 		 320 aa  146  6e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  40.21 
 
 		 321 aa  146  6e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 324 aa  146  6e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  43.59 
 
 		 397 aa  146  7.0000000000000006e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.72 
 
 		 710 aa  146  7.0000000000000006e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 661 aa  145  8.000000000000001e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  38.97 
 
 		 459 aa  145  8.000000000000001e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  45.25 
 
 		 569 aa  145  9e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  36.04 
 
 		 464 aa  145  1e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2195  diguanylate cyclase  49.7 
 
 		 496 aa  145  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.741232  normal  0.445673 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.75 
 
 		 424 aa  145  1e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  48.45 
 
 		 574 aa  145  1e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1891  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 466 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.311116  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1821  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 466 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  49.16 
 
 		 516 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0470  GGDEF  42.35 
 
 		 412 aa  144  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.606028 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 396 aa  144  3e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  38.3 
 
 		 319 aa  144  3e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  34.35 
 
 		 649 aa  144  3e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  41.86 
 
 		 949 aa  143  4e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 322 aa  143  4e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 291 aa  143  4e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2593  diguanylate cyclase  39.06 
 
 		 569 aa  143  4e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0279465  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.49 
 
 		 564 aa  142  6e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  47.43 
 
 		 502 aa  142  6e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2371  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 294 aa  143  6e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.171648  normal  0.191081 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  45.41 
 
 		 227 aa  142  6e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  42.54 
 
 		 612 aa  142  6e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.35 
 
 		 309 aa  142  7e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  48.15 
 
 		 387 aa  142  9e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.83 
 
 		 419 aa  142  9e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  49.1 
 
 		 510 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1203  response regulator  45.4 
 
 		 634 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  47.95 
 
 		 509 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  49.1 
 
 		 510 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.02 
 
 		 901 aa  142  9.999999999999999e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  47.67 
 
 		 501 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  47.59 
 
 		 381 aa  142  9.999999999999999e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 620 aa  142  9.999999999999999e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 324 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.51 
 
 		 505 aa  141  9.999999999999999e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  45.56 
 
 		 457 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>