More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1282 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  100 
 
 
550 aa  1129    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.32 
 
 
558 aa  488  1e-136  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1511  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.26 
 
 
557 aa  299  7e-80  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00005186  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2800  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.34 
 
 
573 aa  196  6e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  33.95 
 
 
374 aa  196  1e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.04 
 
 
353 aa  184  4.0000000000000006e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  32.84 
 
 
342 aa  184  5.0000000000000004e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  45.07 
 
 
461 aa  180  4.999999999999999e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3072  diguanylate cyclase  31.36 
 
 
356 aa  180  5.999999999999999e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000986718 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1202  diguanylate cyclase  31.55 
 
 
356 aa  177  4e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0240122  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  34.37 
 
 
499 aa  176  7e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.92 
 
 
797 aa  176  8e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.89 
 
 
499 aa  176  8e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1844  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.54 
 
 
356 aa  174  3.9999999999999995e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  31.62 
 
 
554 aa  173  5.999999999999999e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.79 
 
 
792 aa  172  1e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.79 
 
 
563 aa  172  2e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1471  diguanylate cyclase  31.91 
 
 
439 aa  171  2e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  30.77 
 
 
732 aa  171  5e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  35.94 
 
 
494 aa  170  6e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21320  diguanylate cyclase  36.01 
 
 
510 aa  169  9e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14870  diguanylate cyclase  30.96 
 
 
462 aa  169  9e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.024895  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  32.02 
 
 
353 aa  169  9e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  28.09 
 
 
663 aa  168  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.2 
 
 
668 aa  167  5e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  35.32 
 
 
1099 aa  167  5.9999999999999996e-40  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.86 
 
 
668 aa  166  8e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.27 
 
 
355 aa  166  9e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  35.94 
 
 
1079 aa  166  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  38.71 
 
 
1073 aa  166  1.0000000000000001e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  35.48 
 
 
494 aa  164  3e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.55 
 
 
704 aa  161  3e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  37.5 
 
 
555 aa  160  4e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  37.72 
 
 
498 aa  160  6e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0645  serine/threonine protein kinase  38.89 
 
 
1644 aa  160  7e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0171562  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  38.53 
 
 
609 aa  159  1e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.55 
 
 
713 aa  159  1e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  38.53 
 
 
709 aa  159  2e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.3 
 
 
686 aa  158  2e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  35.06 
 
 
764 aa  159  2e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2731  diguanylate cyclase  41.58 
 
 
714 aa  159  2e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  35.06 
 
 
764 aa  157  4e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  35.06 
 
 
764 aa  157  4e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  37.27 
 
 
758 aa  157  7e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1162  GGDEF domain protein  30.06 
 
 
836 aa  156  9e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.359678  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1381  GGDEF domain/HD domain-containing protein  30.06 
 
 
792 aa  155  1e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  34.68 
 
 
273 aa  156  1e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  28.53 
 
 
688 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  37.73 
 
 
680 aa  154  2.9999999999999998e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1191  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.91 
 
 
841 aa  154  4e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  36.55 
 
 
681 aa  154  4e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  36.94 
 
 
517 aa  154  5e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2842  diguanylate cyclase  30.7 
 
 
785 aa  154  5.9999999999999996e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  28.94 
 
 
563 aa  154  5.9999999999999996e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  37.27 
 
 
483 aa  153  7e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  43.93 
 
 
721 aa  153  8.999999999999999e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1177  two component signal transduction response regulator  32.94 
 
 
470 aa  152  1e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  44.58 
 
 
280 aa  152  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1949  diguanylate cyclase  29.59 
 
 
733 aa  152  1e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0185  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.87 
 
 
1125 aa  152  1e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.49 
 
 
415 aa  152  2e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  43.71 
 
 
398 aa  152  2e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  43.03 
 
 
638 aa  151  3e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2290  diguanylate cyclase  29.46 
 
 
646 aa  151  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.666302 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  33.33 
 
 
565 aa  150  4e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0402  diguanylate cyclase  30.87 
 
 
866 aa  151  4e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.362695  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  42.68 
 
 
324 aa  150  4e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  42.68 
 
 
324 aa  150  4e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  32.51 
 
 
1774 aa  150  5e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3833  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.09 
 
 
732 aa  150  6e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  42.68 
 
 
324 aa  150  6e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.28 
 
 
710 aa  149  9e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1689  diguanylate cyclase  28.53 
 
 
574 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  28.53 
 
 
574 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4588  diguanylate cyclase  38.12 
 
 
613 aa  148  2.0000000000000003e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0646445  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  45.18 
 
 
320 aa  149  2.0000000000000003e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  46.34 
 
 
278 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2704  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.62 
 
 
494 aa  148  3e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0570321  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.11 
 
 
315 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.47 
 
 
310 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0634  response regulator  37.5 
 
 
470 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00145352  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  37.73 
 
 
681 aa  147  5e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1530  GGDEF/HD domain-containing protein  48.43 
 
 
564 aa  147  6e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.890216  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  41.58 
 
 
320 aa  147  6e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  42.94 
 
 
319 aa  147  7.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2470  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.13 
 
 
756 aa  146  8.000000000000001e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.578353  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3659  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.82 
 
 
362 aa  146  9e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3428  diguanylate cyclase  42.35 
 
 
425 aa  146  9e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.261309 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0842  GGDEF domain-containing protein  42.29 
 
 
391 aa  146  1e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000293697  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.11 
 
 
769 aa  146  1e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.86 
 
 
312 aa  145  2e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.07 
 
 
728 aa  145  2e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  38.54 
 
 
1826 aa  145  2e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.11 
 
 
557 aa  145  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  27.66 
 
 
1637 aa  145  2e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  37.43 
 
 
608 aa  145  2e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1811  GGDEF/HD domain-containing protein  46.11 
 
 
563 aa  145  2e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.63619  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  35.86 
 
 
343 aa  145  3e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2880  GGDEF  47.02 
 
 
410 aa  144  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.16195  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.77 
 
 
512 aa  144  3e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>