More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_02241 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  100 
 
 		 320 aa  665    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  89.96 
 
 		 280 aa  529  1e-149  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  57.23 
 
 		 322 aa  391  1e-107  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  44.66 
 
 		 320 aa  314  9.999999999999999e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  46.13 
 
 		 322 aa  312  5.999999999999999e-84  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  44.48 
 
 		 319 aa  308  8e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.16 
 
 		 332 aa  305  7e-82  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  43.56 
 
 		 323 aa  305  9.000000000000001e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  44.08 
 
 		 320 aa  302  5.000000000000001e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 324 aa  301  1e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  44.01 
 
 		 316 aa  300  2e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 324 aa  300  2e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 324 aa  300  2e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 318 aa  298  7e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  43.23 
 
 		 323 aa  296  2e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  43.04 
 
 		 316 aa  295  5e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  42.21 
 
 		 324 aa  287  2e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0531  diguanylate cyclase  42.21 
 
 		 328 aa  286  4e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.842524  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3737  diguanylate cyclase  42.21 
 
 		 328 aa  286  4e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0251056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3920  diguanylate cyclase  42.21 
 
 		 328 aa  286  5e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00763336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  40.2 
 
 		 319 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3794  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 328 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.807786  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  40.32 
 
 		 324 aa  280  3e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  40.65 
 
 		 321 aa  275  8e-73  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  40.94 
 
 		 325 aa  263  2e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 320 aa  246  4.9999999999999997e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.53 
 
 		 312 aa  237  2e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.2 
 
 		 326 aa  233  3e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.26 
 
 		 312 aa  233  3e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  37.16 
 
 		 311 aa  233  3e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.61 
 
 		 313 aa  233  3e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.61 
 
 		 313 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.61 
 
 		 313 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  36.51 
 
 		 334 aa  233  5e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  38.26 
 
 		 312 aa  232  6e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.54 
 
 		 312 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3279  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 311 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0418707  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  37.5 
 
 		 311 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  37.5 
 
 		 311 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 311 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2399  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 311 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291213  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 311 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1133  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 311 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.047255  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.87 
 
 		 324 aa  230  2e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.79 
 
 		 312 aa  228  9e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.33 
 
 		 315 aa  188  1e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.45 
 
 		 301 aa  182  6e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  34.63 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1752  diguanylate cyclase  30.49 
 
 		 301 aa  152  5.9999999999999996e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000321576  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1193  diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 353 aa  149  6e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.18 
 
 		 550 aa  149  8e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  34.7 
 
 		 525 aa  146  6e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 172 aa  145  6e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3428  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 425 aa  144  2e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.261309 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 487 aa  144  3e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.88 
 
 		 769 aa  143  4e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1205  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 371 aa  143  4e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  40.96 
 
 		 448 aa  142  6e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  40.82 
 
 		 638 aa  142  7e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1155  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 357 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.149088  normal  0.131446 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1177  two component signal transduction response regulator  42.37 
 
 		 470 aa  142  9.999999999999999e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  43.1 
 
 		 457 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  43.1 
 
 		 457 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.04 
 
 		 550 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  43.1 
 
 		 457 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1189  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 357 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0106637  normal  0.54324 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 369 aa  140  3.9999999999999997e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  35.16 
 
 		 498 aa  139  6e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  42.53 
 
 		 457 aa  139  6e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4255  GGDEF  44.19 
 
 		 400 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  40.23 
 
 		 457 aa  138  1e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1329  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 353 aa  137  2e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.681295  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1172  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 361 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00821476  hitchhiker  0.00260233 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.95 
 
 		 698 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  38.6 
 
 		 949 aa  137  3.0000000000000003e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  43.37 
 
 		 485 aa  136  4e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0422  diguanylate cyclase AdrA  40.46 
 
 		 370 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.143029 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0440  diguanylate cyclase AdrA  40.46 
 
 		 370 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 322 aa  136  4e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 612 aa  136  4e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0427  diguanylate cyclase AdrA  40.46 
 
 		 370 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0421  diguanylate cyclase AdrA  40.46 
 
 		 370 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0482  diguanylate cyclase AdrA  40.46 
 
 		 370 aa  136  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0302  diguanylate cyclase AdrA  40.35 
 
 		 366 aa  136  5e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  29.97 
 
 		 328 aa  136  5e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0412  diguanylate cyclase AdrA  40.35 
 
 		 371 aa  136  5e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  42.53 
 
 		 457 aa  136  5e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0453  diguanylate cyclase AdrA  40.35 
 
 		 371 aa  136  5e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0856  diguanylate cyclase AdrA  39.53 
 
 		 371 aa  136  5e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0674918 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03099  sensory box/GGDEF protein  38.96 
 
 		 163 aa  135  6.0000000000000005e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.727422  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4260  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 360 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000860912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0459  diguanylate cyclase AdrA  40.35 
 
 		 371 aa  135  7.000000000000001e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 764 aa  135  8e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  36.75 
 
 		 339 aa  135  8e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3373  diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 505 aa  135  8e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  39.36 
 
 		 556 aa  135  9e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  41.71 
 
 		 457 aa  135  9e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 764 aa  135  9e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 764 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 322 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>