More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003519 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  100 
 
 		 280 aa  587  1e-166  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  89.96 
 
 		 320 aa  529  1e-149  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  55.36 
 
 		 322 aa  342  5e-93  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  46.57 
 
 		 319 aa  285  4e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  48.38 
 
 		 322 aa  285  5.999999999999999e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  47.12 
 
 		 320 aa  282  4.0000000000000003e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  46.4 
 
 		 320 aa  278  7e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  44.49 
 
 		 323 aa  277  1e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.65 
 
 		 332 aa  276  3e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  44.4 
 
 		 324 aa  273  3e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  44.96 
 
 		 318 aa  273  3e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  44.4 
 
 		 324 aa  272  5.000000000000001e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 323 aa  272  5.000000000000001e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  44.4 
 
 		 324 aa  272  5.000000000000001e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 316 aa  269  2.9999999999999997e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  42.24 
 
 		 319 aa  264  1e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  44.4 
 
 		 324 aa  261  6.999999999999999e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  43.12 
 
 		 316 aa  261  6.999999999999999e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0531  diguanylate cyclase  43.32 
 
 		 328 aa  261  1e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.842524  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3737  diguanylate cyclase  43.32 
 
 		 328 aa  261  1e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0251056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3920  diguanylate cyclase  43.32 
 
 		 328 aa  260  2e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00763336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3794  diguanylate cyclase  42.96 
 
 		 328 aa  258  7e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.807786  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  42.96 
 
 		 324 aa  258  9e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  42.14 
 
 		 321 aa  251  1e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  42.37 
 
 		 325 aa  241  1e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  40.07 
 
 		 320 aa  222  6e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2399  diguanylate cyclase  40.44 
 
 		 311 aa  221  8e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291213  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  40.44 
 
 		 311 aa  221  8e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3279  diguanylate cyclase  40.44 
 
 		 311 aa  221  8e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0418707  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  40.44 
 
 		 311 aa  221  8e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  40.44 
 
 		 311 aa  221  8e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1133  diguanylate cyclase  40.44 
 
 		 311 aa  221  8e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.047255  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  40.44 
 
 		 311 aa  221  8e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  39.34 
 
 		 311 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.99 
 
 		 326 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.69 
 
 		 312 aa  216  4e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.42 
 
 		 312 aa  215  5e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.63 
 
 		 313 aa  215  8e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 312 aa  214  9e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.82 
 
 		 312 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.27 
 
 		 324 aa  211  9e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.55 
 
 		 312 aa  210  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.28 
 
 		 313 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.28 
 
 		 313 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  36.59 
 
 		 334 aa  206  3e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.53 
 
 		 315 aa  165  8e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  35.38 
 
 		 307 aa  158  9e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.58 
 
 		 550 aa  152  5.9999999999999996e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  43.11 
 
 		 448 aa  152  8e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 638 aa  151  8.999999999999999e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  45.57 
 
 		 525 aa  151  1e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.16 
 
 		 301 aa  149  5e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 172 aa  149  7e-35  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1193  diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 353 aa  145  7.0000000000000006e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.45 
 
 		 769 aa  144  1e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3428  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 425 aa  144  2e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.261309 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.11 
 
 		 550 aa  143  3e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4255  GGDEF  44.77 
 
 		 400 aa  142  4e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.53 
 
 		 698 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 485 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1155  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 357 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.149088  normal  0.131446 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  39.61 
 
 		 418 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  42.53 
 
 		 457 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  44.3 
 
 		 498 aa  140  3e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0459  diguanylate cyclase AdrA  40.59 
 
 		 371 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0302  diguanylate cyclase AdrA  41.76 
 
 		 366 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0412  diguanylate cyclase AdrA  41.76 
 
 		 371 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0421  diguanylate cyclase AdrA  41.04 
 
 		 370 aa  139  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0453  diguanylate cyclase AdrA  41.76 
 
 		 371 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  42.53 
 
 		 457 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0422  diguanylate cyclase AdrA  41.04 
 
 		 370 aa  139  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.143029 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0427  diguanylate cyclase AdrA  41.04 
 
 		 370 aa  139  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0440  diguanylate cyclase AdrA  41.04 
 
 		 370 aa  139  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0482  diguanylate cyclase AdrA  41.04 
 
 		 370 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  41.38 
 
 		 455 aa  138  7.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 322 aa  138  8.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1329  diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 353 aa  138  8.999999999999999e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.681295  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  42.53 
 
 		 457 aa  138  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  41.95 
 
 		 485 aa  137  1e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 351 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1328  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 437 aa  137  1e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.561523  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00332  predicted diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 371 aa  137  2e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3223  diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 371 aa  137  2e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  38.79 
 
 		 425 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3247  diguanylate cyclase AdrA  39.9 
 
 		 371 aa  137  2e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0905888 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1189  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 357 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0106637  normal  0.54324 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  42.94 
 
 		 323 aa  137  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  35.74 
 
 		 499 aa  137  2e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.04 
 
 		 531 aa  137  2e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0415  diguanylate cyclase AdrA  39.9 
 
 		 371 aa  137  2e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00336  hypothetical protein  39.9 
 
 		 371 aa  137  2e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 422 aa  137  2e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 569 aa  137  2e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  41.95 
 
 		 457 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  43.35 
 
 		 308 aa  136  3.0000000000000003e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 487 aa  136  3.0000000000000003e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 630 aa  136  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 369 aa  137  3.0000000000000003e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0856  diguanylate cyclase AdrA  40.12 
 
 		 371 aa  136  3.0000000000000003e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0674918 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  44.3 
 
 		 487 aa  136  4e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>