More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_1298 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  100 
 
 
353 aa  720    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  70.62 
 
 
342 aa  494  1e-139  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  59.83 
 
 
353 aa  437  1e-121  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1202  diguanylate cyclase  57.67 
 
 
356 aa  416  9.999999999999999e-116  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0240122  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3072  diguanylate cyclase  57.56 
 
 
356 aa  411  1e-114  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000986718 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.72 
 
 
355 aa  305  9.000000000000001e-82  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3659  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.98 
 
 
362 aa  191  1e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  46.82 
 
 
563 aa  191  2e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1844  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.19 
 
 
356 aa  188  1e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1949  diguanylate cyclase  34.91 
 
 
733 aa  187  3e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.04 
 
 
550 aa  184  2.0000000000000003e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  34.01 
 
 
681 aa  181  2e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  35.19 
 
 
374 aa  179  7e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  33.73 
 
 
688 aa  179  8e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  40.33 
 
 
764 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  35.69 
 
 
1079 aa  177  2e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  40.33 
 
 
764 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  39.92 
 
 
764 aa  176  4e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.2 
 
 
499 aa  176  5e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.22 
 
 
713 aa  175  9e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.53 
 
 
704 aa  175  9e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  30.97 
 
 
663 aa  173  2.9999999999999996e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0744  diguanylate cyclase  35.26 
 
 
753 aa  173  3.9999999999999995e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165088  normal  0.416995 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2715  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.15 
 
 
314 aa  172  5.999999999999999e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  38.44 
 
 
555 aa  172  7.999999999999999e-42  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.69 
 
 
686 aa  171  2e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1471  diguanylate cyclase  38.29 
 
 
439 aa  170  3e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1525  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.72 
 
 
316 aa  170  4e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.15223e-23 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.71 
 
 
710 aa  170  4e-41  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1162  GGDEF domain protein  41.01 
 
 
836 aa  169  5e-41  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.359678  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.99 
 
 
668 aa  169  6e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.99 
 
 
668 aa  169  6e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1191  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.4 
 
 
841 aa  168  1e-40  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  38.89 
 
 
494 aa  168  2e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2470  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.24 
 
 
756 aa  167  2e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.578353  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0701  diguanylate cyclase  43.22 
 
 
650 aa  167  2e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.291224  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21320  diguanylate cyclase  35.71 
 
 
510 aa  166  4e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1476  diguanylate cyclase  37.54 
 
 
414 aa  166  5e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.64785  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  32.35 
 
 
609 aa  165  1.0000000000000001e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  38.43 
 
 
494 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2842  diguanylate cyclase  35.47 
 
 
785 aa  165  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1381  GGDEF domain/HD domain-containing protein  41.4 
 
 
792 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  35.32 
 
 
565 aa  163  3e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  32.06 
 
 
709 aa  162  6e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3097  diguanylate cyclase  31.25 
 
 
458 aa  161  2e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.948135  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  37.13 
 
 
369 aa  160  2e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  29.48 
 
 
1073 aa  160  2e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.87 
 
 
558 aa  160  3e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.18 
 
 
415 aa  160  3e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.56 
 
 
314 aa  160  4e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  33.02 
 
 
758 aa  159  9e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  34.23 
 
 
273 aa  158  1e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1165  diguanylate cyclase  36.56 
 
 
459 aa  158  1e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000192138 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.37 
 
 
728 aa  158  2e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  36.25 
 
 
732 aa  157  2e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.16 
 
 
564 aa  157  2e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  31.41 
 
 
471 aa  157  3e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  44.68 
 
 
638 aa  157  4e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.82 
 
 
797 aa  156  5.0000000000000005e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.65 
 
 
675 aa  156  5.0000000000000005e-37  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  46.11 
 
 
320 aa  156  6e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0125  GGDEF domain-containing protein  32.65 
 
 
371 aa  156  7e-37  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  37.45 
 
 
1826 aa  155  9e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  43.35 
 
 
308 aa  155  1e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.63 
 
 
309 aa  155  1e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0691  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.01 
 
 
742 aa  154  2e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  32.76 
 
 
1099 aa  154  2.9999999999999998e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  36.68 
 
 
517 aa  154  2.9999999999999998e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3833  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.72 
 
 
732 aa  153  4e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1658  response regulator/GGDEF domain-containing protein  36.25 
 
 
458 aa  152  8e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.939598  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1177  two component signal transduction response regulator  34.96 
 
 
470 aa  152  8e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  30.24 
 
 
554 aa  152  8e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.5 
 
 
469 aa  151  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  38.43 
 
 
498 aa  152  1e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  47.27 
 
 
227 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2290  diguanylate cyclase  38.72 
 
 
646 aa  152  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.666302 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2312  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.14 
 
 
597 aa  151  2e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2704  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.8 
 
 
494 aa  151  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0570321  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1977  membrane associated GGDEF protein  36.2 
 
 
583 aa  150  3e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  32.1 
 
 
680 aa  150  3e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  36.82 
 
 
608 aa  150  3e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.47 
 
 
664 aa  150  4e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0645  serine/threonine protein kinase  38.26 
 
 
1644 aa  150  5e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0171562  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.36 
 
 
348 aa  149  6e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.36 
 
 
348 aa  149  6e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4216  diguanylate cyclase  42.11 
 
 
717 aa  149  7e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.55 
 
 
792 aa  149  9e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1511  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.68 
 
 
557 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00005186  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  36.23 
 
 
343 aa  149  1.0000000000000001e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.91 
 
 
563 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1886  diguanylate cyclase  38.74 
 
 
462 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  38.89 
 
 
525 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  37.86 
 
 
569 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  41.95 
 
 
320 aa  147  2.0000000000000003e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1760  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.73 
 
 
473 aa  147  3e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.554911  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2650  diguanylate cyclase  39.27 
 
 
347 aa  147  3e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.556547 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0881  diguanylate cyclase  42.94 
 
 
376 aa  146  5e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000228326  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  37.89 
 
 
368 aa  146  6e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  45.06 
 
 
457 aa  146  6e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4588  diguanylate cyclase  40.64 
 
 
613 aa  145  7.0000000000000006e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0646445  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>