More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1536 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  100 
 
 		 278 aa  569  1e-161  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  77.82 
 
 		 298 aa  425  1e-118  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  38.63 
 
 		 291 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2732  diguanylate cyclase  41.77 
 
 		 283 aa  177  1e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.359365 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.21 
 
 		 322 aa  163  4.0000000000000004e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.21 
 
 		 322 aa  162  4.0000000000000004e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  47.06 
 
 		 172 aa  162  5.0000000000000005e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 351 aa  162  6e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.69 
 
 		 301 aa  159  7e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  49.38 
 
 		 343 aa  156  4e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 494 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 322 aa  153  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 494 aa  152  5.9999999999999996e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.94 
 
 		 698 aa  152  7e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 640 aa  152  8.999999999999999e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.08 
 
 		 772 aa  150  2e-35  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  45.12 
 
 		 457 aa  150  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  45.73 
 
 		 457 aa  150  3e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.34 
 
 		 550 aa  149  4e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.17 
 
 		 531 aa  149  5e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 498 aa  149  7e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.5 
 
 		 322 aa  148  8e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 307 aa  148  9e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  45.35 
 
 		 464 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 422 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  48.17 
 
 		 483 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1231  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 345 aa  147  2.0000000000000003e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  44.85 
 
 		 320 aa  147  3e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 308 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 308 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 638 aa  145  5e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.48 
 
 		 710 aa  145  6e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.85 
 
 		 424 aa  145  6e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2239  diguanylate cyclase  42.25 
 
 		 387 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.12 
 
 		 310 aa  145  7.0000000000000006e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  35.44 
 
 		 571 aa  145  8.000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 555 aa  145  8.000000000000001e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6003  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 371 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.753958  normal  0.321238 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  34.18 
 
 		 373 aa  145  9e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 620 aa  144  1e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0645  serine/threonine protein kinase  42.77 
 
 		 1644 aa  144  1e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0171562  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  47.27 
 
 		 578 aa  144  1e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 454 aa  144  1e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  35.14 
 
 		 357 aa  144  1e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.27 
 
 		 704 aa  144  2e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  42.37 
 
 		 722 aa  144  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.85 
 
 		 797 aa  143  2e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2619  diguanylate cyclase  47.37 
 
 		 471 aa  144  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.912775  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  44.25 
 
 		 498 aa  144  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  42.53 
 
 		 466 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  46.67 
 
 		 578 aa  144  2e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.27 
 
 		 713 aa  143  3e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 460 aa  143  3e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  42.86 
 
 		 328 aa  143  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.2 
 
 		 550 aa  143  3e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  41.92 
 
 		 457 aa  142  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  44.72 
 
 		 487 aa  142  4e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 464 aa  143  4e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  40.85 
 
 		 461 aa  143  4e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  42.78 
 
 		 506 aa  142  6e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  39.71 
 
 		 342 aa  142  7e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 680 aa  142  7e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4141  diguanylate cyclase  44.79 
 
 		 312 aa  142  8e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00274749 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  48.21 
 
 		 578 aa  142  8e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1847  diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 470 aa  142  8e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  35.83 
 
 		 381 aa  142  8e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  45.12 
 
 		 498 aa  142  9e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  41.57 
 
 		 316 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  41.21 
 
 		 451 aa  141  9.999999999999999e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 718 aa  141  9.999999999999999e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.03 
 
 		 792 aa  141  9.999999999999999e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.03 
 
 		 610 aa  141  9.999999999999999e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.29 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 554 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  42.51 
 
 		 457 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  45.93 
 
 		 492 aa  141  9.999999999999999e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  42.27 
 
 		 489 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  42.27 
 
 		 499 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  42.27 
 
 		 484 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  42.27 
 
 		 499 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.49 
 
 		 312 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  42.27 
 
 		 499 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  42.78 
 
 		 506 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  42.27 
 
 		 489 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 355 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 374 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  42.08 
 
 		 459 aa  140  1.9999999999999998e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 1774 aa  140  1.9999999999999998e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.02 
 
 		 901 aa  140  3e-32  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0798  GGDEF domain-containing protein  44.51 
 
 		 496 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.412232  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  40.85 
 
 		 455 aa  140  3e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.38 
 
 		 469 aa  140  3e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  41.32 
 
 		 457 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 306 aa  140  3e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.88 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  42.51 
 
 		 457 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  41.8 
 
 		 681 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0701  diguanylate cyclase  43.43 
 
 		 650 aa  139  3.9999999999999997e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.291224  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0413  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 342 aa  139  3.9999999999999997e-32  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  46.25 
 
 		 320 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>