More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2619 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_1847  diguanylate cyclase  92.77 
 
 		 470 aa  910    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2619  diguanylate cyclase  100 
 
 		 471 aa  974    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.912775  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1194  diguanylate cyclase  41.59 
 
 		 471 aa  365  1e-100  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.361877  normal  0.129887 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1679  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 460 aa  345  1e-93  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1683  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 460 aa  345  1e-93  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1575  diguanylate cyclase  41.02 
 
 		 460 aa  343  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2167  diguanylate cyclase  41.02 
 
 		 460 aa  343  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0116704  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2157  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 460 aa  343  4e-93  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0941263  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2103  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 460 aa  343  4e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00420  GGDEF domain protein  37.53 
 
 		 464 aa  334  3e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3654  diguanylate cyclase  37.16 
 
 		 473 aa  332  1e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.271139  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3244  diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 454 aa  330  4e-89  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01448  predicted diguanylate cyclase  44.94 
 
 		 347 aa  284  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01461  hypothetical protein  44.94 
 
 		 347 aa  284  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0457  diguanylate cyclase  35.03 
 
 		 472 aa  274  3e-72  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100839  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1649  diguanylate cyclase  31.05 
 
 		 453 aa  224  2e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.103879  normal  0.646228 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.35 
 
 		 407 aa  147  3e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  47.37 
 
 		 278 aa  144  3e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 298 aa  143  7e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 696 aa  142  9e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1150  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 547 aa  142  9.999999999999999e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.17 
 
 		 1078 aa  141  3e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 436 aa  138  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45 
 
 		 772 aa  138  2e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0470  GGDEF  44.65 
 
 		 412 aa  137  4e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.606028 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  43.75 
 
 		 457 aa  136  8e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  36.99 
 
 		 523 aa  136  8e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.08 
 
 		 301 aa  135  9.999999999999999e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  41.21 
 
 		 565 aa  135  9.999999999999999e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  42.26 
 
 		 668 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  43.37 
 
 		 506 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.25 
 
 		 586 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1745  diguanylate cyclase  39.04 
 
 		 401 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.597218  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.71 
 
 		 550 aa  134  3e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  44.3 
 
 		 461 aa  134  3e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  31.97 
 
 		 411 aa  134  3.9999999999999996e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  43.75 
 
 		 306 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 614 aa  133  5e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  43.75 
 
 		 307 aa  133  6e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  42.77 
 
 		 484 aa  133  6e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 525 aa  133  6e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 499 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  42.77 
 
 		 499 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  42.77 
 
 		 499 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  42.77 
 
 		 489 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  42.77 
 
 		 489 aa  133  7.999999999999999e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  41.67 
 
 		 671 aa  133  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0645  serine/threonine protein kinase  43.75 
 
 		 1644 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0171562  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  44.65 
 
 		 323 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 395 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 395 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2700  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 417 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.17 
 
 		 355 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 487 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1984  threonine dehydratase  40.74 
 
 		 418 aa  131  2.0000000000000002e-29  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.241676  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 555 aa  132  2.0000000000000002e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 172 aa  131  3e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  37.34 
 
 		 1637 aa  131  3e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  44.3 
 
 		 461 aa  131  3e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 540 aa  131  3e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  40 
 
 		 609 aa  131  3e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  42.68 
 
 		 506 aa  131  3e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.78 
 
 		 496 aa  131  3e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 498 aa  131  3e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 227 aa  131  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 569 aa  131  3e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.38 
 
 		 610 aa  131  3e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  43.59 
 
 		 615 aa  131  3e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  40.41 
 
 		 638 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  46.39 
 
 		 385 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36 
 
 		 314 aa  130  5.0000000000000004e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 357 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  45.93 
 
 		 681 aa  130  6e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0798  GGDEF domain-containing protein  43.04 
 
 		 496 aa  130  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.412232  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1842  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 308 aa  130  7.000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.721538  normal  0.677546 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  44.23 
 
 		 307 aa  129  8.000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 382 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  39.76 
 
 		 690 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  42.05 
 
 		 721 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 539 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 608 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  32.02 
 
 		 498 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.63 
 
 		 308 aa  128  2.0000000000000002e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  41.05 
 
 		 308 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  41.14 
 
 		 308 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  44.65 
 
 		 492 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.98 
 
 		 675 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  44.24 
 
 		 501 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 309 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 569 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  39.1 
 
 		 461 aa  128  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 498 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.35 
 
 		 797 aa  128  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1750  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  34.91 
 
 		 896 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.42554 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  41.76 
 
 		 316 aa  127  3e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0821  diguanylate cyclase  42.41 
 
 		 496 aa  128  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605291  normal  0.227561 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.51 
 
 		 730 aa  127  3e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  40 
 
 		 342 aa  127  3e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  43.67 
 
 		 513 aa  127  4.0000000000000003e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.67 
 
 		 519 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>