More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_1683 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01448  predicted diguanylate cyclase  99.42 
 
 		 347 aa  705    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2157  diguanylate cyclase  99.57 
 
 		 460 aa  933    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0941263  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2167  diguanylate cyclase  99.57 
 
 		 460 aa  932    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0116704  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01461  hypothetical protein  99.42 
 
 		 347 aa  705    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1679  diguanylate cyclase  100 
 
 		 460 aa  937    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1575  diguanylate cyclase  99.78 
 
 		 460 aa  934    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1683  diguanylate cyclase  100 
 
 		 460 aa  937    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2103  diguanylate cyclase  99.57 
 
 		 460 aa  933    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2619  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 471 aa  345  1e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.912775  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1847  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 470 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1194  diguanylate cyclase  40 
 
 		 471 aa  318  1e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.361877  normal  0.129887 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00420  GGDEF domain protein  35.78 
 
 		 464 aa  296  6e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3654  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 473 aa  295  1e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.271139  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3244  diguanylate cyclase  34.23 
 
 		 454 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0457  diguanylate cyclase  31 
 
 		 472 aa  234  2.0000000000000002e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100839  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1649  diguanylate cyclase  29.1 
 
 		 453 aa  191  2e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.103879  normal  0.646228 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  35.09 
 
 		 638 aa  138  3.0000000000000003e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.83 
 
 		 407 aa  137  5e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2594  diguanylate cyclase  40 
 
 		 582 aa  137  5e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 718 aa  136  8e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  45.28 
 
 		 555 aa  135  1.9999999999999998e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 1826 aa  134  3e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 681 aa  134  3e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 650 aa  134  3e-30  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  41.24 
 
 		 609 aa  134  5e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  43.95 
 
 		 1079 aa  133  6e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 172 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 307 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  41.01 
 
 		 680 aa  130  4.0000000000000003e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1014  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 552 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.737518 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  39.49 
 
 		 663 aa  130  5.0000000000000004e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.3 
 
 		 586 aa  130  5.0000000000000004e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0645  serine/threonine protein kinase  40.78 
 
 		 1644 aa  130  7.000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0171562  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 569 aa  130  7.000000000000001e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1225  GGDEF domain-containing protein  44.72 
 
 		 517 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.489016  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0886  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 542 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0261  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 463 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.3078  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 615 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 304 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 492 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5747  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 261 aa  128  2.0000000000000002e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2172  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.99 
 
 		 875 aa  128  2.0000000000000002e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 608 aa  129  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  43.95 
 
 		 794 aa  128  2.0000000000000002e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 381 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  45 
 
 		 563 aa  127  3e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.55 
 
 		 469 aa  127  3e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2700  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 417 aa  127  3e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 395 aa  127  3e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0443  diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 378 aa  127  3e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  31.62 
 
 		 411 aa  127  4.0000000000000003e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 403 aa  127  6e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6003  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 371 aa  126  7e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.753958  normal  0.321238 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  40.44 
 
 		 498 aa  126  8.000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  39.87 
 
 		 413 aa  126  9e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2239  diguanylate cyclase  43.79 
 
 		 387 aa  126  9e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1150  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 547 aa  125  1e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  37.28 
 
 		 446 aa  125  1e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 395 aa  125  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.85 
 
 		 454 aa  125  1e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 494 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 582 aa  125  2e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.11 
 
 		 792 aa  125  2e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.37 
 
 		 675 aa  124  3e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  42.95 
 
 		 712 aa  124  3e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4604  diguanylate cyclase  37 
 
 		 489 aa  124  3e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 357 aa  124  3e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 382 aa  124  3e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 382 aa  124  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with FHA and GAF sensor  40.22 
 
 		 880 aa  124  4e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.87 
 
 		 353 aa  124  4e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 436 aa  124  4e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 374 aa  124  4e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1949  diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 733 aa  123  5e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  37.63 
 
 		 721 aa  124  5e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.66 
 
 		 355 aa  124  5e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  41.77 
 
 		 369 aa  124  5e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.07 
 
 		 557 aa  123  6e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.68 
 
 		 594 aa  123  7e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0689  putative diguanylate cyclase  35.35 
 
 		 306 aa  123  7e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  39.36 
 
 		 348 aa  123  8e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.04 
 
 		 730 aa  123  8e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.91 
 
 		 348 aa  122  9e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  40.51 
 
 		 454 aa  122  9e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.91 
 
 		 348 aa  122  9e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.95 
 
 		 698 aa  123  9e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  38.61 
 
 		 722 aa  122  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  42.33 
 
 		 448 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 494 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  31.48 
 
 		 581 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3048  diguanylate cyclase  35.86 
 
 		 398 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.795755  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  34.01 
 
 		 420 aa  122  9.999999999999999e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2010  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  35.4 
 
 		 574 aa  122  9.999999999999999e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1658  response regulator/GGDEF domain-containing protein  40.51 
 
 		 458 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.939598  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3754  diguanylate cyclase  32.88 
 
 		 512 aa  122  1.9999999999999998e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  35.2 
 
 		 291 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  38.89 
 
 		 422 aa  121  1.9999999999999998e-26  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1202  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 356 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0240122  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1721  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.64 
 
 		 294 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  41.03 
 
 		 306 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>