More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_1834 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  100 
 
 
525 aa  1078    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  52.12 
 
 
498 aa  501  1e-140  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  48.23 
 
 
487 aa  432  1e-119  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  42.64 
 
 
483 aa  357  3.9999999999999996e-97  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  38.89 
 
 
732 aa  169  1e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.1 
 
 
499 aa  163  8.000000000000001e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.64 
 
 
512 aa  159  1e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  38.57 
 
 
323 aa  158  2e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.41 
 
 
301 aa  158  2e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  39.45 
 
 
499 aa  157  6e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  36.32 
 
 
554 aa  156  1e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.75 
 
 
586 aa  155  1e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.73 
 
 
563 aa  152  1e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.14 
 
 
322 aa  152  1e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  40.65 
 
 
764 aa  152  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  40.65 
 
 
764 aa  152  2e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  49.69 
 
 
307 aa  152  2e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  39.73 
 
 
320 aa  152  2e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.59 
 
 
710 aa  151  3e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.31 
 
 
314 aa  151  3e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  45.57 
 
 
280 aa  151  3e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  37.6 
 
 
681 aa  150  5e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1191  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.67 
 
 
841 aa  150  5e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  39.44 
 
 
764 aa  150  5e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.91 
 
 
797 aa  149  9e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  48.19 
 
 
308 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  37.67 
 
 
323 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  46.15 
 
 
565 aa  149  1.0000000000000001e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1162  GGDEF domain protein  36.74 
 
 
836 aa  149  2.0000000000000003e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.359678  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  44.91 
 
 
172 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1381  GGDEF domain/HD domain-containing protein  37.5 
 
 
792 aa  148  3e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.89 
 
 
353 aa  147  3e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  36.44 
 
 
461 aa  148  3e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.83 
 
 
531 aa  148  3e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  47.03 
 
 
457 aa  148  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.29 
 
 
322 aa  147  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  47.43 
 
 
328 aa  147  4.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.29 
 
 
322 aa  147  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  48.17 
 
 
457 aa  147  5e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  41.46 
 
 
220 aa  146  7.0000000000000006e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.14 
 
 
351 aa  147  7.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  35.06 
 
 
1079 aa  147  7.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1844  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.02 
 
 
356 aa  145  1e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  34.7 
 
 
320 aa  146  1e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  38.18 
 
 
565 aa  145  2e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  44.58 
 
 
650 aa  145  2e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  48.17 
 
 
457 aa  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0413  diguanylate cyclase  32.35 
 
 
342 aa  144  3e-33  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  45.11 
 
 
466 aa  144  4e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  39.91 
 
 
609 aa  144  4e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.25 
 
 
415 aa  144  4e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  38.24 
 
 
603 aa  144  4e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.75 
 
 
313 aa  144  4e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  38.64 
 
 
273 aa  144  5e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  36.16 
 
 
319 aa  144  5e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  45.96 
 
 
492 aa  144  6e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  44.17 
 
 
457 aa  143  7e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.55 
 
 
728 aa  143  7e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2650  diguanylate cyclase  39.41 
 
 
347 aa  142  9.999999999999999e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.556547 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  43.55 
 
 
680 aa  142  9.999999999999999e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  38.29 
 
 
709 aa  142  9.999999999999999e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1202  diguanylate cyclase  36.65 
 
 
356 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0240122  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  48.17 
 
 
457 aa  143  9.999999999999999e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.61 
 
 
704 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2680  diguanylate cyclase  47.5 
 
 
252 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.79 
 
 
558 aa  142  9.999999999999999e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  45.81 
 
 
320 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  46.58 
 
 
521 aa  143  9.999999999999999e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2239  diguanylate cyclase  39.26 
 
 
387 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  46.95 
 
 
457 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  43.79 
 
 
574 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  40.91 
 
 
555 aa  141  1.9999999999999998e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3072  diguanylate cyclase  36.07 
 
 
356 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000986718 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.09 
 
 
792 aa  141  3e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  36.36 
 
 
471 aa  141  3e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.84 
 
 
454 aa  141  3e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  45.03 
 
 
227 aa  141  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  37.25 
 
 
316 aa  141  3e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  45.12 
 
 
457 aa  141  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.38 
 
 
564 aa  140  3.9999999999999997e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  45.62 
 
 
336 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  42.01 
 
 
321 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.15 
 
 
313 aa  141  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.15 
 
 
313 aa  141  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  34.62 
 
 
688 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  43.48 
 
 
334 aa  140  4.999999999999999e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  46.01 
 
 
638 aa  140  4.999999999999999e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  45.41 
 
 
457 aa  140  6e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  35.56 
 
 
374 aa  140  7e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  42.37 
 
 
428 aa  140  7.999999999999999e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0125  GGDEF domain-containing protein  36.65 
 
 
371 aa  139  8.999999999999999e-32  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.77 
 
 
713 aa  139  1e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  39.74 
 
 
758 aa  139  1e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.44 
 
 
772 aa  139  1e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6003  diguanylate cyclase  37.89 
 
 
371 aa  139  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.753958  normal  0.321238 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  45.68 
 
 
620 aa  139  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  45.71 
 
 
345 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0645  serine/threonine protein kinase  45.18 
 
 
1644 aa  139  1e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0171562  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  42.27 
 
 
712 aa  139  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  43.9 
 
 
455 aa  139  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.773886 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>