More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2873 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  100 
 
 		 650 aa  1329    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1225  GGDEF domain-containing protein  28.43 
 
 		 517 aa  231  5e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.489016  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1873  diguanylate cyclase  32.14 
 
 		 509 aa  224  4e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.41222  normal  0.823385 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3373  diguanylate cyclase  28.32 
 
 		 505 aa  221  3e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1264  diguanylate cyclase  31.53 
 
 		 512 aa  200  6e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417106 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1053  diguanylate cyclase  29.46 
 
 		 519 aa  177  8e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.258962 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  40.86 
 
 		 565 aa  149  2.0000000000000003e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 547 aa  148  3e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  40.4 
 
 		 323 aa  148  3e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  42.35 
 
 		 307 aa  145  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 525 aa  145  2e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 359 aa  144  4e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 460 aa  143  9.999999999999999e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  41.84 
 
 		 306 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 569 aa  142  1.9999999999999998e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  38.46 
 
 		 709 aa  141  3e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 227 aa  142  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  41.44 
 
 		 630 aa  141  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  41.8 
 
 		 462 aa  141  3.9999999999999997e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  38.46 
 
 		 609 aa  141  3.9999999999999997e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  36.9 
 
 		 335 aa  140  6e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  41.8 
 
 		 462 aa  140  7e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0719  diguanylate cyclase  42.53 
 
 		 370 aa  140  7.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 343 aa  140  1e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 298 aa  139  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 467 aa  139  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  43.26 
 
 		 422 aa  140  1e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3791  diguanylate cyclase  42.27 
 
 		 572 aa  139  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  42.22 
 
 		 385 aa  139  2e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  39.77 
 
 		 565 aa  139  2e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 638 aa  139  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1476  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 414 aa  139  2e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.64785  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  39.77 
 
 		 273 aa  138  3.0000000000000003e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1595  response regulator receiver domain-containing protein  39.46 
 
 		 234 aa  138  4e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000347977  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  37.76 
 
 		 565 aa  137  5e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  41.05 
 
 		 410 aa  137  5e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 372 aa  137  6.0000000000000005e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.99 
 
 		 301 aa  137  6.0000000000000005e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 353 aa  137  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.55 
 
 		 367 aa  136  9e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  38.74 
 
 		 403 aa  137  9e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  40.59 
 
 		 1637 aa  137  9e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1903  diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 466 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 660 aa  136  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 494 aa  136  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  41.09 
 
 		 753 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.52 
 
 		 355 aa  136  9.999999999999999e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6176  diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 466 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  44.17 
 
 		 308 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1926  diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 466 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647076  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 660 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 631 aa  135  3e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  42.53 
 
 		 302 aa  135  3e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01448  predicted diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 347 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2157  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 460 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0941263  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 403 aa  134  3.9999999999999996e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2103  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 460 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1163  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.43 
 
 		 325 aa  134  3.9999999999999996e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  0.538197 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01461  hypothetical protein  42.77 
 
 		 347 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1575  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 460 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 451 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 312 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1683  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 460 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.48 
 
 		 407 aa  134  3.9999999999999996e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2239  diguanylate cyclase  41.12 
 
 		 387 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2167  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 460 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0116704  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1679  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 460 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 357 aa  134  6e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 636 aa  134  6e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.22 
 
 		 531 aa  134  6e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1614  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.1 
 
 		 531 aa  134  6e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.423577 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 681 aa  134  6.999999999999999e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 510 aa  134  6.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 517 aa  134  6.999999999999999e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 312 aa  134  6.999999999999999e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  42.22 
 
 		 355 aa  134  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5204  diguanylate cyclase  40.44 
 
 		 466 aa  133  7.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0140022  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  39.26 
 
 		 458 aa  133  7.999999999999999e-30  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2715  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 314 aa  133  7.999999999999999e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.97 
 
 		 302 aa  132  1.0000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1949  sensory box/GGDEF family protein  41.81 
 
 		 579 aa  133  1.0000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.773832  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 494 aa  133  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  42.65 
 
 		 690 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  42.94 
 
 		 328 aa  133  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 370 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  38.41 
 
 		 458 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 316 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1891  diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 466 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.311116  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.32 
 
 		 353 aa  133  1.0000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1821  diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 466 aa  133  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  32.38 
 
 		 574 aa  133  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.26 
 
 		 341 aa  133  1.0000000000000001e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.43 
 
 		 499 aa  133  1.0000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  43.11 
 
 		 342 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  39.38 
 
 		 721 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 611 aa  132  2.0000000000000002e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  39.43 
 
 		 659 aa  132  2.0000000000000002e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  43.2 
 
 		 506 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2233  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 428 aa  132  2.0000000000000002e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1328  diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 648 aa  132  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>