More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_1264 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011071  Smal_1264  diguanylate cyclase  100 
 
 
512 aa  1011    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.417106 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1873  diguanylate cyclase  41.96 
 
 
509 aa  340  2e-92  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.41222  normal  0.823385 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1225  GGDEF domain-containing protein  32.87 
 
 
517 aa  233  8.000000000000001e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.489016  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1053  diguanylate cyclase  33.46 
 
 
519 aa  211  2e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.258962 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  31.66 
 
 
650 aa  206  7e-52  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3373  diguanylate cyclase  29.86 
 
 
505 aa  189  8e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  42.7 
 
 
521 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.21 
 
 
675 aa  136  9e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  41.21 
 
 
721 aa  135  9.999999999999999e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.44 
 
 
715 aa  135  9.999999999999999e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1745  diguanylate cyclase  44.2 
 
 
401 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.597218  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1150  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.45 
 
 
547 aa  132  1.0000000000000001e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3903  diguanylate cyclase  46.11 
 
 
370 aa  133  1.0000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0522591 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.43 
 
 
730 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  45.93 
 
 
354 aa  132  2.0000000000000002e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  48.21 
 
 
382 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  45.45 
 
 
492 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  38.37 
 
 
464 aa  130  5.0000000000000004e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  39.23 
 
 
457 aa  130  6e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  37.74 
 
 
599 aa  129  8.000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  42.86 
 
 
516 aa  130  8.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  40.08 
 
 
301 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  41.76 
 
 
457 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0697  diguanylate cyclase  45.24 
 
 
264 aa  129  1.0000000000000001e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.184616  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  43.08 
 
 
583 aa  129  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  42.16 
 
 
457 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.41 
 
 
632 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  39.36 
 
 
453 aa  128  2.0000000000000002e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03378  Putative signal protein with GGDEF domain  36 
 
 
510 aa  128  3e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.16 
 
 
310 aa  128  3e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.88 
 
 
550 aa  128  3e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.38 
 
 
415 aa  128  3e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0735  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.27 
 
 
347 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  38.73 
 
 
638 aa  127  5e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  39.8 
 
 
569 aa  127  6e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0043  diguanylate cyclase  42.29 
 
 
580 aa  126  7e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3978  diguanylate cyclase  44.85 
 
 
448 aa  127  7e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3864  diguanylate cyclase  44.85 
 
 
448 aa  127  7e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.315138  normal  0.244588 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4602  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.9 
 
 
459 aa  126  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.195913 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.13 
 
 
306 aa  126  8.000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3754  diguanylate cyclase  36.52 
 
 
512 aa  126  9e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  43.6 
 
 
603 aa  126  9e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  43.26 
 
 
291 aa  126  1e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  44.44 
 
 
381 aa  125  1e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  40.48 
 
 
559 aa  125  1e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.77 
 
 
353 aa  125  1e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  40.49 
 
 
671 aa  126  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  41.84 
 
 
377 aa  125  1e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  46.15 
 
 
464 aa  125  2e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0148  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  41.27 
 
 
560 aa  125  2e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.189493 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2856  GGDEF domain-containing protein  42.25 
 
 
568 aa  125  2e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.592717 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  40.49 
 
 
301 aa  125  2e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0602  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.27 
 
 
451 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.13 
 
 
306 aa  125  2e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  41.15 
 
 
565 aa  125  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.53 
 
 
531 aa  125  2e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.65 
 
 
309 aa  124  3e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0219  diguanylate cyclase  42.24 
 
 
303 aa  124  3e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.86 
 
 
314 aa  124  3e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  46.37 
 
 
510 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  42.86 
 
 
498 aa  124  3e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2740  diguanylate cyclase  41.8 
 
 
670 aa  124  3e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0563  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.27 
 
 
451 aa  124  4e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0608  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.27 
 
 
452 aa  124  4e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0597995 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  45.9 
 
 
510 aa  124  4e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  45.9 
 
 
510 aa  124  4e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.84 
 
 
353 aa  124  4e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  45.9 
 
 
510 aa  124  4e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4837  response regulator  40.23 
 
 
551 aa  124  5e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.978785  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2404  diguanylate cyclase  42.38 
 
 
479 aa  124  5e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00227226  normal  0.966476 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2716  diguanylate cyclase  35.16 
 
 
636 aa  124  5e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0179449 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  41.21 
 
 
343 aa  124  5e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  44.58 
 
 
237 aa  124  5e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  45.24 
 
 
382 aa  124  5e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1177  two component signal transduction response regulator  39.55 
 
 
470 aa  124  6e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  42.54 
 
 
381 aa  123  6e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4051  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.63 
 
 
360 aa  123  7e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.255257  normal  0.825864 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1663  diguanylate cyclase  44.51 
 
 
491 aa  123  7e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  44.51 
 
 
278 aa  123  7e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.32 
 
 
315 aa  123  8e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2693  diguanylate cyclase  41.95 
 
 
302 aa  123  8e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0699  diguanylate cyclase  43.86 
 
 
226 aa  123  9e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.642785 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  39.66 
 
 
307 aa  123  9e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  38.97 
 
 
631 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1814  diguanylate cyclase  39.52 
 
 
267 aa  122  9.999999999999999e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2619  diguanylate cyclase  41.25 
 
 
471 aa  122  9.999999999999999e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.912775  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  40.1 
 
 
467 aa  123  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  45.91 
 
 
247 aa  123  9.999999999999999e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  45.98 
 
 
510 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  44.38 
 
 
457 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.88 
 
 
300 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  41.67 
 
 
373 aa  122  9.999999999999999e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.77 
 
 
792 aa  121  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  47.24 
 
 
308 aa  122  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4377  GGDEF  40.8 
 
 
551 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  44.12 
 
 
448 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  39.51 
 
 
668 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  44.51 
 
 
457 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3598  diguanylate cyclase  46.93 
 
 
510 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 
469 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97349 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>