More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3978 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_3864  diguanylate cyclase  100 
 
 		 448 aa  905    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.315138  normal  0.244588 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3978  diguanylate cyclase  100 
 
 		 448 aa  905    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0005  diguanylate cyclase  52.85 
 
 		 520 aa  421  1e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.379493  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1412  diguanylate cyclase  51.99 
 
 		 516 aa  411  1e-113  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1158  diguanylate cyclase  44.9 
 
 		 507 aa  389  1e-107  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0570084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1078  diguanylate cyclase  44.71 
 
 		 507 aa  388  1e-106  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329883  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3868  diguanylate cyclase  45.57 
 
 		 517 aa  361  2e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0787  GGDEF  42.82 
 
 		 585 aa  312  6.999999999999999e-84  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109099  hitchhiker  0.00379197 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3143  diguanylate cyclase  44.33 
 
 		 614 aa  304  2.0000000000000002e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.212991  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03378  Putative signal protein with GGDEF domain  39.24 
 
 		 510 aa  258  1e-67  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  40 
 
 		 599 aa  255  1.0000000000000001e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1589  diguanylate cyclase  40.58 
 
 		 538 aa  232  8.000000000000001e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3754  diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 512 aa  222  9.999999999999999e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  37.01 
 
 		 521 aa  212  1e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5031  diguanylate cyclase  30.43 
 
 		 532 aa  202  9e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2716  diguanylate cyclase  33.02 
 
 		 636 aa  171  2e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0179449 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2856  GGDEF domain-containing protein  30.82 
 
 		 568 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.592717 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.12 
 
 		 572 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  43.4 
 
 		 569 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  41.42 
 
 		 485 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0652  diguanylate cyclase  42.04 
 
 		 280 aa  133  6e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.04 
 
 		 916 aa  132  1.0000000000000001e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  36.7 
 
 		 307 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  43.83 
 
 		 372 aa  130  6e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 559 aa  130  7.000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1920  diguanylate cyclase  42.41 
 
 		 346 aa  127  3e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  43.4 
 
 		 615 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 342 aa  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 485 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  47.1 
 
 		 671 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 382 aa  127  5e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  47.1 
 
 		 668 aa  127  5e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2157  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 559 aa  126  6e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  hitchhiker  0.000000586134 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1264  diguanylate cyclase  44.85 
 
 		 512 aa  126  6e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417106 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 485 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4377  GGDEF  38.61 
 
 		 551 aa  126  9e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 650 aa  126  9e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1821  diguanylate cyclase  34.43 
 
 		 466 aa  126  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3563  cyclic nucleotide-binding protein  42.77 
 
 		 312 aa  125  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187188  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.68 
 
 		 715 aa  126  1e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 485 aa  125  1e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1891  diguanylate cyclase  34.43 
 
 		 466 aa  126  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.311116  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3903  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 370 aa  124  2e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0522591 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.71 
 
 		 772 aa  125  2e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6176  diguanylate cyclase  34.02 
 
 		 466 aa  125  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1926  diguanylate cyclase  34.02 
 
 		 466 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1903  diguanylate cyclase  34.02 
 
 		 466 aa  125  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2884  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 316 aa  124  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000365079 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 464 aa  124  3e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1449  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.53 
 
 		 332 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 355 aa  124  3e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0567  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 377 aa  124  4e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4837  response regulator  38.22 
 
 		 551 aa  124  4e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.978785  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.49 
 
 		 901 aa  124  4e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2043  GGDEF domain-containing protein  37.58 
 
 		 289 aa  124  4e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5204  diguanylate cyclase  34.02 
 
 		 466 aa  123  5e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0140022  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1171  diguanylate cyclase  40.25 
 
 		 674 aa  123  5e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 530 aa  124  5e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  37.43 
 
 		 301 aa  123  6e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1863  diguanylate cyclase  32.66 
 
 		 368 aa  123  7e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.150647 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 411 aa  123  8e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0076  GGDEF domain-containing protein  38.51 
 
 		 524 aa  123  8e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.790276  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  41.61 
 
 		 395 aa  122  9e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4405  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.21 
 
 		 332 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.382822 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  36.56 
 
 		 722 aa  122  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1257  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  31.77 
 
 		 1203 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  41.61 
 
 		 395 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  37.77 
 
 		 459 aa  122  9.999999999999999e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  34.22 
 
 		 349 aa  122  9.999999999999999e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.63 
 
 		 308 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  40.65 
 
 		 460 aa  122  9.999999999999999e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3966  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.94 
 
 		 332 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.756589  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.63 
 
 		 308 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  40 
 
 		 482 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0735  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.61 
 
 		 347 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0686  GGDEF/HAMP domain-containing protein  32.64 
 
 		 427 aa  122  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 483 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  40.12 
 
 		 335 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  41.94 
 
 		 458 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1501  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 360 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.15986  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  40.38 
 
 		 518 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1301  two component regulator propeller domain protein  40.11 
 
 		 1008 aa  122  1.9999999999999998e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.503431  normal  0.30236 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2021  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 381 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 614 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2750  diguanylate cyclase  39.36 
 
 		 380 aa  120  3e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  37.28 
 
 		 485 aa  121  3e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 738 aa  121  3e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3384  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 563 aa  121  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.667908 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  42.04 
 
 		 471 aa  121  3e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  28.04 
 
 		 368 aa  121  3e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 422 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 486 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  33.87 
 
 		 340 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.07 
 
 		 632 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1199  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 258 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000341711  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.99 
 
 		 322 aa  120  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 361 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0136  diguanylate cyclase  43.95 
 
 		 288 aa  120  4.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.041844  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  34.69 
 
 		 516 aa  120  6e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2880  GGDEF  41.11 
 
 		 410 aa  120  6e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.16195  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>