More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3966 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4405  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  93.07 
 
 
332 aa  647    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.382822 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1449  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  92.77 
 
 
332 aa  645    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3966  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 
332 aa  687    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.756589  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  43.62 
 
 
340 aa  301  1e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48220  cyclic di-GMP signal transduction protein  43.99 
 
 
344 aa  258  7e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.590583  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04420  hypothetical protein  45.43 
 
 
376 aa  251  1e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0431  hypothetical protein  45.28 
 
 
345 aa  248  9e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139342  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0380  diguanylate cyclase  45.68 
 
 
249 aa  226  6e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1382  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.22 
 
 
510 aa  174  2.9999999999999996e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.06 
 
 
710 aa  157  3e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.64 
 
 
432 aa  157  3e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00630975  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1771  PAS:GGDEF  31.5 
 
 
449 aa  152  8e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  45.36 
 
 
332 aa  149  9e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  35.24 
 
 
470 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  32.59 
 
 
497 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.55 
 
 
407 aa  142  6e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.12 
 
 
424 aa  142  8e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  27.85 
 
 
659 aa  141  9.999999999999999e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4193  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.87 
 
 
703 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950963  normal  0.519215 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  32.51 
 
 
317 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  34.62 
 
 
487 aa  140  3e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  40.52 
 
 
555 aa  140  3.9999999999999997e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0082  GGDEF domain-containing protein  30.15 
 
 
817 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.586975 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  46.24 
 
 
378 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  44.31 
 
 
373 aa  139  7e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.89 
 
 
308 aa  139  8.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.89 
 
 
308 aa  139  8.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.92 
 
 
1294 aa  138  1e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1093  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.52 
 
 
731 aa  138  1e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.72 
 
 
314 aa  136  5e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.5 
 
 
734 aa  135  7.000000000000001e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.92876  hitchhiker  0.00384983 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  44.05 
 
 
354 aa  135  9e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.66 
 
 
830 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.153099 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.46 
 
 
820 aa  135  9.999999999999999e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2017  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.3 
 
 
1299 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0450581  normal  0.783142 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.13 
 
 
327 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4027  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.13 
 
 
327 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3831  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.8 
 
 
327 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3627  signal transduction protein  30.3 
 
 
709 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  38.83 
 
 
361 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  31.7 
 
 
338 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.72 
 
 
438 aa  133  3e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0050  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.12 
 
 
810 aa  134  3e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.237311 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3136  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.34 
 
 
919 aa  134  3e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  42.41 
 
 
532 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  40.94 
 
 
474 aa  132  6e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  39.81 
 
 
599 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1392  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.03 
 
 
483 aa  132  1.0000000000000001e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.103234  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1199  diguanylate cyclase  41.51 
 
 
258 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000341711  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  41.29 
 
 
464 aa  131  1.0000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  36.87 
 
 
949 aa  131  1.0000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0430  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.48 
 
 
327 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  45.81 
 
 
227 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1917  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.62 
 
 
1028 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1257  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  41.77 
 
 
1203 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1085  putative sensory box/GGDEF family protein  39.13 
 
 
430 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4153  putative sensory box/GGDEF family protein  39.13 
 
 
430 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.36181  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  43.53 
 
 
336 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase domain 2  28.25 
 
 
320 aa  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.175883  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0046  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.59 
 
 
836 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  41.77 
 
 
620 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  36.84 
 
 
775 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0488  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.25 
 
 
685 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  39.39 
 
 
339 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  37.19 
 
 
521 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  47.85 
 
 
525 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  38.12 
 
 
428 aa  130  3e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  41.82 
 
 
395 aa  130  3e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  36.87 
 
 
794 aa  130  4.0000000000000003e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  42.94 
 
 
382 aa  130  4.0000000000000003e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.17 
 
 
469 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.74 
 
 
843 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.72 
 
 
352 aa  130  4.0000000000000003e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1510  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  46.88 
 
 
581 aa  129  5.0000000000000004e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.865852  normal  0.193576 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3390  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.97 
 
 
324 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  38.89 
 
 
342 aa  129  7.000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  45.25 
 
 
454 aa  129  8.000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  43.98 
 
 
1637 aa  129  9.000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3373  diguanylate cyclase  40.61 
 
 
505 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  34.65 
 
 
369 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.11 
 
 
710 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3785  sensory box/GGDEF family protein  39.75 
 
 
431 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  32.52 
 
 
721 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  41.94 
 
 
492 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.74 
 
 
505 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  41.36 
 
 
395 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  38.79 
 
 
718 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2743  diguanylate cyclase  42.5 
 
 
431 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.241398  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4111  sensory box/GGDEF family protein, putative  39.75 
 
 
430 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3954  sensory box/GGDEF family protein  39.75 
 
 
431 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3800  sensory box/GGDEF family protein  39.75 
 
 
431 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0221299  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  42.04 
 
 
418 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4175  putative sensory box/GGDEF family protein  39.75 
 
 
430 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00125122  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4263  sensory box/GGDEF family protein  39.75 
 
 
430 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  42.16 
 
 
753 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4064  putative sensory box/GGDEF family protein  39.75 
 
 
431 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  39.52 
 
 
459 aa  127  2.0000000000000002e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5593  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.41 
 
 
448 aa  127  3e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  46.63 
 
 
525 aa  127  3e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1579  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.37 
 
 
324 aa  127  3e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>