More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_1301 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_1301  two component regulator propeller domain protein  100 
 
 		 1008 aa  2007    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.503431  normal  0.30236 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1225  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  38.97 
 
 		 985 aa  594  1e-168  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.90661  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2733  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  34.8 
 
 		 965 aa  571  1e-161  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0967  GGDEF family protein  34.81 
 
 		 976 aa  528  1e-148  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.1127  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02778  GGDEF protein  34.09 
 
 		 946 aa  509  9.999999999999999e-143  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  24.38 
 
 		 1054 aa  265  3e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2140  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.79 
 
 		 1211 aa  251  4e-65  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.382987 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  28.25 
 
 		 1004 aa  227  9e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2605  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.67 
 
 		 1453 aa  220  8.999999999999998e-56  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  24.58 
 
 		 1034 aa  216  9.999999999999999e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0156  adenylate/guanylate cyclase catalytic domain-containing protein  23.88 
 
 		 1075 aa  207  9e-52  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000640114  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3749  putative signal transduction histidine kinase  25.43 
 
 		 1018 aa  205  3e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0973084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2442  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25.25 
 
 		 1030 aa  202  3e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.223882  normal  0.750566 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1703  histidine kinase  27.1 
 
 		 1346 aa  193  2e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0921  histidine kinase  24.78 
 
 		 1105 aa  192  2.9999999999999997e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.615746 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0448  histidine kinase  24.13 
 
 		 1114 aa  186  1.0000000000000001e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.823175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1754  histidine kinase  24.28 
 
 		 1407 aa  186  2.0000000000000003e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0275  histidine kinase  22.01 
 
 		 1070 aa  180  1e-43  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  22.93 
 
 		 949 aa  180  1e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2791  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.78 
 
 		 1226 aa  179  2e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.544858 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_105  histidine kinase CheY-like domain protein  23.19 
 
 		 1070 aa  175  2.9999999999999996e-42  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1685  GGDEF domain-containing protein  24.3 
 
 		 987 aa  173  1e-41  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00461565  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06201  Putative signal protein with GGDEF domain  28.65 
 
 		 973 aa  172  2e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.147648  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00965  Putative signal protein with GGDEF domain  28.65 
 
 		 973 aa  172  2e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.051643  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06199  Putative signal protein with GGDEF domain  29.72 
 
 		 990 aa  170  2e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.368142  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0559  histidine kinase  24.59 
 
 		 1327 aa  169  2e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00477073  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00967  Putative signal protein with GGDEF domain  29.72 
 
 		 990 aa  170  2e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0579558  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2667  histidine kinase  26.67 
 
 		 1017 aa  168  5e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.865327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0622  histidine kinase  25.88 
 
 		 1013 aa  164  5.0000000000000005e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.378276 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3872  histidine kinase  22.43 
 
 		 1373 aa  162  2e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0459124  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  21.53 
 
 		 1342 aa  163  2e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5621  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.16 
 
 		 1258 aa  161  5e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.879931  normal  0.634334 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3041  histidine kinase  26.65 
 
 		 1175 aa  161  6e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.551193  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05925  GGDEF domain protein  21.83 
 
 		 1005 aa  160  8e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.40002  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0505  response regulator receiver  22.79 
 
 		 1334 aa  160  1e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1335  histidine kinase  26.55 
 
 		 1278 aa  160  1e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.820531 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4824  histidine kinase  23.93 
 
 		 1024 aa  159  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0714049  normal  0.112759 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2648  response regulator receiver  22.09 
 
 		 1363 aa  159  3e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  23.55 
 
 		 1397 aa  158  4e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1574  histidine kinase  23.76 
 
 		 1378 aa  158  4e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.455228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0993  ligand-binding sensor domain-containing protein  24.97 
 
 		 1250 aa  157  7e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3354  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.69 
 
 		 1242 aa  157  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1764  sensor histidine kinase/response regulator  22.66 
 
 		 1093 aa  153  2e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.412354  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3521  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.04 
 
 		 1237 aa  153  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01691  histidine kinase/response regulator hybrid protein  24.94 
 
 		 1185 aa  151  7e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.578363  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1617  ATP-binding region ATPase domain protein  23.59 
 
 		 975 aa  150  1.0000000000000001e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.269144  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1493  sensor histidine kinase/response regulator  21.37 
 
 		 1086 aa  150  2.0000000000000003e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0890895  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4560  histidine kinase  22.38 
 
 		 1313 aa  149  3e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498007  normal  0.022289 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0550  histidine kinase  22.42 
 
 		 1388 aa  149  3e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23656  normal  0.89256 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4193  histidine kinase  21.18 
 
 		 1400 aa  148  6e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00660029  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6436  histidine kinase  24.35 
 
 		 1418 aa  147  1e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  21.83 
 
 		 1370 aa  146  2e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  48.89 
 
 		 753 aa  145  5e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5544  histidine kinase  23.54 
 
 		 1306 aa  145  5e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  23.75 
 
 		 1508 aa  144  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  23.46 
 
 		 1508 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.77 
 
 		 1508 aa  143  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  23.86 
 
 		 1508 aa  139  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3042  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  27.03 
 
 		 1181 aa  139  3.0000000000000003e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.227036  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6369  histidine kinase  22.91 
 
 		 1366 aa  139  3.0000000000000003e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  48.21 
 
 		 559 aa  138  7.000000000000001e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0605  histidine kinase  24.48 
 
 		 1190 aa  137  8e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1010  histidine kinase  21.55 
 
 		 1347 aa  137  9.999999999999999e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0363668  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0688  histidine kinase/response regulator hybrid protein  24.67 
 
 		 1179 aa  137  9.999999999999999e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5389  histidine kinase  21.16 
 
 		 1414 aa  137  9.999999999999999e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.157534 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  44.63 
 
 		 736 aa  136  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  22.13 
 
 		 1374 aa  135  3e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1489  histidine kinase  22.56 
 
 		 1404 aa  134  9e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.639294  normal  0.537564 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.59 
 
 		 820 aa  134  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  47.22 
 
 		 569 aa  133  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0831  diguanylate cyclase  45.09 
 
 		 351 aa  134  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0343  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  24.29 
 
 		 1079 aa  133  2.0000000000000002e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0148  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  39.09 
 
 		 560 aa  132  4.0000000000000003e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.189493 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  41.06 
 
 		 609 aa  132  5.0000000000000004e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  44.97 
 
 		 384 aa  131  6e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1410  diguanylate cyclase  35.79 
 
 		 497 aa  131  7.000000000000001e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1006  histidine kinase  25.37 
 
 		 967 aa  130  1.0000000000000001e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  33 
 
 		 487 aa  130  2.0000000000000002e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  37.81 
 
 		 498 aa  129  3e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5256  histidine kinase  22.22 
 
 		 1063 aa  129  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.015523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.16 
 
 		 308 aa  129  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  34.1 
 
 		 482 aa  128  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  34.1 
 
 		 482 aa  128  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 464 aa  128  4.0000000000000003e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.16 
 
 		 308 aa  129  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  42.02 
 
 		 553 aa  128  5e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 620 aa  128  5e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 569 aa  128  5e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  48.4 
 
 		 506 aa  128  5e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 342 aa  128  5e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.37 
 
 		 419 aa  127  8.000000000000001e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2588  response regulator receiver protein  40.74 
 
 		 568 aa  127  9e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 559 aa  127  9e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  40.61 
 
 		 418 aa  127  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  38.79 
 
 		 583 aa  127  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0792  histidine kinase  21.57 
 
 		 1378 aa  127  1e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3903  diguanylate cyclase  45.79 
 
 		 370 aa  127  1e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0522591 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.41 
 
 		 325 aa  127  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 382 aa  127  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  31.19 
 
 		 370 aa  126  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>