More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2667 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_2667  histidine kinase  100 
 
 
1017 aa  2020    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.865327  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0622  histidine kinase  33.88 
 
 
1013 aa  450  1e-125  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.378276 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2339  histidine kinase  33.2 
 
 
1009 aa  400  9.999999999999999e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2442  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.37 
 
 
1030 aa  340  5.9999999999999996e-92  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.223882  normal  0.750566 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3749  putative signal transduction histidine kinase  28.61 
 
 
1018 aa  330  7e-89  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0973084  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4824  histidine kinase  26.42 
 
 
1024 aa  221  5e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0714049  normal  0.112759 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2605  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.84 
 
 
1453 aa  218  4e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2733  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  25.84 
 
 
965 aa  197  8.000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2140  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.52 
 
 
1211 aa  196  2e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.382987 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0921  histidine kinase  23.86 
 
 
1105 aa  180  1e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.615746 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1335  histidine kinase  25.35 
 
 
1278 aa  178  4e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.820531 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4159  histidine kinase  21.97 
 
 
1017 aa  168  4e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0934723  normal  0.139569 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  23.53 
 
 
1370 aa  165  4.0000000000000004e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1301  two component regulator propeller domain protein  26.46 
 
 
1008 aa  163  1e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.503431  normal  0.30236 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5621  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.97 
 
 
1258 aa  163  1e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.879931  normal  0.634334 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_105  histidine kinase CheY-like domain protein  21.09 
 
 
1070 aa  160  2e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0156  adenylate/guanylate cyclase catalytic domain-containing protein  25.27 
 
 
1075 aa  157  8e-37  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000640114  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0275  histidine kinase  21.54 
 
 
1070 aa  157  1e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1225  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  25.19 
 
 
985 aa  156  2e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.90661  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  20.71 
 
 
1342 aa  154  7e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1574  histidine kinase  25.08 
 
 
1378 aa  154  8e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.455228  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1617  ATP-binding region ATPase domain protein  19.98 
 
 
975 aa  150  2.0000000000000003e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.269144  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02778  GGDEF protein  22.36 
 
 
946 aa  148  6e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1754  histidine kinase  24.8 
 
 
1407 aa  145  3e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0448  histidine kinase  23.11 
 
 
1114 aa  144  9e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.823175  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1703  histidine kinase  24.87 
 
 
1346 aa  142  4.999999999999999e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2648  response regulator receiver  21.53 
 
 
1363 aa  142  4.999999999999999e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1331  sensor histidine kinase/response regulator  21.21 
 
 
1118 aa  139  3.0000000000000003e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2019  histidine kinase  19.93 
 
 
1316 aa  139  3.0000000000000003e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523526  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  21.04 
 
 
1374 aa  137  8e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  23.68 
 
 
1397 aa  137  9.999999999999999e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0967  GGDEF family protein  23.2 
 
 
976 aa  137  9.999999999999999e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.1127  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2298  histidine kinase  21.07 
 
 
1093 aa  136  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5544  histidine kinase  24.52 
 
 
1306 aa  135  3.9999999999999996e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122286  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0667  response regulator receiver domain-containing protein  22.11 
 
 
1526 aa  134  9e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0280955  hitchhiker  0.000000898802 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  20.96 
 
 
1054 aa  133  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2076  histidine kinase  19.98 
 
 
1373 aa  131  6e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4193  histidine kinase  20.36 
 
 
1400 aa  129  4.0000000000000003e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00660029  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1764  sensor histidine kinase/response regulator  21.26 
 
 
1093 aa  128  5e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.412354  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4321  histidine kinase  22.05 
 
 
1355 aa  128  6e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.295286 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0559  histidine kinase  22.31 
 
 
1327 aa  127  1e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00477073  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2497  histidine kinase  31.5 
 
 
1031 aa  127  1e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0918719  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2791  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.88 
 
 
1226 aa  127  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.544858 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4560  histidine kinase  21.67 
 
 
1313 aa  127  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498007  normal  0.022289 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1010  histidine kinase  19.96 
 
 
1347 aa  126  2e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0363668  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2832  ATP-binding region ATPase domain protein  20.56 
 
 
1340 aa  126  3e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201204  hitchhiker  0.008817 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  21.31 
 
 
1335 aa  125  3e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  25.61 
 
 
1004 aa  125  3e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1493  sensor histidine kinase/response regulator  21.25 
 
 
1086 aa  125  4e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0890895  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2824  ATP-binding region ATPase domain protein  23.97 
 
 
1374 aa  125  4e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0505  response regulator receiver  19.75 
 
 
1334 aa  123  9.999999999999999e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5256  histidine kinase  22.67 
 
 
1063 aa  122  3e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.015523  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1006  histidine kinase  24.02 
 
 
967 aa  121  7e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0755  GGDEF domain-containing protein  22.17 
 
 
1053 aa  120  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2726  ATP-binding region ATPase domain protein  19.77 
 
 
1355 aa  120  9.999999999999999e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119041  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.25 
 
 
1511 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0550  histidine kinase  23.62 
 
 
1388 aa  119  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23656  normal  0.89256 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0343  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  26.68 
 
 
1079 aa  118  5e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1699  ATP-binding region, ATPase-like protein  23.59 
 
 
1396 aa  117  1.0000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.170141  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1872  sensor histidine kinase  21.89 
 
 
1046 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4600  two component regulator propeller domain protein  24.77 
 
 
1194 aa  114  1.0000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.779291 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3373  histidine kinase  28.04 
 
 
1048 aa  114  1.0000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.228028  normal  0.520662 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4291  histidine kinase  20.83 
 
 
954 aa  112  4.0000000000000004e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.608548  normal  0.104271 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2318  histidine kinase  21.16 
 
 
1298 aa  111  5e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  21.06 
 
 
1504 aa  111  6e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  21.42 
 
 
1515 aa  110  1e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  21.03 
 
 
1504 aa  110  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1400  signal transduction histidine kinase, LytS  21.01 
 
 
1051 aa  109  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1735  histidine kinase  24.58 
 
 
1343 aa  109  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.260049  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5389  histidine kinase  21.67 
 
 
1414 aa  109  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.157534 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3872  histidine kinase  20.66 
 
 
1373 aa  109  3e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0459124  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0536  histidine kinase  20.31 
 
 
1324 aa  108  4e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0692259  normal  0.421547 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3101  histidine kinase  23.44 
 
 
1037 aa  108  5e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.377571  normal  0.147743 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1489  histidine kinase  21.83 
 
 
1404 aa  108  6e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.639294  normal  0.537564 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  20.39 
 
 
1486 aa  106  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01691  histidine kinase/response regulator hybrid protein  25.56 
 
 
1185 aa  106  2e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.578363  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05925  GGDEF domain protein  20.12 
 
 
1005 aa  105  3e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.40002  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  21.58 
 
 
1505 aa  105  6e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00965  Putative signal protein with GGDEF domain  24.87 
 
 
973 aa  104  9e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.051643  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06201  Putative signal protein with GGDEF domain  24.87 
 
 
973 aa  104  9e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.147648  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  22.2 
 
 
1502 aa  104  9e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0792  histidine kinase  20.59 
 
 
1378 aa  103  1e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3521  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  20.35 
 
 
1237 aa  104  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3862  histidine kinase  20.72 
 
 
1384 aa  103  1e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.23 
 
 
1508 aa  101  6e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6369  histidine kinase  21.08 
 
 
1366 aa  101  7e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0609  histidine kinase  21.68 
 
 
1016 aa  100  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.574226  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  22.12 
 
 
1508 aa  100  1e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3041  histidine kinase  24.09 
 
 
1175 aa  99.8  3e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.551193  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3230  histidine kinase  30.1 
 
 
1033 aa  99  4e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.704109  normal  0.047539 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1685  GGDEF domain-containing protein  20.05 
 
 
987 aa  98.6  5e-19  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00461565  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2353  signal transduction histidine kinase, LytS  20.07 
 
 
1021 aa  98.2  6e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4921  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.68 
 
 
412 aa  97.4  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0892179  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01175  GGDEF domain protein  21.4 
 
 
1351 aa  97.4  1e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2729  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.8 
 
 
665 aa  95.9  4e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0725  histidine kinase  23.48 
 
 
1036 aa  95.9  4e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3298  sensory box protein  23.06 
 
 
1494 aa  95.9  4e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217559 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  21.71 
 
 
1508 aa  95.5  4e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0149  signal transduction histidine kinase, LytS  19.86 
 
 
1192 aa  95.1  6e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.413609 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6436  histidine kinase  22.54 
 
 
1418 aa  94.7  8e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>