More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3232 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  100 
 
 		 498 aa  1027    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  36.72 
 
 		 638 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  44.97 
 
 		 556 aa  154  2.9999999999999998e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 309 aa  149  9e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 314 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.17 
 
 		 531 aa  149  2.0000000000000003e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  36.97 
 
 		 343 aa  147  4.0000000000000006e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1528  diguanylate cyclase  45.57 
 
 		 1339 aa  147  5e-34  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.646539  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  41.03 
 
 		 405 aa  145  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  37.22 
 
 		 325 aa  145  1e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  45.18 
 
 		 422 aa  143  7e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  38.14 
 
 		 308 aa  143  8e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.3 
 
 		 772 aa  143  9e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  32.78 
 
 		 339 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.15 
 
 		 558 aa  142  1.9999999999999998e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  43.53 
 
 		 487 aa  141  3e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 681 aa  141  3e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  45.12 
 
 		 278 aa  141  3e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.46 
 
 		 312 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 461 aa  140  7e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 322 aa  140  7e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  41.9 
 
 		 312 aa  140  7e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1480  GGDEF family protein  39.55 
 
 		 596 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  38.05 
 
 		 498 aa  139  1e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2680  diguanylate cyclase  42.46 
 
 		 252 aa  139  1e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  29.57 
 
 		 659 aa  139  1e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 464 aa  139  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  34.27 
 
 		 417 aa  138  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  44.09 
 
 		 764 aa  138  2e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1616  GGDEF domain protein  42.94 
 
 		 358 aa  139  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.515769  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1235  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 577 aa  138  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.18 
 
 		 482 aa  138  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  44.09 
 
 		 764 aa  138  2e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.5 
 
 		 550 aa  139  2e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3763  GGDEF  43.31 
 
 		 358 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.199974 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  39.27 
 
 		 332 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0634  response regulator  41.38 
 
 		 470 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00145352  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  33.83 
 
 		 574 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 764 aa  137  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  40.31 
 
 		 443 aa  138  3.0000000000000003e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1689  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 574 aa  137  4e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  43.21 
 
 		 417 aa  137  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  43.21 
 
 		 298 aa  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  36.79 
 
 		 583 aa  137  6.0000000000000005e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  36.24 
 
 		 464 aa  136  7.000000000000001e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 517 aa  137  7.000000000000001e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 320 aa  136  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.48 
 
 		 415 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 714 aa  135  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 316 aa  135  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 323 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  41.01 
 
 		 311 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.5 
 
 		 713 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  39.27 
 
 		 482 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4554  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.74 
 
 		 331 aa  134  3e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.31 
 
 		 367 aa  134  3e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  39.79 
 
 		 483 aa  134  3e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0267  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 1320 aa  134  3e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.44 
 
 		 332 aa  134  3e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  32.58 
 
 		 427 aa  134  3e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.14 
 
 		 646 aa  134  3e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0686  GGDEF/HAMP domain-containing protein  36.82 
 
 		 427 aa  134  3.9999999999999996e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 554 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  35.05 
 
 		 721 aa  134  3.9999999999999996e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 373 aa  134  3.9999999999999996e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  39.56 
 
 		 565 aa  134  3.9999999999999996e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.24 
 
 		 704 aa  134  5e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  38.74 
 
 		 482 aa  134  5e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  43.09 
 
 		 474 aa  134  5e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1156  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.87 
 
 		 859 aa  134  6e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0136706  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 382 aa  133  6e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2946  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 575 aa  133  6.999999999999999e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 591 aa  133  6.999999999999999e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.45 
 
 		 312 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2371  diguanylate cyclase  34.78 
 
 		 294 aa  133  7.999999999999999e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.171648  normal  0.191081 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 172 aa  133  7.999999999999999e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  35.9 
 
 		 525 aa  133  7.999999999999999e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  38.3 
 
 		 611 aa  133  9e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  39.78 
 
 		 565 aa  133  9e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3046  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 581 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.860652  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 307 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2195  diguanylate cyclase  45.12 
 
 		 496 aa  132  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.741232  normal  0.445673 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 661 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  40.32 
 
 		 758 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 1099 aa  132  1.0000000000000001e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1340  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 581 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1313  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 581 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.386041  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1304  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 581 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00414858  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.04 
 
 		 769 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.79 
 
 		 424 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  37.24 
 
 		 609 aa  132  2.0000000000000002e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  37.82 
 
 		 709 aa  131  2.0000000000000002e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.36 
 
 		 820 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 381 aa  132  2.0000000000000002e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  34.6 
 
 		 611 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  38 
 
 		 398 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 301 aa  132  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2848  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 575 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 321 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 775 aa  131  3e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>