More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1616 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1616  GGDEF domain protein  100 
 
 		 358 aa  736    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.515769  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3763  GGDEF  85.23 
 
 		 358 aa  615  1e-175  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.199974 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1172  diguanylate cyclase  51.27 
 
 		 361 aa  357  9.999999999999999e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00821476  hitchhiker  0.00260233 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1155  diguanylate cyclase  48.31 
 
 		 357 aa  352  8e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.149088  normal  0.131446 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4307  diguanylate cyclase  47.28 
 
 		 350 aa  348  7e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.896568  normal  0.748721 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1189  diguanylate cyclase  48.28 
 
 		 357 aa  348  1e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0106637  normal  0.54324 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4260  diguanylate cyclase  49.86 
 
 		 360 aa  336  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000860912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2049  diguanylate cyclase  49.28 
 
 		 357 aa  323  3e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1205  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 371 aa  290  3e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1193  diguanylate cyclase  41.37 
 
 		 353 aa  287  2e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3853  diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 359 aa  259  4e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1329  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 353 aa  257  2e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.681295  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3007  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 353 aa  253  3e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0412  diguanylate cyclase AdrA  35.5 
 
 		 371 aa  246  6e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0453  diguanylate cyclase AdrA  35.5 
 
 		 371 aa  246  6e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00332  predicted diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 371 aa  243  3e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3223  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 371 aa  243  3e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3247  diguanylate cyclase AdrA  35.5 
 
 		 371 aa  243  3e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0905888 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0415  diguanylate cyclase AdrA  35.5 
 
 		 371 aa  243  3e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0302  diguanylate cyclase AdrA  35.8 
 
 		 366 aa  243  3e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00336  hypothetical protein  35.5 
 
 		 371 aa  243  3e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0459  diguanylate cyclase AdrA  35.29 
 
 		 371 aa  243  3e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0856  diguanylate cyclase AdrA  36.69 
 
 		 371 aa  236  7e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0674918 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0482  diguanylate cyclase AdrA  36.98 
 
 		 370 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0421  diguanylate cyclase AdrA  36.98 
 
 		 370 aa  233  4.0000000000000004e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0427  diguanylate cyclase AdrA  36.98 
 
 		 370 aa  233  5e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0422  diguanylate cyclase AdrA  36.98 
 
 		 370 aa  233  5e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.143029 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0440  diguanylate cyclase AdrA  36.69 
 
 		 370 aa  232  7.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2010  diguanylate cyclase  31.58 
 
 		 351 aa  189  8e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.379687  normal  0.0370672 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5901  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 386 aa  181  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1051  diguanylate cyclase  35.42 
 
 		 350 aa  166  5.9999999999999996e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0154093  normal  0.979636 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1224  diguanylate cyclase  29.88 
 
 		 359 aa  160  3e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.988641  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  45.73 
 
 		 316 aa  151  2e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.41 
 
 		 715 aa  149  5e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.32 
 
 		 332 aa  145  8.000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  41.11 
 
 		 464 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1150  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 547 aa  140  3.9999999999999997e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  43.27 
 
 		 322 aa  139  7e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 320 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  42.94 
 
 		 498 aa  139  8.999999999999999e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2588  response regulator receiver protein  38.46 
 
 		 568 aa  137  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  30.92 
 
 		 377 aa  136  4e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 365 aa  135  8e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1484  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.86 
 
 		 555 aa  134  3e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0158649 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  34.45 
 
 		 316 aa  133  5e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  39.29 
 
 		 722 aa  133  6e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.07 
 
 		 550 aa  132  6.999999999999999e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  39.89 
 
 		 320 aa  132  7.999999999999999e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  44.89 
 
 		 387 aa  132  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 320 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0797  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.71 
 
 		 374 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  40.11 
 
 		 280 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  36.7 
 
 		 569 aa  130  3e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  44.24 
 
 		 525 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  41.86 
 
 		 548 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 323 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4602  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 459 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.195913 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  40 
 
 		 459 aa  130  5.0000000000000004e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 405 aa  130  5.0000000000000004e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  35.86 
 
 		 732 aa  129  6e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  34.29 
 
 		 388 aa  129  6e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 319 aa  129  6e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  43.64 
 
 		 525 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  33.45 
 
 		 388 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  31.28 
 
 		 487 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 323 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.85 
 
 		 797 aa  127  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 764 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 564 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1336  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 439 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0220322  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2593  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 569 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0279465  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 172 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 764 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0723  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 540 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1161  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 440 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0876222  normal  0.647833 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5563  putative two-component response regulator  43.59 
 
 		 542 aa  127  3e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.591571  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 764 aa  127  3e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 324 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  44.97 
 
 		 532 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 324 aa  127  3e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1039  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 393 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0950507  normal  0.205042 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 492 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  31.62 
 
 		 369 aa  127  4.0000000000000003e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 324 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 318 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64050  putative two-component response regulator  43.59 
 
 		 542 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  37 
 
 		 517 aa  127  4.0000000000000003e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 307 aa  126  5e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 310 aa  126  5e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4930  diguanylate cyclase  40.3 
 
 		 530 aa  126  6e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.22973 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  34.11 
 
 		 298 aa  126  6e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 354 aa  126  7e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2310  diguanylate cyclase  38.14 
 
 		 555 aa  125  8.000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000248825 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 638 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 532 aa  125  8.000000000000001e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 614 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1528  diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 1339 aa  125  8.000000000000001e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.646539  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 498 aa  125  9e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 381 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 308 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>