More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1480 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009665  Shew185_1304  diguanylate cyclase  69.84 
 
 		 581 aa  849    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00414858  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1480  GGDEF family protein  100 
 
 		 596 aa  1224    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1313  diguanylate cyclase  70.02 
 
 		 581 aa  839    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.386041  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1340  diguanylate cyclase  69.84 
 
 		 581 aa  838    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2946  diguanylate cyclase  64.93 
 
 		 575 aa  768    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1235  diguanylate cyclase  61.85 
 
 		 577 aa  724    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2770  diguanylate cyclase  64.24 
 
 		 575 aa  758    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.207836  normal  0.331023 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2848  diguanylate cyclase  63.89 
 
 		 575 aa  753    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3046  diguanylate cyclase  69.84 
 
 		 581 aa  838    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.860652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1274  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 593 aa  450  1e-125  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1289  diguanylate cyclase  41.37 
 
 		 595 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1413  diguanylate cyclase  39.82 
 
 		 587 aa  397  1e-109  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.502195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2382  GGDEF family protein  39.56 
 
 		 649 aa  389  1e-107  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0512687  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1100  diguanylate cyclase  37.52 
 
 		 576 aa  368  1e-100  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1244  GGDEF domain-containing protein  35.59 
 
 		 578 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.118436  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1527  diguanylate cyclase  32.93 
 
 		 642 aa  288  2e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.086696  normal  0.0345548 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1526  diguanylate cyclase  32.11 
 
 		 622 aa  271  2e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.480144  normal  0.0382354 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3571  diguanylate cyclase  27.74 
 
 		 610 aa  208  2e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3000  diguanylate cyclase  27.45 
 
 		 585 aa  204  3e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0783  GGDEF domain-containing protein  27.98 
 
 		 592 aa  195  3e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0546  GGDEF domain-containing protein  35.48 
 
 		 589 aa  187  3e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0809  GGDEF domain-containing protein  28.02 
 
 		 585 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0541  GGDEF domain-containing protein  29.54 
 
 		 613 aa  160  4e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0951  GGDEF domain-containing protein  29.47 
 
 		 694 aa  152  2e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.75473  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0734  GGDEF domain-containing protein  29.59 
 
 		 604 aa  144  5e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4172  GGDEF domain-containing protein  31.02 
 
 		 431 aa  140  6e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  39.55 
 
 		 498 aa  139  1e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 405 aa  138  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 495 aa  131  4.0000000000000003e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 611 aa  131  4.0000000000000003e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  44.65 
 
 		 696 aa  130  6e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 307 aa  130  7.000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 308 aa  130  9.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 308 aa  130  9.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 312 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3824  diguanylate cyclase  33.45 
 
 		 659 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  44.65 
 
 		 642 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  41.82 
 
 		 413 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4930  diguanylate cyclase  41.79 
 
 		 530 aa  129  2.0000000000000002e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.22973 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 612 aa  129  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 322 aa  128  3e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 220 aa  128  3e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 422 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.78 
 
 		 531 aa  128  4.0000000000000003e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  40 
 
 		 1774 aa  127  4.0000000000000003e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 532 aa  127  5e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1128  diguanylate cyclase  34.08 
 
 		 563 aa  127  5e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.716574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  37.07 
 
 		 690 aa  127  6e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  43.4 
 
 		 645 aa  126  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  36.99 
 
 		 626 aa  126  1e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  43.4 
 
 		 645 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 485 aa  124  4e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0538  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 585 aa  124  4e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  39.75 
 
 		 659 aa  124  4e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1337  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 635 aa  124  4e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.018023  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 464 aa  124  5e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  34.65 
 
 		 485 aa  124  6e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2157  diguanylate cyclase  32.74 
 
 		 559 aa  123  8e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  hitchhiker  0.000000586134 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  39.04 
 
 		 477 aa  123  8e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 320 aa  123  9e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  42.59 
 
 		 308 aa  123  9e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  37.43 
 
 		 422 aa  123  9.999999999999999e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  41.44 
 
 		 525 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  35.35 
 
 		 485 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3384  diguanylate cyclase  33.64 
 
 		 563 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.667908 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0939  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.12 
 
 		 438 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  44.65 
 
 		 653 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 459 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 486 aa  121  3e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4599  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 231 aa  121  3.9999999999999996e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.711309  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  35.42 
 
 		 485 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 614 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  40 
 
 		 417 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 390 aa  120  4.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4234  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 539 aa  120  7e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.256126 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001391  GGDEF domain protein  36.42 
 
 		 327 aa  119  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00410317  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0339  GGDEF domain protein  37.88 
 
 		 677 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 417 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0138  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 355 aa  119  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.508736 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  31.58 
 
 		 1037 aa  120  9.999999999999999e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2587  GGDEF domain-containing protein  35.48 
 
 		 621 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.21731  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0525  diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 585 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 295 aa  119  9.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 407 aa  119  1.9999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.18 
 
 		 550 aa  119  1.9999999999999998e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  35.96 
 
 		 486 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 329 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0187  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.46 
 
 		 469 aa  119  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  41.76 
 
 		 443 aa  119  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  35.96 
 
 		 486 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  40.88 
 
 		 525 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.04 
 
 		 342 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.1 
 
 		 419 aa  119  1.9999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  35.96 
 
 		 486 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1057  GGDEF domain-containing protein  42.5 
 
 		 264 aa  118  3e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2977  diguanylate cyclase  32.03 
 
 		 650 aa  118  3e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  35.96 
 
 		 486 aa  118  3e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3873  diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 430 aa  118  3e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2144  diguanylate cyclase  41.25 
 
 		 263 aa  118  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 357 aa  118  3e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>