More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_1355 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  100 
 
 
487 aa  993    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  54.16 
 
 
498 aa  513  1e-144  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  48.23 
 
 
525 aa  437  1e-121  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  42.97 
 
 
483 aa  301  2e-80  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  40.69 
 
 
732 aa  167  4e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.85 
 
 
586 aa  167  5.9999999999999996e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  40.85 
 
 
764 aa  163  7e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  40.85 
 
 
764 aa  163  8.000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  40.85 
 
 
764 aa  162  1e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  36.36 
 
 
323 aa  160  3e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  35.61 
 
 
323 aa  160  7e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  35.98 
 
 
320 aa  159  1e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  41.03 
 
 
758 aa  159  1e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  37.84 
 
 
554 aa  157  4e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  34.47 
 
 
1073 aa  156  7e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  38.18 
 
 
499 aa  155  1e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  35.61 
 
 
319 aa  155  2e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  45.24 
 
 
172 aa  154  4e-36  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  46.11 
 
 
466 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  35.56 
 
 
324 aa  152  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.74 
 
 
322 aa  152  1e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  35.56 
 
 
324 aa  152  1e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.74 
 
 
322 aa  152  2e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  48.77 
 
 
460 aa  152  2e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.74 
 
 
351 aa  151  3e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.78 
 
 
563 aa  150  4e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  35.19 
 
 
324 aa  150  4e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.09 
 
 
564 aa  150  5e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  43.89 
 
 
307 aa  150  6e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  35.61 
 
 
318 aa  149  9e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  45.56 
 
 
451 aa  149  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  47.74 
 
 
320 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2680  diguanylate cyclase  50.94 
 
 
252 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50.32 
 
 
301 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.18 
 
 
499 aa  147  5e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  46.84 
 
 
316 aa  146  8.000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  37.66 
 
 
517 aa  145  1e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0092  diguanylate cyclase  44.44 
 
 
577 aa  145  1e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  42.54 
 
 
722 aa  145  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  35.98 
 
 
324 aa  145  2e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1842  diguanylate cyclase  44.39 
 
 
308 aa  144  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.721538  normal  0.677546 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.67 
 
 
353 aa  145  2e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  43.93 
 
 
321 aa  145  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.27 
 
 
322 aa  144  3e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.15 
 
 
642 aa  144  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0484368  normal  0.638753 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.71 
 
 
558 aa  144  3e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  41.97 
 
 
603 aa  144  4e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  47.13 
 
 
323 aa  144  5e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  37.25 
 
 
220 aa  143  6e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  38.05 
 
 
353 aa  143  7e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0701  diguanylate cyclase  42.45 
 
 
650 aa  143  7e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.291224  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  45.06 
 
 
464 aa  143  9e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  45.4 
 
 
316 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  41.33 
 
 
610 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.4 
 
 
308 aa  142  9.999999999999999e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  33.05 
 
 
718 aa  142  9.999999999999999e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  44.64 
 
 
548 aa  142  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  46.74 
 
 
559 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1177  two component signal transduction response regulator  26.6 
 
 
470 aa  142  9.999999999999999e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.01 
 
 
312 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  38.31 
 
 
343 aa  142  9.999999999999999e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  49.11 
 
 
510 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1198  diguanylate cyclase  46.67 
 
 
394 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000754903  normal  0.715416 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  49.11 
 
 
510 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  49.11 
 
 
510 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  50.32 
 
 
367 aa  142  9.999999999999999e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  44.79 
 
 
278 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50 
 
 
454 aa  142  9.999999999999999e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0219  diguanylate cyclase  36.99 
 
 
303 aa  141  1.9999999999999998e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  44.71 
 
 
609 aa  142  1.9999999999999998e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  41.72 
 
 
565 aa  141  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1723  response regulator receiver domain-containing protein  40 
 
 
325 aa  142  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  43.83 
 
 
334 aa  141  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  48.15 
 
 
457 aa  141  3e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  43.53 
 
 
498 aa  141  3e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.2 
 
 
628 aa  141  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  46.2 
 
 
291 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.72 
 
 
512 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.24 
 
 
314 aa  140  6e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  46.63 
 
 
312 aa  140  6e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0093  diguanylate cyclase  44.77 
 
 
426 aa  140  6e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  49.37 
 
 
466 aa  140  7e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.63 
 
 
312 aa  140  7e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1425  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.68 
 
 
483 aa  140  7.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0224  diguanylate cyclase  40 
 
 
332 aa  139  1e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2371  diguanylate cyclase  45.22 
 
 
294 aa  139  1e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.171648  normal  0.191081 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  44.57 
 
 
459 aa  139  1e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  34.09 
 
 
324 aa  139  1e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0952  GGDEF domain-containing protein  44.72 
 
 
430 aa  138  2e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3737  diguanylate cyclase  33.71 
 
 
328 aa  139  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0251056  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.94 
 
 
505 aa  139  2e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  45.51 
 
 
574 aa  138  2e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0531  diguanylate cyclase  33.71 
 
 
328 aa  139  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.842524  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  45 
 
 
328 aa  139  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  34.98 
 
 
369 aa  138  2e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3794  diguanylate cyclase  33.71 
 
 
328 aa  138  2e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.807786  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.12 
 
 
312 aa  138  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  49.71 
 
 
507 aa  139  2e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  47.85 
 
 
457 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  42.6 
 
 
631 aa  138  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.447681 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>