More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0569 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  100 
 
 		 324 aa  681    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  93.5 
 
 		 324 aa  647    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  93.81 
 
 		 324 aa  649    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  93.5 
 
 		 324 aa  647    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  92.83 
 
 		 324 aa  604  9.999999999999999e-173  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3794  diguanylate cyclase  88.89 
 
 		 328 aa  599  1e-170  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.807786  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0531  diguanylate cyclase  88.79 
 
 		 328 aa  592  1e-168  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.842524  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3737  diguanylate cyclase  88.79 
 
 		 328 aa  592  1e-168  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0251056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3920  diguanylate cyclase  88.47 
 
 		 328 aa  590  1e-167  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00763336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  79.18 
 
 		 318 aa  542  1e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  73.46 
 
 		 323 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  76.42 
 
 		 321 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  74.45 
 
 		 323 aa  515  1.0000000000000001e-145  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  73.82 
 
 		 319 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  73.19 
 
 		 320 aa  513  1e-144  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  72.78 
 
 		 320 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  54.57 
 
 		 322 aa  390  1e-107  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  53 
 
 		 319 aa  377  1e-103  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  53.55 
 
 		 332 aa  361  7.0000000000000005e-99  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  49.37 
 
 		 316 aa  346  3e-94  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  48.11 
 
 		 322 aa  336  3.9999999999999995e-91  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  50.16 
 
 		 320 aa  330  2e-89  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  45.05 
 
 		 316 aa  325  7e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  45.97 
 
 		 325 aa  300  2e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  42.21 
 
 		 320 aa  297  2e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  44.4 
 
 		 280 aa  271  1e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  44.03 
 
 		 334 aa  269  5e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  40.78 
 
 		 311 aa  266  4e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  41.1 
 
 		 311 aa  264  1e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1133  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 311 aa  264  1e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.047255  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3279  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 311 aa  264  1e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0418707  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  41.1 
 
 		 311 aa  264  1e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 311 aa  264  1e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2399  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 311 aa  264  1e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291213  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 311 aa  264  1e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  41.47 
 
 		 312 aa  260  2e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.47 
 
 		 312 aa  261  2e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.14 
 
 		 312 aa  260  3e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.07 
 
 		 326 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.4 
 
 		 313 aa  250  3e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.8 
 
 		 312 aa  249  6e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.87 
 
 		 324 aa  247  1e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.53 
 
 		 313 aa  246  3e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.53 
 
 		 313 aa  246  3e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.53 
 
 		 312 aa  246  4e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.62 
 
 		 315 aa  218  1e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03099  sensory box/GGDEF protein  54.42 
 
 		 163 aa  191  1e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.727422  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  36.72 
 
 		 307 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.15 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1040  sensory box protein  52.35 
 
 		 160 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.951062  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0887  sensory box protein  52.35 
 
 		 160 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.141659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3726  putative PAS/PAC sensor protein  53.79 
 
 		 145 aa  168  1e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1752  diguanylate cyclase  32.04 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000321576  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  45.78 
 
 		 758 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000473  hypothetical protein  47.14 
 
 		 145 aa  154  2.9999999999999998e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 487 aa  153  4e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1329  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 353 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.681295  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  41.45 
 
 		 350 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06227  hypothetical protein  46.43 
 
 		 146 aa  152  5.9999999999999996e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2371  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 294 aa  152  1e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.171648  normal  0.191081 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.23 
 
 		 499 aa  150  2e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1205  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 371 aa  150  3e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3007  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 353 aa  150  3e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1086  hypothetical protein  45.93 
 
 		 148 aa  150  3e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.394115  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 		 469 aa  149  6e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.21 
 
 		 550 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  38.16 
 
 		 498 aa  147  3e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 764 aa  146  5e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 764 aa  146  6e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.65 
 
 		 314 aa  145  7.0000000000000006e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 764 aa  145  7.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 172 aa  145  9e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  45.3 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  41.33 
 
 		 345 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  40.64 
 
 		 354 aa  144  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 312 aa  143  3e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0602  hypothetical protein  43.57 
 
 		 145 aa  143  4e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  33.44 
 
 		 425 aa  143  4e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.49 
 
 		 586 aa  143  4e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  44.75 
 
 		 659 aa  143  4e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1193  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 353 aa  143  5e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 636 aa  142  7e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  41.84 
 
 		 502 aa  142  9e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.4 
 
 		 309 aa  142  9e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.27 
 
 		 730 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1887  diguanylate cyclase  33.22 
 
 		 327 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.876301  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0125  GGDEF domain-containing protein  42.11 
 
 		 371 aa  141  1.9999999999999998e-32  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  43.21 
 
 		 1774 aa  141  1.9999999999999998e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2045  diguanylate cyclase  43.56 
 
 		 243 aa  140  3e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  42.57 
 
 		 396 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.94 
 
 		 550 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.91 
 
 		 564 aa  140  3.9999999999999997e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  34.88 
 
 		 569 aa  139  4.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4041  diguanylate cyclase  40.58 
 
 		 282 aa  139  6e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649407 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 464 aa  139  8.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.79 
 
 		 444 aa  138  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 422 aa  138  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1949  sensory box/GGDEF family protein  33.8 
 
 		 579 aa  138  1e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.773832  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>