More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4329 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  100 
 
 		 320 aa  671    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  85.58 
 
 		 323 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  79.18 
 
 		 323 aa  543  1e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  75.79 
 
 		 318 aa  531  1e-150  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  76.68 
 
 		 320 aa  520  1e-147  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  74.29 
 
 		 319 aa  521  1e-147  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  72.87 
 
 		 324 aa  514  1.0000000000000001e-145  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  72.87 
 
 		 324 aa  514  1.0000000000000001e-145  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  72.56 
 
 		 324 aa  511  1e-144  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  74.38 
 
 		 324 aa  507  1e-143  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  75.08 
 
 		 321 aa  508  1e-143  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3794  diguanylate cyclase  74.13 
 
 		 328 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.807786  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0531  diguanylate cyclase  73.82 
 
 		 328 aa  502  1e-141  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.842524  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3737  diguanylate cyclase  73.82 
 
 		 328 aa  502  1e-141  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0251056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3920  diguanylate cyclase  73.82 
 
 		 328 aa  501  1e-141  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00763336  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  73.19 
 
 		 324 aa  496  1e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  54.06 
 
 		 322 aa  387  1e-106  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  51.74 
 
 		 319 aa  370  1e-101  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  54.37 
 
 		 332 aa  367  1e-100  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  50.32 
 
 		 316 aa  349  4e-95  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  45.86 
 
 		 316 aa  332  6e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  46.69 
 
 		 322 aa  332  7.000000000000001e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  50 
 
 		 320 aa  330  2e-89  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  44.08 
 
 		 320 aa  302  5.000000000000001e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  42.99 
 
 		 325 aa  291  9e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  46.4 
 
 		 280 aa  278  8e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  40.48 
 
 		 334 aa  253  3e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 312 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.87 
 
 		 312 aa  250  2e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.2 
 
 		 312 aa  246  3e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  39.23 
 
 		 311 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.54 
 
 		 312 aa  243  3e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  39.23 
 
 		 311 aa  241  1e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  39.23 
 
 		 311 aa  241  1e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 311 aa  241  1e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2399  diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 311 aa  241  1e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291213  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3279  diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 311 aa  241  1e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0418707  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 311 aa  241  1e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1133  diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 311 aa  241  1e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.047255  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.54 
 
 		 326 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.88 
 
 		 313 aa  235  9e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.21 
 
 		 324 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.42 
 
 		 312 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.21 
 
 		 313 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.21 
 
 		 313 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.91 
 
 		 315 aa  211  1e-53  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03099  sensory box/GGDEF protein  54.42 
 
 		 163 aa  191  1e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.727422  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  36.6 
 
 		 307 aa  189  4e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.12 
 
 		 301 aa  184  3e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1040  sensory box protein  54.36 
 
 		 160 aa  181  2e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.951062  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0887  sensory box protein  53.69 
 
 		 160 aa  179  4e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.141659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1752  diguanylate cyclase  30.1 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000321576  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3726  putative PAS/PAC sensor protein  51.88 
 
 		 145 aa  162  9e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.11 
 
 		 353 aa  156  6e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  38.34 
 
 		 569 aa  152  7e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.78 
 
 		 309 aa  152  8e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  45.76 
 
 		 588 aa  150  3e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  47.74 
 
 		 487 aa  149  8e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  42.86 
 
 		 548 aa  149  9e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.65 
 
 		 730 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 314 aa  147  3e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1329  diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 353 aa  147  3e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.681295  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 345 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  30.45 
 
 		 328 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 308 aa  146  5e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 308 aa  146  5e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  39.68 
 
 		 350 aa  146  6e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06227  hypothetical protein  45.04 
 
 		 146 aa  144  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.57 
 
 		 531 aa  144  2e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2371  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 294 aa  144  3e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.171648  normal  0.191081 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000473  hypothetical protein  44.27 
 
 		 145 aa  143  4e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1086  hypothetical protein  45.04 
 
 		 148 aa  142  5e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.394115  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  43.27 
 
 		 343 aa  142  6e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 291 aa  142  6e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  45.81 
 
 		 525 aa  142  7e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  33.6 
 
 		 569 aa  142  8e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.64 
 
 		 550 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4041  diguanylate cyclase  38.81 
 
 		 282 aa  142  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649407 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1205  diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 371 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  43.02 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 732 aa  140  1.9999999999999998e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.12 
 
 		 469 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3007  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 353 aa  140  3e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  41.54 
 
 		 502 aa  140  3e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 329 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  41.34 
 
 		 342 aa  139  4.999999999999999e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  38.31 
 
 		 422 aa  139  4.999999999999999e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 172 aa  139  4.999999999999999e-32  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.92 
 
 		 572 aa  139  7e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.81 
 
 		 578 aa  139  7e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.58 
 
 		 686 aa  139  7.999999999999999e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 1774 aa  139  8.999999999999999e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.96 
 
 		 550 aa  139  8.999999999999999e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0602  hypothetical protein  42.86 
 
 		 145 aa  139  8.999999999999999e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  43.23 
 
 		 498 aa  138  1e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 395 aa  138  1e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.42 
 
 		 326 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  41.53 
 
 		 361 aa  138  1e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 611 aa  138  1e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 395 aa  138  1e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>