More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU0952 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0952  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 430 aa  872    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0270  diguanylate cyclase  43.83 
 
 		 408 aa  332  8e-90  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0255  diguanylate cyclase  43.83 
 
 		 408 aa  330  4e-89  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000365905 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0513  GGDEF domain-containing protein  32.53 
 
 		 426 aa  206  9e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  38.53 
 
 		 422 aa  157  2e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1748  diguanylate cyclase  41.94 
 
 		 417 aa  151  2e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2084  diguanylate cyclase  43.94 
 
 		 417 aa  150  3e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000571313 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.87 
 
 		 695 aa  149  9e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.407024 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.75 
 
 		 827 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.6 
 
 		 315 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  41.34 
 
 		 611 aa  147  4.0000000000000006e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 308 aa  146  5e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 308 aa  146  5e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 322 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2535  GGDEF  40.18 
 
 		 350 aa  144  4e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.388449  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1546  diguanylate cyclase  43.08 
 
 		 416 aa  144  4e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0539589  hitchhiker  0.00796281 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1501  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 360 aa  144  4e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.15986  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.39 
 
 		 917 aa  143  5e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  39.58 
 
 		 365 aa  143  6e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  40.66 
 
 		 334 aa  142  9e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  37.62 
 
 		 392 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 316 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 405 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 459 aa  140  3e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  44.83 
 
 		 295 aa  141  3e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  40.43 
 
 		 457 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  45.09 
 
 		 308 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 357 aa  140  3.9999999999999997e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.13 
 
 		 312 aa  139  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  33.91 
 
 		 373 aa  139  1e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 680 aa  139  1e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  43.85 
 
 		 457 aa  139  1e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  39.89 
 
 		 457 aa  138  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 362 aa  138  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  44.72 
 
 		 487 aa  138  2e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  39.89 
 
 		 457 aa  138  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 396 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 317 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 317 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  46.28 
 
 		 339 aa  137  4e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  39.06 
 
 		 548 aa  137  4e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  45.81 
 
 		 681 aa  137  5e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  43.06 
 
 		 510 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.35 
 
 		 312 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  42.78 
 
 		 466 aa  136  8e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  42.58 
 
 		 510 aa  136  8e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  42.58 
 
 		 510 aa  136  8e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  37.24 
 
 		 397 aa  136  9e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  37.26 
 
 		 493 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 309 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.96 
 
 		 317 aa  135  9.999999999999999e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  34.93 
 
 		 569 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  38.74 
 
 		 345 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  37.26 
 
 		 493 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.09 
 
 		 438 aa  134  3e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.29 
 
 		 710 aa  134  3e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 343 aa  134  3e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  44.12 
 
 		 732 aa  134  3e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 355 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 464 aa  134  3.9999999999999996e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1687  diguanylate cyclase  40.19 
 
 		 564 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0356503  hitchhiker  0.00372154 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 172 aa  134  3.9999999999999996e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 314 aa  134  3.9999999999999996e-30  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 312 aa  134  5e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 237 aa  134  5e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  43.32 
 
 		 1000 aa  133  5e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  43.46 
 
 		 459 aa  133  5e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  41.86 
 
 		 311 aa  133  6e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1230  diguanylate cyclase  40.19 
 
 		 558 aa  133  6e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000119791  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  41.08 
 
 		 355 aa  133  6e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1132  cellulose synthesis regulatory protein  37.5 
 
 		 570 aa  133  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000012809  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2150  cellulose synthesis regulatory protein  37.5 
 
 		 570 aa  133  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.297138  normal  0.0131316 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2204  cellulose synthesis regulatory protein  37.5 
 
 		 570 aa  133  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.315572  normal  0.912149 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1253  cellulose synthesis regulatory protein  37.5 
 
 		 570 aa  133  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.839594 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 464 aa  133  6.999999999999999e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2146  cellulose synthesis regulatory protein  37.5 
 
 		 570 aa  133  7.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.256949  normal  0.163286 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.85 
 
 		 586 aa  133  7.999999999999999e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 493 aa  132  9e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  43.85 
 
 		 457 aa  132  9e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0638  diguanylate cyclase  42.36 
 
 		 524 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0484455 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02110  GGDEF domain-containing protein  41.08 
 
 		 235 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.594222 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1260  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.62 
 
 		 423 aa  131  2.0000000000000002e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  42.86 
 
 		 457 aa  132  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  35.82 
 
 		 407 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0688  diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 363 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.106369  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0249  hypothetical protein  41.08 
 
 		 275 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.664064  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1693  diguanylate cyclase  38.97 
 
 		 564 aa  130  3e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000442745  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  41.3 
 
 		 461 aa  131  3e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1199  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 258 aa  131  3e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000341711  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.98 
 
 		 326 aa  131  3e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  36.6 
 
 		 319 aa  130  3e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1077  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  39.72 
 
 		 558 aa  131  3e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734609  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2732  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  38.97 
 
 		 564 aa  130  3e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000132125  normal  0.489861 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  39.3 
 
 		 316 aa  131  3e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.55 
 
 		 454 aa  130  3e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  40.95 
 
 		 753 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 565 aa  130  4.0000000000000003e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  41.94 
 
 		 457 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  31.58 
 
 		 312 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>