More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2567 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  100 
 
 		 397 aa  793    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1751  diguanylate cyclase  32.72 
 
 		 389 aa  156  7e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000123921  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  45.08 
 
 		 345 aa  149  6e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  43.59 
 
 		 350 aa  145  9e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.91 
 
 		 594 aa  145  9e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 307 aa  145  1e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  33.89 
 
 		 384 aa  143  4e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  45.64 
 
 		 532 aa  142  7e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  41.01 
 
 		 680 aa  143  7e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 571 aa  142  8e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.95 
 
 		 686 aa  142  8e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.91 
 
 		 1078 aa  140  3.9999999999999997e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39460  guanylyl cyclase  34.57 
 
 		 415 aa  139  7.999999999999999e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  42.77 
 
 		 548 aa  139  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  39.04 
 
 		 413 aa  139  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  41.48 
 
 		 424 aa  139  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  38.35 
 
 		 385 aa  138  2e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1748  diguanylate cyclase  46.15 
 
 		 417 aa  138  2e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  29.36 
 
 		 531 aa  138  2e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4585  diguanylate cyclase  45.61 
 
 		 281 aa  138  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.704428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  47.02 
 
 		 492 aa  138  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  31.11 
 
 		 385 aa  138  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  40.35 
 
 		 364 aa  137  3.0000000000000003e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 559 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 620 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 422 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2084  diguanylate cyclase  46.15 
 
 		 417 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000571313 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 362 aa  137  4e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.56 
 
 		 572 aa  137  4e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  46.47 
 
 		 408 aa  137  4e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 308 aa  137  5e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 308 aa  137  5e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  46.71 
 
 		 457 aa  136  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.68 
 
 		 424 aa  136  5e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3686  diguanylate cyclase  32.15 
 
 		 385 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.557727  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1471  diguanylate cyclase  33.93 
 
 		 398 aa  136  6.0000000000000005e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0238873 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  45.2 
 
 		 375 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0952  GGDEF domain-containing protein  37.24 
 
 		 430 aa  136  8e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 492 aa  136  8e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  44.77 
 
 		 525 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1546  diguanylate cyclase  44.92 
 
 		 416 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0539589  hitchhiker  0.00796281 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  31.22 
 
 		 395 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 474 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.71 
 
 		 772 aa  135  1.9999999999999998e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1695  GGDEF family protein  30.81 
 
 		 420 aa  135  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.037923  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  46.34 
 
 		 1774 aa  135  1.9999999999999998e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.66 
 
 		 342 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  46.11 
 
 		 457 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 821 aa  134  3e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  30.96 
 
 		 395 aa  133  3.9999999999999996e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  46.54 
 
 		 237 aa  134  3.9999999999999996e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  40 
 
 		 487 aa  133  5e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 611 aa  133  6e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.39 
 
 		 710 aa  133  6e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  32.74 
 
 		 409 aa  133  6e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.35 
 
 		 342 aa  133  6e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  43.21 
 
 		 321 aa  133  6e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0783  GGDEF domain-containing protein  38.92 
 
 		 592 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  39.51 
 
 		 335 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 582 aa  132  7.999999999999999e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  41.25 
 
 		 532 aa  132  9e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  43.6 
 
 		 525 aa  132  9e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2394  GGDEF domain-containing protein  32.32 
 
 		 415 aa  132  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  28.03 
 
 		 407 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4996  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.94 
 
 		 328 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.445077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 312 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.174701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  46.99 
 
 		 1000 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2523  diguanylate cyclase  47.88 
 
 		 587 aa  132  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  32.55 
 
 		 380 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  44.94 
 
 		 508 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0216  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.66 
 
 		 328 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2219  diguanylate cyclase  34.48 
 
 		 413 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.568447  normal  0.728186 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  39.16 
 
 		 451 aa  131  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 714 aa  131  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3330  diguanylate cyclase  35.56 
 
 		 401 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  39.91 
 
 		 317 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  41.9 
 
 		 354 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  46.99 
 
 		 525 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2736  diguanylate cyclase  33.16 
 
 		 405 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.428022 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  44.83 
 
 		 466 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  45.51 
 
 		 457 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.85 
 
 		 550 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 357 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  45.28 
 
 		 378 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  31.99 
 
 		 384 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.85 
 
 		 730 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 324 aa  131  2.0000000000000002e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  46.47 
 
 		 736 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 634 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2513  diguanylate cyclase  32.18 
 
 		 405 aa  131  3e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0645209 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 301 aa  130  4.0000000000000003e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 322 aa  130  5.0000000000000004e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0577  diguanylate cyclase  41.9 
 
 		 378 aa  130  6e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.299123  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 354 aa  130  6e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  29.47 
 
 		 405 aa  129  7.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  42.08 
 
 		 507 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.56 
 
 		 797 aa  129  9.000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  44.91 
 
 		 457 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  40.61 
 
 		 346 aa  129  9.000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3988  two component response regulator  44.32 
 
 		 296 aa  129  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>