More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_2492 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  75 
 
 		 532 aa  712    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  100 
 
 		 474 aa  944    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  65.82 
 
 		 516 aa  639    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  98.31 
 
 		 508 aa  926    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  65.61 
 
 		 506 aa  626  1e-178  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2597  diguanylate cyclase  66.38 
 
 		 506 aa  588  1e-167  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.938839 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1243  diguanylate cyclase  62.26 
 
 		 510 aa  576  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.624606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  44.54 
 
 		 516 aa  396  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 522 aa  390  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04801  hypothetical protein  43.38 
 
 		 505 aa  382  1e-105  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0299872 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  44.73 
 
 		 492 aa  375  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  44.52 
 
 		 492 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4104  diguanylate cyclase  43.82 
 
 		 505 aa  374  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.340706 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  44.52 
 
 		 492 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3991  diguanylate cyclase  43.82 
 
 		 505 aa  374  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.613369 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4503  diguanylate cyclase  44.92 
 
 		 492 aa  369  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4694  diguanylate cyclase  44.92 
 
 		 492 aa  368  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  43.01 
 
 		 492 aa  366  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  43.01 
 
 		 492 aa  366  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  42.53 
 
 		 492 aa  364  2e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4045  diguanylate cyclase  44.49 
 
 		 492 aa  364  2e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  43.06 
 
 		 510 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  43.06 
 
 		 510 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  43.06 
 
 		 510 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 510 aa  353  4e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  42.92 
 
 		 510 aa  353  4e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  43.28 
 
 		 507 aa  341  1e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3188  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 529 aa  337  3.9999999999999995e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.210299 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  39.7 
 
 		 509 aa  335  7e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3598  diguanylate cyclase  41.89 
 
 		 510 aa  334  2e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  43.39 
 
 		 510 aa  333  3e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5496  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 520 aa  333  3e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414779  hitchhiker  0.000876281 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4944  diguanylate cyclase  40.92 
 
 		 520 aa  332  8e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0582678 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5084  diguanylate cyclase  39.71 
 
 		 503 aa  330  3e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.494089  normal  0.0445442 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0868  GGDEF domain-containing protein  41.86 
 
 		 494 aa  329  8e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.796056  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 501 aa  328  9e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4565  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 521 aa  327  3e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267028  normal  0.0465187 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5189  diguanylate cyclase  40.84 
 
 		 521 aa  325  1e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5670  diguanylate cyclase  40.84 
 
 		 521 aa  325  1e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0236259 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0028  diguanylate cyclase  41.06 
 
 		 527 aa  323  6e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0638  diguanylate cyclase  41.65 
 
 		 524 aa  323  6e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0484455 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  40.52 
 
 		 488 aa  321  1.9999999999999998e-86  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  39.92 
 
 		 487 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  39.71 
 
 		 487 aa  318  1e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  39.71 
 
 		 487 aa  318  2e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  39.71 
 
 		 487 aa  318  2e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  39.71 
 
 		 487 aa  318  2e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  39.71 
 
 		 528 aa  318  2e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  39.71 
 
 		 487 aa  318  2e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4536  diguanylate cyclase  39.96 
 
 		 503 aa  318  2e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  38.82 
 
 		 507 aa  317  3e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0985  diguanylate cyclase  39.62 
 
 		 508 aa  317  4e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  39.13 
 
 		 512 aa  316  6e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3174  diguanylate cyclase  39.92 
 
 		 530 aa  315  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.258431  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  38.36 
 
 		 502 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  40.6 
 
 		 502 aa  308  1.0000000000000001e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  41.61 
 
 		 498 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  37.82 
 
 		 501 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0821  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 496 aa  300  4e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605291  normal  0.227561 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0832  diguanylate cyclase  39.83 
 
 		 496 aa  299  7e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0798  GGDEF domain-containing protein  39.08 
 
 		 496 aa  296  8e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.412232  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0954  diguanylate cyclase  38.49 
 
 		 502 aa  288  2e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0641916  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  36.86 
 
 		 506 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  36.86 
 
 		 489 aa  286  5e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  36.86 
 
 		 484 aa  286  5e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  36.86 
 
 		 499 aa  286  5.999999999999999e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  36.86 
 
 		 499 aa  286  5.999999999999999e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  36.86 
 
 		 499 aa  286  5.999999999999999e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  36.86 
 
 		 489 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0546  diguanylate cyclase  37.68 
 
 		 499 aa  281  2e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5179  diguanylate cyclase  36.04 
 
 		 504 aa  278  1e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.466605 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0533  diguanylate cyclase  37.14 
 
 		 480 aa  271  1e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6666  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 502 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6431  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 502 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6264  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 502 aa  263  6e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.291677  normal  0.150603 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  35.38 
 
 		 506 aa  261  2e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5514  diguanylate cyclase  35.73 
 
 		 493 aa  257  3e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.333875  normal  0.197216 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  35.15 
 
 		 512 aa  255  1.0000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  33.92 
 
 		 533 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6345  diguanylate cyclase  35.21 
 
 		 506 aa  251  1e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155718  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  34.83 
 
 		 534 aa  250  3e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6048  diguanylate cyclase  35.21 
 
 		 506 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.423069 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  30.82 
 
 		 516 aa  246  9e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  35.94 
 
 		 503 aa  239  1e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  34.31 
 
 		 494 aa  238  2e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1127  GGDEF domain-containing protein  34.86 
 
 		 572 aa  237  3e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00567617  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4491  diguanylate cyclase  34.49 
 
 		 531 aa  233  8.000000000000001e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3242  GGDEF domain-containing protein  34.29 
 
 		 522 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  33.26 
 
 		 553 aa  231  2e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2930  diguanylate cyclase  32.63 
 
 		 515 aa  228  2e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.827018  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  33.19 
 
 		 522 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  37.08 
 
 		 555 aa  225  1e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1348  diguanylate cyclase  31.46 
 
 		 515 aa  223  6e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 522 aa  223  6e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3328  GGDEF  32.18 
 
 		 548 aa  219  1e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00921167 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  36.66 
 
 		 518 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  35.89 
 
 		 528 aa  216  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3250  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.19 
 
 		 768 aa  188  2e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2785  diguanylate cyclase  29.2 
 
 		 519 aa  172  9e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  48.86 
 
 		 346 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>