More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3598 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010552  BamMC406_3598  diguanylate cyclase  100 
 
 
510 aa  1011    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  85.29 
 
 
510 aa  874    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  77.06 
 
 
510 aa  762    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  86.47 
 
 
510 aa  885    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  86.47 
 
 
510 aa  886    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  86.47 
 
 
510 aa  885    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  98.63 
 
 
510 aa  999    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5084  diguanylate cyclase  62 
 
 
503 aa  595  1e-169  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.494089  normal  0.0445442 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  57.94 
 
 
487 aa  538  1e-151  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  57.32 
 
 
487 aa  531  1e-150  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  57.32 
 
 
487 aa  531  1e-150  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  55.99 
 
 
528 aa  533  1e-150  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  57.32 
 
 
487 aa  531  1e-150  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  57.32 
 
 
487 aa  531  1e-150  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  57.32 
 
 
487 aa  531  1e-149  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  56.11 
 
 
507 aa  527  1e-148  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  50.41 
 
 
492 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  49.49 
 
 
492 aa  450  1e-125  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  50.21 
 
 
492 aa  451  1e-125  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  49.3 
 
 
507 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  53.06 
 
 
492 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4045  diguanylate cyclase  50.41 
 
 
492 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  52.84 
 
 
492 aa  444  1e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4503  diguanylate cyclase  50.21 
 
 
492 aa  444  1e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  52.84 
 
 
492 aa  444  1e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3188  diguanylate cyclase  50.77 
 
 
529 aa  429  1e-119  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.210299 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5670  diguanylate cyclase  47.04 
 
 
521 aa  426  1e-118  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0236259 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4565  diguanylate cyclase  46.84 
 
 
521 aa  426  1e-118  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267028  normal  0.0465187 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5189  diguanylate cyclase  47.04 
 
 
521 aa  426  1e-118  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4694  diguanylate cyclase  48.97 
 
 
492 aa  427  1e-118  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0028  diguanylate cyclase  45.58 
 
 
527 aa  412  1e-114  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4944  diguanylate cyclase  48.58 
 
 
520 aa  415  1e-114  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0582678 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5496  diguanylate cyclase  48.14 
 
 
520 aa  412  1e-113  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414779  hitchhiker  0.000876281 
 
 
-
 
NC_003296  RS04801  hypothetical protein  46.62 
 
 
505 aa  403  1e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0299872 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  45.19 
 
 
516 aa  403  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  43.92 
 
 
522 aa  389  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  42.24 
 
 
506 aa  370  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0638  diguanylate cyclase  44.38 
 
 
524 aa  361  2e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0484455 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3991  diguanylate cyclase  42.41 
 
 
505 aa  359  5e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.613369 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4104  diguanylate cyclase  42.41 
 
 
505 aa  359  5e-98  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.340706 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  41.07 
 
 
516 aa  357  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  42.59 
 
 
499 aa  357  3.9999999999999996e-97  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  42.59 
 
 
499 aa  357  3.9999999999999996e-97  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  42.59 
 
 
499 aa  357  3.9999999999999996e-97  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  42.59 
 
 
489 aa  356  5.999999999999999e-97  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  42.59 
 
 
484 aa  356  5.999999999999999e-97  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  42.59 
 
 
489 aa  356  6.999999999999999e-97  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  42.38 
 
 
506 aa  354  2e-96  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  41.49 
 
 
508 aa  352  1e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  42.17 
 
 
506 aa  348  1e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  41.89 
 
 
474 aa  347  3e-94  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  40.33 
 
 
532 aa  345  1e-93  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2597  diguanylate cyclase  41.43 
 
 
506 aa  335  1e-90  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.938839 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  42.83 
 
 
488 aa  333  4e-90  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  40.37 
 
 
509 aa  332  1e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  40.34 
 
 
501 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1243  diguanylate cyclase  40.17 
 
 
510 aa  316  7e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.624606  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  40.33 
 
 
498 aa  312  1e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5179  diguanylate cyclase  39.84 
 
 
504 aa  309  8e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.466605 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  38.85 
 
 
502 aa  307  3e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4536  diguanylate cyclase  40.25 
 
 
503 aa  306  5.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221207  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0985  diguanylate cyclase  40.04 
 
 
508 aa  306  8.000000000000001e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  38.41 
 
 
501 aa  306  8.000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  40 
 
 
512 aa  305  1.0000000000000001e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  38.75 
 
 
502 aa  303  6.000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0798  GGDEF domain-containing protein  40.82 
 
 
496 aa  301  1e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.412232  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1127  GGDEF domain-containing protein  40.37 
 
 
572 aa  301  2e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00567617  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0821  diguanylate cyclase  40.21 
 
 
496 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605291  normal  0.227561 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0546  diguanylate cyclase  39.96 
 
 
499 aa  298  1e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0868  GGDEF domain-containing protein  39.18 
 
 
494 aa  296  9e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.796056  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0533  diguanylate cyclase  40.53 
 
 
480 aa  295  1e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0832  diguanylate cyclase  40.41 
 
 
496 aa  295  1e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0954  diguanylate cyclase  39.09 
 
 
502 aa  295  2e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0641916  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6264  diguanylate cyclase  40.7 
 
 
502 aa  291  2e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.291677  normal  0.150603 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6345  diguanylate cyclase  40.21 
 
 
506 aa  290  4e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155718  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6048  diguanylate cyclase  39.96 
 
 
506 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.423069 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6431  diguanylate cyclase  40.5 
 
 
502 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6666  diguanylate cyclase  40.5 
 
 
502 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5514  diguanylate cyclase  37.42 
 
 
493 aa  282  1e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.333875  normal  0.197216 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  36.24 
 
 
512 aa  255  1.0000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  38.76 
 
 
503 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  36.82 
 
 
494 aa  254  2.0000000000000002e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  35.21 
 
 
516 aa  248  2e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  35.63 
 
 
534 aa  246  9e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  36.96 
 
 
518 aa  243  6e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3174  diguanylate cyclase  36.86 
 
 
530 aa  242  1e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.258431  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  38.18 
 
 
522 aa  242  1e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  36.87 
 
 
533 aa  241  2e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4491  diguanylate cyclase  39 
 
 
531 aa  238  2e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3328  GGDEF  31.76 
 
 
548 aa  237  4e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00921167 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3242  GGDEF domain-containing protein  37.75 
 
 
522 aa  237  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564089  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  36.7 
 
 
522 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  31.51 
 
 
553 aa  229  7e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2930  diguanylate cyclase  31.54 
 
 
515 aa  221  3e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.827018  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1348  diguanylate cyclase  30.92 
 
 
515 aa  218  2e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  36.24 
 
 
555 aa  205  1e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  34.63 
 
 
528 aa  201  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  52.81 
 
 
308 aa  172  2e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3250  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.53 
 
 
768 aa  165  2.0000000000000002e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  48.33 
 
 
339 aa  163  7e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>