More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4944 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010552  BamMC406_5496  diguanylate cyclase  98.65 
 
 
520 aa  1036    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414779  hitchhiker  0.000876281 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4565  diguanylate cyclase  86.32 
 
 
521 aa  890    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267028  normal  0.0465187 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0028  diguanylate cyclase  87.11 
 
 
527 aa  886    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3188  diguanylate cyclase  81.61 
 
 
529 aa  825    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.210299 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5670  diguanylate cyclase  86.51 
 
 
521 aa  889    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0236259 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5189  diguanylate cyclase  86.51 
 
 
521 aa  889    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4944  diguanylate cyclase  100 
 
 
520 aa  1049    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0582678 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  59.05 
 
 
492 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  59.26 
 
 
492 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  57.32 
 
 
492 aa  559  1e-158  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  57.17 
 
 
492 aa  545  1e-154  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  57.17 
 
 
492 aa  543  1e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  57.17 
 
 
492 aa  543  1e-153  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4694  diguanylate cyclase  58.58 
 
 
492 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  56.16 
 
 
507 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4045  diguanylate cyclase  55.93 
 
 
492 aa  524  1e-147  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4503  diguanylate cyclase  55.51 
 
 
492 aa  520  1e-146  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5084  diguanylate cyclase  50.41 
 
 
503 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.494089  normal  0.0445442 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  48.43 
 
 
487 aa  435  1e-121  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  48.43 
 
 
487 aa  435  1e-121  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  48.43 
 
 
487 aa  435  1e-121  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  48.55 
 
 
528 aa  438  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  48.85 
 
 
487 aa  438  1e-121  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  48.3 
 
 
507 aa  437  1e-121  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  48.64 
 
 
487 aa  437  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  48.43 
 
 
487 aa  435  1e-121  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  46.76 
 
 
516 aa  430  1e-119  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  45.69 
 
 
510 aa  425  1e-118  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  45.69 
 
 
510 aa  425  1e-118  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  45.69 
 
 
510 aa  425  1e-118  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  46.15 
 
 
510 aa  424  1e-117  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  46.64 
 
 
510 aa  419  1e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  48.98 
 
 
510 aa  419  1e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3598  diguanylate cyclase  46.84 
 
 
510 aa  410  1e-113  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  44.12 
 
 
522 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3991  diguanylate cyclase  45.4 
 
 
505 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.613369 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4104  diguanylate cyclase  45.4 
 
 
505 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.340706 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0638  diguanylate cyclase  44.14 
 
 
524 aa  391  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0484455 
 
 
-
 
NC_003296  RS04801  hypothetical protein  43.27 
 
 
505 aa  388  1e-106  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0299872 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  42.47 
 
 
509 aa  367  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  40.66 
 
 
499 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  40.2 
 
 
506 aa  366  1e-100  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  40.66 
 
 
499 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4536  diguanylate cyclase  40.36 
 
 
503 aa  365  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221207  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  40.66 
 
 
499 aa  367  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  40.7 
 
 
489 aa  365  1e-99  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  42.41 
 
 
502 aa  365  2e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  40.36 
 
 
506 aa  364  2e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  40.7 
 
 
489 aa  363  3e-99  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  40.75 
 
 
484 aa  363  4e-99  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  40.97 
 
 
516 aa  351  1e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  41.08 
 
 
506 aa  346  5e-94  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  41.03 
 
 
532 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  40.64 
 
 
474 aa  337  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  38.37 
 
 
501 aa  337  2.9999999999999997e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  40.22 
 
 
502 aa  336  7e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0546  diguanylate cyclase  40.38 
 
 
499 aa  334  2e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  40.63 
 
 
508 aa  333  4e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  41.36 
 
 
498 aa  332  1e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  42.52 
 
 
488 aa  332  1e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0868  GGDEF domain-containing protein  38.73 
 
 
494 aa  331  2e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.796056  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1127  GGDEF domain-containing protein  42.37 
 
 
572 aa  329  8e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00567617  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  39.62 
 
 
501 aa  327  3e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6264  diguanylate cyclase  40.25 
 
 
502 aa  325  9e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.291677  normal  0.150603 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0832  diguanylate cyclase  40.66 
 
 
496 aa  325  1e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0533  diguanylate cyclase  41.94 
 
 
480 aa  325  1e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6666  diguanylate cyclase  40.25 
 
 
502 aa  325  2e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6431  diguanylate cyclase  40.25 
 
 
502 aa  325  2e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2597  diguanylate cyclase  43.63 
 
 
506 aa  323  3e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.938839 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0821  diguanylate cyclase  40.33 
 
 
496 aa  324  3e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605291  normal  0.227561 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1243  diguanylate cyclase  41.31 
 
 
510 aa  324  3e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.624606  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0798  GGDEF domain-containing protein  39.32 
 
 
496 aa  323  6e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.412232  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5514  diguanylate cyclase  40.21 
 
 
493 aa  320  6e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.333875  normal  0.197216 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0954  diguanylate cyclase  37.97 
 
 
502 aa  317  3e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0641916  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6345  diguanylate cyclase  40.54 
 
 
506 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155718  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6048  diguanylate cyclase  40.54 
 
 
506 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.423069 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0985  diguanylate cyclase  39.11 
 
 
508 aa  313  3.9999999999999997e-84  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5179  diguanylate cyclase  39.09 
 
 
504 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.466605 
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  38.62 
 
 
512 aa  310  5e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  36.38 
 
 
512 aa  275  1.0000000000000001e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  38.81 
 
 
494 aa  267  2.9999999999999995e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  38.27 
 
 
503 aa  267  4e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  31.96 
 
 
553 aa  263  4e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3174  diguanylate cyclase  37.55 
 
 
530 aa  261  1e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.258431  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3328  GGDEF  34.86 
 
 
548 aa  262  1e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00921167 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  35.15 
 
 
533 aa  257  4e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  35.9 
 
 
522 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  33.81 
 
 
516 aa  240  4e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4491  diguanylate cyclase  37.71 
 
 
531 aa  236  5.0000000000000005e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  37.89 
 
 
518 aa  231  2e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  35.35 
 
 
534 aa  228  2e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3242  GGDEF domain-containing protein  32.39 
 
 
522 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564089  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  31.78 
 
 
522 aa  224  3e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  32.62 
 
 
528 aa  217  4e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  34.67 
 
 
555 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2930  diguanylate cyclase  30.82 
 
 
515 aa  207  5e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.827018  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1348  diguanylate cyclase  29.57 
 
 
515 aa  204  2e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50.89 
 
 
362 aa  168  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.97 
 
 
352 aa  168  2e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.73 
 
 
340 aa  167  2.9999999999999998e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.098619 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>