More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_4395 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0798  GGDEF domain-containing protein  78.71 
 
 
496 aa  773    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.412232  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  100 
 
 
498 aa  1003    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0821  diguanylate cyclase  79.32 
 
 
496 aa  776    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605291  normal  0.227561 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0832  diguanylate cyclase  80.52 
 
 
496 aa  784    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  55.19 
 
 
509 aa  532  1e-150  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  51.83 
 
 
502 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  54.12 
 
 
501 aa  482  1e-135  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0985  diguanylate cyclase  47.01 
 
 
508 aa  423  1e-117  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  42.62 
 
 
492 aa  365  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  42.36 
 
 
492 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  42.62 
 
 
492 aa  365  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  42.15 
 
 
492 aa  365  1e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  42.15 
 
 
492 aa  365  1e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0028  diguanylate cyclase  43.21 
 
 
527 aa  353  5e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3188  diguanylate cyclase  42.31 
 
 
529 aa  346  5e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.210299 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  40.12 
 
 
492 aa  345  1e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4944  diguanylate cyclase  41.88 
 
 
520 aa  345  1e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0582678 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  39.39 
 
 
516 aa  345  1e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4565  diguanylate cyclase  42.66 
 
 
521 aa  344  2e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267028  normal  0.0465187 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  40.29 
 
 
507 aa  344  2e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5670  diguanylate cyclase  42.66 
 
 
521 aa  344  2e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0236259 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5189  diguanylate cyclase  42.66 
 
 
521 aa  344  2e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  39.59 
 
 
522 aa  343  4e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  42.71 
 
 
532 aa  341  2e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5496  diguanylate cyclase  41.33 
 
 
520 aa  339  5.9999999999999996e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414779  hitchhiker  0.000876281 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  39.88 
 
 
516 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4503  diguanylate cyclase  41.79 
 
 
492 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS04801  hypothetical protein  40.2 
 
 
505 aa  336  5.999999999999999e-91  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0299872 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4045  diguanylate cyclase  41.58 
 
 
492 aa  335  1e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4694  diguanylate cyclase  41.41 
 
 
492 aa  333  3e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  41.14 
 
 
506 aa  332  1e-89  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  41.61 
 
 
474 aa  329  7e-89  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  40.94 
 
 
510 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  40.73 
 
 
510 aa  327  3e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3991  diguanylate cyclase  39.32 
 
 
505 aa  327  4.0000000000000003e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.613369 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  41.04 
 
 
508 aa  327  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2597  diguanylate cyclase  43.46 
 
 
506 aa  327  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.938839 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  40.73 
 
 
510 aa  327  4.0000000000000003e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4104  diguanylate cyclase  39.32 
 
 
505 aa  327  4.0000000000000003e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.340706 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  40.73 
 
 
510 aa  327  4.0000000000000003e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  39.92 
 
 
510 aa  326  8.000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3598  diguanylate cyclase  40.33 
 
 
510 aa  318  1e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1243  diguanylate cyclase  40.34 
 
 
510 aa  307  3e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.624606  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5084  diguanylate cyclase  38.3 
 
 
503 aa  306  7e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.494089  normal  0.0445442 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4536  diguanylate cyclase  38.05 
 
 
503 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221207  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0638  diguanylate cyclase  37.24 
 
 
524 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0484455 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  40.4 
 
 
487 aa  304  3.0000000000000004e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  40.22 
 
 
487 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  40.22 
 
 
487 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  40.22 
 
 
487 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  40.22 
 
 
487 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  40.22 
 
 
487 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0868  GGDEF domain-containing protein  38.4 
 
 
494 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.796056  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  40.22 
 
 
528 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  40.04 
 
 
507 aa  300  5e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  37.26 
 
 
501 aa  300  5e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  39.51 
 
 
510 aa  299  9e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  38.94 
 
 
488 aa  293  4e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  38.77 
 
 
502 aa  293  4e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  36.69 
 
 
489 aa  293  7e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  36.69 
 
 
489 aa  292  8e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  36.69 
 
 
499 aa  292  1e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  36.69 
 
 
499 aa  292  1e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  36.69 
 
 
484 aa  292  1e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  36.69 
 
 
499 aa  292  1e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0546  diguanylate cyclase  38.14 
 
 
499 aa  291  2e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  36.48 
 
 
506 aa  290  3e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0954  diguanylate cyclase  36.6 
 
 
502 aa  289  7e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0641916  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5179  diguanylate cyclase  37.35 
 
 
504 aa  286  5e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.466605 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0533  diguanylate cyclase  39.96 
 
 
480 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  39.11 
 
 
512 aa  283  4.0000000000000003e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1127  GGDEF domain-containing protein  38.01 
 
 
572 aa  281  2e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00567617  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  36.44 
 
 
506 aa  281  3e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5514  diguanylate cyclase  35.99 
 
 
493 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.333875  normal  0.197216 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6666  diguanylate cyclase  37.47 
 
 
502 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6264  diguanylate cyclase  37.47 
 
 
502 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.291677  normal  0.150603 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6431  diguanylate cyclase  37.47 
 
 
502 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  36.8 
 
 
494 aa  267  2.9999999999999995e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6048  diguanylate cyclase  36.13 
 
 
506 aa  258  2e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.423069 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6345  diguanylate cyclase  36.16 
 
 
506 aa  258  2e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155718  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4491  diguanylate cyclase  40.72 
 
 
531 aa  257  3e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  38.2 
 
 
503 aa  249  7e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3174  diguanylate cyclase  37.04 
 
 
530 aa  247  4e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.258431  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3328  GGDEF  39.03 
 
 
548 aa  239  1e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00921167 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  36.38 
 
 
518 aa  233  5e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  33.06 
 
 
512 aa  217  2.9999999999999998e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  30.82 
 
 
516 aa  216  7e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  32.85 
 
 
533 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  32.98 
 
 
553 aa  213  9e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  32.58 
 
 
534 aa  209  1e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  36.66 
 
 
555 aa  205  2e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  36.98 
 
 
522 aa  204  3e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  34.13 
 
 
522 aa  203  6e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3242  GGDEF domain-containing protein  36.79 
 
 
522 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564089  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  35.85 
 
 
528 aa  193  5e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2930  diguanylate cyclase  32.3 
 
 
515 aa  182  1e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.827018  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1348  diguanylate cyclase  31.43 
 
 
515 aa  176  7e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1328  diguanylate cyclase  45.11 
 
 
648 aa  169  1e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50.58 
 
 
372 aa  168  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.7 
 
 
362 aa  167  4e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>